6ocf

The crystal structure of VASH1-SVBP complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 58–305	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Small vasohibin-binding protein × 1 （Q8N300） GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, and 18% (w/v) PEG20000	分辨率 2.10 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6OCF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6J4U Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–307（251 aa）	突变：E71S/A72H/K79M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；293 K；by introducing three mutations E71S/A72H/K79M into V1c allowed us to solve the V1c-SVBP to high resolution. Well diffracting crystals of the mutant V1c-SVBP complex were obtained in 1.0 M lithium chloride, 0.1 M citric acid, pH 5.0, 20% PEG 6000.	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
6J7B Crystal structure of VASH1-SVBP in complex with epoY 提交 2019-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–306（250 aa）	未记录	BJL N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-tyrosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；293 K；20%PEG6000, 1M lithium chloride, 0.1M MES pH6.0	分辨率 1.62 Å R-free 0.197
6J8F Crystal structure of SVBP-VASH1 with peptide mimic the C-terminal of alpha-tubulin 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 70–306（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 18% PEG 20000	分辨率 2.28 Å R-free 0.237
6J8N Crystal structure of SVBP-VASH1 complex, mutation C169A of VASH1 提交 2019-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 70–306（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% v/v Tacsimate pH6.0, 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 25% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
6J8N Crystal structure of SVBP-VASH1 complex, mutation C169A of VASH1 提交 2019-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 70–306（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% v/v Tacsimate pH6.0, 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 25% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
6J8O Structure of a hypothetical protease 提交 2019-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 70–306（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 16% polyethylene glycol 10000	分辨率 1.85 Å R-free 0.195
6J91 Structure of a hypothetical protease 提交 2019-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 70–306（237 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% PEG 8000, 0.01M Cadmium chloride hydrate	分辨率 3.50 Å R-free 0.258
6J9H Crystal structure of SVBP-VASH1 complex 提交 2019-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 70–306（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% PEG 8000, 0.01M Cadmium chloride hydrate	分辨率 2.31 Å R-free 0.271
6J9H Crystal structure of SVBP-VASH1 complex 提交 2019-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 70–306（237 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% PEG 8000, 0.01M Cadmium chloride hydrate	分辨率 2.31 Å R-free 0.271
6K81 Crystal structure of human VASH1-SVBP complex 提交 2019-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–365（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Calcium acetate, PEG 3000	分辨率 2.28 Å R-free 0.242
6LPG human VASH1-SVBP complex 提交 2020-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–310（255 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M Sodium acetate pH4.6, 20%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
6NVQ Crystal structure of the VASH1-SVBP complex 提交 2019-02-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–315（315 aa）	突变：C169A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；19% PEG 3000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M calcium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.214
6OCG Crystal structure of VASH1-SVBP complex bound with EpoY 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 59–305（247 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 BJL N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-tyrosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；5% (v/v) TacsimateTM, 0.1 M HEPES, pH 7.0, and 10% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 1.83 Å R-free 0.219
6OCH Crystal structure of VASH1-SVBP complex bound with parthenolide 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 61–302（242 aa）	未记录	M4Y parthenolide × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, and 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
6OCH Crystal structure of VASH1-SVBP complex bound with parthenolide 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 61–302（242 aa）	未记录	M4Y parthenolide × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, and 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
6WSL Cryo-EM structure of VASH1-SVBP bound to microtubules 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 52–310（259 aa）链 G 52–310（259 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	VASH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–248； UniProt 58–305

