SAXSdb — 6oec

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC42_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 B； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 C； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 D； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 E； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 F； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 G； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 H； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 I； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 J； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 K； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204 作者链 L； PDB构建体 139–162； UniProt 181–204

Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q3ADQ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 3	CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3ADQ4_CARHZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 B； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 C； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 D； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 E； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 F； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 H； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 I； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 J； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 K； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130 作者链 L； PDB构建体 8–136； UniProt 2–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6oec
沉积日期 deposition_date	2019-03-27
结构标题 title	Yeast Spc42 Trimeric Coiled-Coil Amino Acids 181-211 fused to PDB: 3H5I
关键词 keywords	Yeast Centrosome, Spindle Pole Body, Trimeric Coiled-coil, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6oec__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6oec__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6oec__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.86 Å
Rg（电子密度）	24.94 Å
总 Rg	25.69 Å
原子数	3609
残基数	465
排除体积	65401 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6oec__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6oec__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6oec__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6oec__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
分子量 formula_weight	17812.4 kDa
突变 mutation	T193E, S195E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	14397

GASAMSLKDKKILIVEDSKFQAKTIANILNKYGYTVEIALTGEAAVEKVSGGWYPDLILMDIELGEGMDGVQTALAIQQISELPVVFLTAHTEPAVVEKIRSVTAYGYVMKSATEQVLITIVEMALRLYEANVHANEGSDQDSRLKAIERELEVLTNYVMRS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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晶胞边长 a length_a	133.197 Å
晶胞边长 b length_b	169.723 Å
晶胞边长 c length_c	122.028 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.514 Å
最低分辨率 resolution_low	48.142 Å
R 因子 r_factor	0.1976
R_work r_work	0.1949
R_free r_free	0.2493

Yeast Spc42 Trimeric Coiled-Coil Amino Acids 181-211 fused to PDB: 3H5I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6oec__assembly_4__model_1

6oec__assembly_4__model_1 | I(q)

6oec__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

Yeast Spc42 Trimeric Coiled-Coil Amino Acids 181-211 fused to PDB: 3H5I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6oec__assembly_4__model_1

6oec__assembly_4__model_1 | I(q)

6oec__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)