SAXSdb — 6o6e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase

Pseudomonas protegens Pf-5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptidyl carrier protein PltL × 1 （Q4KCZ1） FORMIC ACID × 13 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 MALONIC ACID × 2 ;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLTF_PSEF5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–498； UniProt 1–498

Peptidyl carrier protein PltL

Pseudomonas protegens Pf-5

UniProt Q4KCZ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase × 1 （Q4KCY5） FORMIC ACID × 13 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 MALONIC ACID × 2 ;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4KCZ1_PSEF5
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6o6e
沉积日期 deposition_date	2019-03-06
结构标题 title	Crystal structure of PltF trapped with PltL using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor
关键词 keywords	nonribosomal peptide synthetase, NRPS, type II, biosynthesis, pyoluteorin, Ligase-Transport protein complex; Ligase/Transport protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6o6e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6o6e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6o6e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.02 Å
Rg（电子密度）	23.72 Å
总 Rg	24.58 Å
原子数	4448
残基数	578
排除体积	79249 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6o6e__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
分子量 formula_weight	56397.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.53
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4552

MKLLHERMMHSLARYPRQTAVVDEQDALSYEALELRIREFVAMLCALGVGQGQRILLWAHKSVDLVAVMQAALRLGVVYVPVDPLSPVSRLEKIAGDSQAVLVLCTAARLEELAGSALAQVRSVVLDDPASAGYWRNIDTGSSVVPTLAIQPDDLAYILYTSGSTGVPKGVALSHGNALAFVDWACERYCFQPGERFANHAPLHFDLSVLDIYCALNVGATVCLVPESIAFSPRLLTDFIRQHEISIWYSVPSVLMMMMQDGDLLSDIQDTLRVLLFAGEPFPVKHLRDLRAAYADVRLANLFGPTETNVCTAFEVGAIDPERVLPVPIGTAASGNQVWAQKPDGSRCAVGEEGELVVQGPTVMLGYFAKPAQEGPYKTGDMVRQRPDGNYEYLGRRDDMLKVRGNRIERGEVEAALLAHPQVSEAAVLVVGEGMNAQLWGVLVAHTRDALSLIDLKRHCAQRLPRYMIIDKVLCLDALPRNANGKVDRFALARQVEGKLAAALEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas protegens Pf-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	220664
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptidyl carrier protein PltL
分子量 formula_weight	11141.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDGEEVKEKIRRYIMEDLIGPSAKEDELDDQTPLLEWGILNSMNIVKLMVYIRDEMGVSIPSTHITGKYFKDLNAISRTVEQLKAESALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas protegens Pf-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	220664
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ;
分子量 formula_weight	765.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	104

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6o6eb1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6o6eb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6o6eB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6o6eE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

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晶胞边长 a length_a	170.550 Å
晶胞边长 b length_b	170.550 Å
晶胞边长 c length_c	64.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	85.420 Å
R 因子 r_factor	0.2165
R_work r_work	0.2142
R_free r_free	0.2601

Crystal structure of PltF trapped with PltL using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptidyl carrier protein PltL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6o6e__assembly_1__model_1

6o6e__assembly_1__model_1 | I(q)

6o6e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of PltF trapped with PltL using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptidyl carrier protein PltL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6o6e__assembly_1__model_1

6o6e__assembly_1__model_1 | I(q)

6o6e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)