6obn

The crystal structure of coexpressed SDS22:PP1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–300 片段:UNP residues 1-300 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 × 1 (Q15435) PO4 PHOSPHATE ION × 5 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;289 K;14% PEG4000, 6% MPD, sodium/potassium phosphate 分辨率 2.70 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–300 片段:UNP residues 1-300 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 × 1 (Q15435) PO4 PHOSPHATE ION × 3 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;289 K;14% PEG4000, 6% MPD, sodium/potassium phosphate 分辨率 2.70 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、87 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–305; UniProt 1–300 作者链 B; PDB构建体 6–305; UniProt 1–300

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7

Homo sapiens

UniProt Q15435

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 56–360 片段:UNP residues 56-360 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) PO4 PHOSPHATE ION × 5 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;289 K;14% PEG4000, 6% MPD, sodium/potassium phosphate 分辨率 2.70 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 56–360 片段:UNP residues 56-360 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) PO4 PHOSPHATE ION × 3 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;289 K;14% PEG4000, 6% MPD, sodium/potassium phosphate 分辨率 2.70 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1R7_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 6–310; UniProt 56–360 作者链 D; PDB构建体 6–310; UniProt 56–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6obn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6obn
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6obn
沉积日期 deposition_date2019-03-21
结构标题 titleThe crystal structure of coexpressed SDS22:PP1 complex
关键词 keywordscomplex, phosphatase, holoenzyme, regulator, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.28
零角强度 I(0) i0269291000.00
分子量 molecular_weight134510.0 kDa
排除体积 excluded_volume168780 ų
包络体积 envelope_volume217560 ų
水化壳体积 shell_volume47611 ų
包络直径 envelope_diameter133.3
壳层 Rg shell_rg43.26
包络 Rg envelope_rg39.26
形状 Rg shape_rg39.26
总 Rg total_rg39.58
总原子数 total_atoms9428
残基数 n_residues1157
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.0
Rg (实空间) rg_real39.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real2.6930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal269200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8160
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.8
偏度 Skewness skewness0.505
峰度 Kurtosis kurtosis-0.465
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59260000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.304

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6obna_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd6obnb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6obnA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6obnB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)