SAXSdb — 6odc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 POTASSIUM ION × 2 (2E)-3-[2-(3-cyclopentyl-5,5-dimethyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)phenyl]-N-hydroxyprop-2-enamide × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 POTASSIUM ION × 2 (2E)-3-[2-(3-cyclopentyl-5,5-dimethyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)phenyl]-N-hydroxyprop-2-enamide × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 POTASSIUM ION × 2 (2E)-3-[2-(3-cyclopentyl-5,5-dimethyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)phenyl]-N-hydroxyprop-2-enamide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDAC8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–401； UniProt 1–377 作者链 B； PDB构建体 25–401； UniProt 1–377 作者链 C； PDB构建体 25–401； UniProt 1–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6odc
沉积日期 deposition_date	2019-03-26
结构标题 title	Crystal structure of HDAC8 in complex with compound 30
关键词 keywords	histone deacetylase, HDAC8, hydroxamic acid, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6odc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6odc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6odc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.83 Å
Rg（电子密度）	19.62 Å
总 Rg	20.54 Å
原子数	2900
残基数	367
排除体积	51996 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6odc__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6odc__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6odc__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase 8
分子量 formula_weight	45975.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8657

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSNAMEEPEEPADSGQSLVPVYIYSPEYVSMCDSLAKIPKRASMVHSLIEAYALHKQMRIVKPKVASMEEMATFHTDAYLQHLQKVSQEGDDDHPDSIEYGLGYDCPATEGIFDYAAAIGGATITAAQCLIDGMCKVAINWSGGWHHAKKDEASGFCYLNDAVLGILRLRRKFERILYVDLDLHHGDGVEDAFSFTSKVMTVSLHKFSPGFFPGTGDVSDVGLGKGRYYSVNVPIQDGIQDEKYYQICESVLKEVYQAFNPKAVVLQLGADTIAGDPMCSFNMTPVGIGKCLKYILQWQLATLILGGGGYNLANTARCWTYLTGVILGKTLSSEIPDHEFFTAYGPDYVLEITPSCRPDRNEPHRIQQILNYIKGNLKHVVIEGRGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2E)-3-[2-(3-cyclopentyl-5,5-dimethyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)phenyl]-N-hydroxyprop-2-enamide
分子量 formula_weight	343.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d6odca1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.2 — Histone deacetylase, HDAC

结构域编号 domain_id	d6odca2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6odcb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.2 — Histone deacetylase, HDAC

结构域编号 domain_id	d6odcb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6odcc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.2 — Histone deacetylase, HDAC

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6odcA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Histone deacetylase domain

结构域编号 domain_id	6odcB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Histone deacetylase domain

结构域编号 domain_id	6odcC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Histone deacetylase domain

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晶胞边长 a length_a	87.540 Å
晶胞边长 b length_b	91.161 Å
晶胞边长 c length_c	92.574 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1964
R_work r_work	0.1944
R_free r_free	0.2358

Crystal structure of HDAC8 in complex with compound 30

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6odc__assembly_1__model_1

6odc__assembly_1__model_1 | I(q)

6odc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of HDAC8 in complex with compound 30

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6odc__assembly_1__model_1

6odc__assembly_1__model_1 | I(q)

6odc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)