6oul

Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound to rpsTP2 promoter DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

UniProt A0A073G207

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (U9YPW3) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) Non-template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 Template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 CHAPSO × 3 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A073G207_ECOLX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329 作者链 H; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329 作者链 R; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt P0A8V4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (A0A073G207) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (U9YPW3) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) Non-template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 Template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 CHAPSO × 3 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOB_ECO57
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–1342; UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt U9YPW3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (A0A073G207) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) Non-template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 Template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 CHAPSO × 3 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 U9YPW3_ECOLX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 2–1407; UniProt 2–1407

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli

UniProt P0A802

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (A0A073G207) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (U9YPW3) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (Q0P6L9) Non-template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 Template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 CHAPSO × 3 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOZ_ECO57
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–91; UniProt 1–91

RNA polymerase sigma factor RpoD

Escherichia coli

UniProt Q0P6L9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 3 (A0A073G207) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (P0A8V4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (U9YPW3) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P0A802) Non-template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 Template strand of rpsTP2 DNA promoter × 1 CHAPSO × 3 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q0P6L9_ECOLX
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 4–616; UniProt 1–613

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6oul
沉积日期 deposition_date2019-05-04
结构标题 titleCryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound to rpsTP2 promoter DNA
关键词 keywordsprotein-DNA complex, transcription initiation, RNA polyermase, DNA promoter melting, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6oul__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6oul__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6oul__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)53.71 Å
Rg(电子密度)52.80 Å
总 Rg53.06 Å
原子数32044
残基数3868
排除体积561840 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6oul__assembly_1__model_1 nonameric (9) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id6oulG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6oulG02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6oulH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6oulH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6oulI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id6oulJ01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
结构域编号 domain_id6oulJ02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id6oulK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega
结构域编号 domain_id6oulR00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain
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7. 引用文献 (1)