6obu

PP1 Y134K in complex with Microcystin LR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–300 片段:UNP residues 7-300 突变:Y134K Microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;289 K;20% PEG6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M MES, pH 6.0 分辨率 1.95 Å R-free 0.202
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 7–300 片段:UNP residues 7-300 突变:Y134K Microcystin LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;289 K;20% PEG6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M MES, pH 6.0 分辨率 1.95 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、87 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–299; UniProt 7–300 作者链 B; PDB构建体 6–299; UniProt 7–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6obu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6obu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6obu
沉积日期 deposition_date2019-03-21
结构标题 titlePP1 Y134K in complex with Microcystin LR
关键词 keywordsphosphatase, HYDROLASE-TOXIN complex; HYDROLASE/TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.73
零角强度 I(0) i074716500.00
分子量 molecular_weight68853.0 kDa
排除体积 excluded_volume86559 ų
包络体积 envelope_volume99945 ų
水化壳体积 shell_volume31221 ų
包络直径 envelope_diameter92.2
壳层 Rg shell_rg33.93
包络 Rg envelope_rg26.78
形状 Rg shape_rg26.71
总 Rg total_rg27.55
总原子数 total_atoms4825
残基数 n_residues590
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.4
Rg (实空间) rg_real27.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real7.4720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal74720000.0000
解质量估计 total_estimate0.7280
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.6
偏度 Skewness skewness0.338
峰度 Kurtosis kurtosis-0.544
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32760000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.267; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6obua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd6obub_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6obuA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6obuB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)