Small vasohibin-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q8N300

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 18–66	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1 × 1 （Q7L8A9） GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, and 18% (w/v) PEG20000	分辨率 2.10 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6OCF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6J4O Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.2；293 K；1.6 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.224
6J4P Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	BJL N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-tyrosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；V2c-SVBP was mixed with the inhibitor epoY at a mole ratio of 1:5 and incubated on ice for 30 min. Then, the resulting co-complex of V2c-SVBP-epoY was crystallized in 1.0 M lithium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 20% PEG 6000.	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
6J4Q Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	TQ8 N-[(2S)-4-chloro-3-oxo-1-phenyl-butan-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；V2c-SVBP was mixed with the inhibitor TPCK at a mole ratio of 1:5 and incubated on ice for 30 min. Then, the resulting co-complex of V2c-SVBP-TPCK was crystallized in 1.0 M sodium malonate, pH 7.0.	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6J4Q Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–66（66 aa）	未记录	TQ8 N-[(2S)-4-chloro-3-oxo-1-phenyl-butan-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；V2c-SVBP was mixed with the inhibitor TPCK at a mole ratio of 1:5 and incubated on ice for 30 min. Then, the resulting co-complex of V2c-SVBP-TPCK was crystallized in 1.0 M sodium malonate, pH 7.0.	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6J4Q Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–66（66 aa）	未记录	TQ8 N-[(2S)-4-chloro-3-oxo-1-phenyl-butan-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；V2c-SVBP was mixed with the inhibitor TPCK at a mole ratio of 1:5 and incubated on ice for 30 min. Then, the resulting co-complex of V2c-SVBP-TPCK was crystallized in 1.0 M sodium malonate, pH 7.0.	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6J4Q Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–66（66 aa）	未记录	TQ8 N-[(2S)-4-chloro-3-oxo-1-phenyl-butan-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；V2c-SVBP was mixed with the inhibitor TPCK at a mole ratio of 1:5 and incubated on ice for 30 min. Then, the resulting co-complex of V2c-SVBP-TPCK was crystallized in 1.0 M sodium malonate, pH 7.0.	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6J4S Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.8；293 K；full-length V2-SVBP complex at a concentration of 15 mg/mL was crystallized in 1.8 M sodium/potassium phosphate, pH 6.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.227
6J4U Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；293 K；by introducing three mutations E71S/A72H/K79M into V1c allowed us to solve the V1c-SVBP to high resolution. Well diffracting crystals of the mutant V1c-SVBP complex were obtained in 1.0 M lithium chloride, 0.1 M citric acid, pH 5.0, 20% PEG 6000.	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
6J4V Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–66（66 aa）	突变：C58S	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.2；293 K；For crystallization of V2c-SVBP C58S in complex with the maTail peptide the components were mixed in a 1:3 molar ratio and incubated at room temperature for 24 h before setting up crystallization trials. The resulting V2c-SVBP S58C-maTail complex was crystallized in 1.4 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2.	分辨率 2.10 Å R-free 0.200
6J7B Crystal structure of VASH1-SVBP in complex with epoY 提交 2019-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–52（52 aa）	未记录	BJL N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-tyrosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；293 K；20%PEG6000, 1M lithium chloride, 0.1M MES pH6.0	分辨率 1.62 Å R-free 0.197
6J8F Crystal structure of SVBP-VASH1 with peptide mimic the C-terminal of alpha-tubulin 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 3–48（46 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 18% PEG 20000	分辨率 2.28 Å R-free 0.237
6J8N Crystal structure of SVBP-VASH1 complex, mutation C169A of VASH1 提交 2019-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% v/v Tacsimate pH6.0, 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 25% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
6J8N Crystal structure of SVBP-VASH1 complex, mutation C169A of VASH1 提交 2019-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；6% v/v Tacsimate pH6.0, 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 25% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
6J8O Structure of a hypothetical protease 提交 2019-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 3–49（47 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 16% polyethylene glycol 10000	分辨率 1.85 Å R-free 0.195
6J91 Structure of a hypothetical protease 提交 2019-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% PEG 8000, 0.01M Cadmium chloride hydrate	分辨率 3.50 Å R-free 0.258
6J9H Crystal structure of SVBP-VASH1 complex 提交 2019-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% PEG 8000, 0.01M Cadmium chloride hydrate	分辨率 2.31 Å R-free 0.271
6J9H Crystal structure of SVBP-VASH1 complex 提交 2019-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% PEG 8000, 0.01M Cadmium chloride hydrate	分辨率 2.31 Å R-free 0.271
6JZC Structural basis of tubulin detyrosination 提交 2019-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–66（66 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；HEPES, Ammonium sulphate, potassium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.215
6JZC Structural basis of tubulin detyrosination 提交 2019-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–66（66 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；HEPES, Ammonium sulphate, potassium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.215
6JZD Crystal structure of peptide-bound VASH2-SVBP complex 提交 2019-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；HEPES, potassium chloride, Ammonium sulphate	分辨率 2.48 Å R-free 0.230
6JZE Crystal structure of VASH2-SVBP complex with the magic triangle I3C 提交 2019-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；BIS-TRIS propane, Sodium formate	分辨率 2.51 Å R-free 0.266
6K81 Crystal structure of human VASH1-SVBP complex 提交 2019-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Calcium acetate, PEG 3000	分辨率 2.28 Å R-free 0.242
6LPG human VASH1-SVBP complex 提交 2020-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–66（65 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M Sodium acetate pH4.6, 20%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
6NVQ Crystal structure of the VASH1-SVBP complex 提交 2019-02-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；19% PEG 3000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M calcium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.214
6OCG Crystal structure of VASH1-SVBP complex bound with EpoY 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–51（26 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 BJL N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-tyrosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；5% (v/v) TacsimateTM, 0.1 M HEPES, pH 7.0, and 10% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 1.83 Å R-free 0.219
6OCH Crystal structure of VASH1-SVBP complex bound with parthenolide 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–52（28 aa）	未记录	M4Y parthenolide × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, and 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
6OCH Crystal structure of VASH1-SVBP complex bound with parthenolide 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 25–52（28 aa）	未记录	M4Y parthenolide × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, and 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
6QBY Crystal structure of VASH 2 in complex with SVBP 提交 2018-12-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.2M Sodium formate 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.230
6QBY Crystal structure of VASH 2 in complex with SVBP 提交 2018-12-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–66（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.2M Sodium formate 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5 20% PEG3350	分辨率 2.09 Å R-free 0.230
6WSL Cryo-EM structure of VASH1-SVBP bound to microtubules 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–66（66 aa）链 H 1–66（66 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7ZCW Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–66（66 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 23 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SVBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–49； UniProt 18–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ocf
沉积日期 deposition_date	2019-03-23
结构标题 title	The crystal structure of VASH1-SVBP complex
关键词 keywords	tubulin carboxypeptidases, microtubule modification, tubulin detyrosination, VASH1-SVBP complex, HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex; HYDROLASE/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.23 Å
零角强度 I(0) i0	21665500.00
分子量 molecular_weight	35164.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43807 Å³
包络体积 envelope_volume	54802 Å³
水化壳体积 shell_volume	21649 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.69 Å
包络 Rg envelope_rg	22.06 Å
形状 Rg shape_rg	21.26 Å
总 Rg total_rg	22.00 Å
总原子数 total_atoms	2453
残基数 n_residues	288
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8190
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.210
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4036000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.587; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.995

