SAXSdb — 6oei

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC42_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–124； UniProt 11–130

Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS)

UniProt Q8KG60

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8KG60_CHLTE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 125–298； UniProt 30–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6oei
沉积日期 deposition_date	2019-03-27
结构标题 title	Yeast Spc42 N-terminal coiled-coil fused to PDB: 3K2N
关键词 keywords	Yeast Centrosome, Coiled-Coil, Spindle Pole Body, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6oei__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6oei__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6oei__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.06 Å
Rg（电子密度）	41.19 Å
总 Rg	40.63 Å
原子数	3916
残基数	480
排除体积	70502 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6oei__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator
分子量 formula_weight	34148.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2008

GGSGSSKSSRLYDDYYNIPYQYSNPTPMNRDYNDVGSRINADKLVPEEYKRNTEFINKAVQQNKELNFKLREKQNEIFELKKIAETLRSKLEKYVDITKKLEDQNLNLQIKISDLEKKLSDANSALKLMQYIGDAIGTIRDPQELFRTVTDKLRLLFAFDSAVIITIDRERREASVFFEMLRFELPEQLRHQTRSIAGTWLEGHLDDRTVTVASIARDIPSFGADGAPLLWTLHELGMRQIVLSPLRSGGRVIGFLSFVSAEEKLWSDGDKSLLSGVSSSIAIAVSNALAYEALRQRE

来源 Source

来源生物 organism	Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	194439
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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晶胞边长 a length_a	49.664 Å
晶胞边长 b length_b	193.108 Å
晶胞边长 c length_c	95.842 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	36.378 Å
R 因子 r_factor	0.2101
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2438

Yeast Spc42 N-terminal coiled-coil fused to PDB: 3K2N

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6oei__assembly_1__model_1

6oei__assembly_1__model_1 | I(q)

6oei__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

Yeast Spc42 N-terminal coiled-coil fused to PDB: 3K2N

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spindle pole body component SPC42,Sigma-54-dependent transcriptional regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6oei__assembly_1__model_1

6oei__assembly_1__model_1 | I(q)

6oei__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)