SAXSdb — 6otx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin II

Phacoides pectinatus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Hemoglobin III × 1 （P41262） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXYGEN MOLECULE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q86G74_PHAPT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

Hemoglobin III

Phacoides pectinatus

UniProt P41262

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Hemoglobin II × 1 （Q86G74） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXYGEN MOLECULE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLB3_PHAPT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 2–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6otx
沉积日期 deposition_date	2019-05-03
结构标题 title	Crystallographic Structure of (HbII-HbIII)-O2 from Lucina pectinata at pH 7.0
关键词 keywords	hemeprotein, OXYGEN TRANSPORT; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6otx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6otx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6otx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.51 Å
Rg（电子密度）	19.28 Å
总 Rg	20.15 Å
原子数	2503
残基数	303
排除体积	44604 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6otx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemoglobin II
分子量 formula_weight	17146.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2548

MTTLTNPQKAAIRSSWSKFMDNGVSNGQGFYMDLFKAHPETLTPFKSLFGGLTLAQLQDNPKMKAQSLVFCNGMSSFVDHLDDNDMLVVLIQKMAKLHNNRGIRASDLRTAYDILIHYMEDHNHMVGGAKDAWEVFVGFICKTLGDYMKELS

来源 Source

来源生物 organism	Phacoides pectinatus
通用名 common_name	Thick lucine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	244486
宿主生物 host_organism	Phacoides pectinatus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemoglobin III
分子量 formula_weight	17450.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SSGLTGPQKAALKSSWSRFMDNAVTNGTNFYMDLFKAYPDTLTPFKSLFEDVSFNQMTDHPTMKAQALVFCDGMSSFVDNLDDHEVLVVLLQKMAKLHFNRGIRIKELRDGYGVLLRYLEDHCHVEGSTKNAWEDFIAYICRVQGDFMKERL

来源 Source

来源生物 organism	Phacoides pectinatus
通用名 common_name	Thick lucine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	244486
宿主生物 host_organism	Phacoides pectinatus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	39

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6otxa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6otxb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6otxA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	6otxB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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晶胞边长 a length_a	74.736 Å
晶胞边长 b length_b	74.736 Å
晶胞边长 c length_c	152.571 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.539 Å
最低分辨率 resolution_low	33.558 Å
R 因子 r_factor	0.1952
R_work r_work	0.1922
R_free r_free	0.2488

Crystallographic Structure of (HbII-HbIII)-O2 from Lucina pectinata at pH 7.0

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hemoglobin III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6otx__assembly_1__model_1

6otx__assembly_1__model_1 | I(q)

6otx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystallographic Structure of (HbII-HbIII)-O2 from Lucina pectinata at pH 7.0

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemoglobin III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6otx__assembly_1__model_1

6otx__assembly_1__model_1 | I(q)

6otx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)