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1
分子量 formula_weight	29092.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2706

VPFFVNRGGLPVDEATWERMWKHVAKIHPDGEKVAQRIRGATDLPKIPIPSVPTFQPSTPVPERLEAVQRYIRELQYNHTGTQFFEIKKSRPLTGLMDLAKEMTKEALPIKCLEAVILGIYLTNSMPTLERFPISFKTYFSGNYFRHIVLGVNFAGRYGALGMSRREDLMYKPPAFRTLSELVLDFEAAYGRCWHVLKKVKLGQSVSHDPHSVEQIEWKHSVLDVERLGRDDFRKELERHARDMRLKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small vasohibin-binding protein
分子量 formula_weight	5998.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RVEKAKQKSAQQELKQRQRAEIYALNRVMTELEQQQFDEFCKQMQPPGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	168

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.558 Å
晶胞边长 b length_b	100.558 Å
晶胞边长 c length_c	206.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.102 Å
最低分辨率 resolution_low	45.214 Å
R 因子 r_factor	0.1972
R_work r_work	0.1958
R_free r_free	0.2220

fit	/app/data/saxs_computation/oc/6ocf/6ocf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oc/6ocf/6ocf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oc/6ocf/6ocf.dat

The crystal structure of VASH1-SVBP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small vasohibin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)