6ozf

Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D110N) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease V

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA/RNA (5'-D(PAPAPTPGPI)-R(PA)-D(PGPAPTPGPCPT)-3') ; × 1 CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA/RNA (5'-D(PAPAPTPGPI)-R(PA)-D(PGPAPTPGPCPT)-3') ; × 1 CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 1 GLYCEROL × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFI_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–225； UniProt 1–225 作者链 B； PDB构建体 1–225； UniProt 1–225

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ozf
沉积日期 deposition_date	2019-05-15
结构标题 title	Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D110N) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine
关键词 keywords	Nucleic acid hydrolysis, RNA recognition, metal ion dependent catalysis, DNA damage, adenosine deamination, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ozf__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ozf__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ozf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.62 Å
Rg（电子密度）	17.40 Å
总 Rg	18.45 Å
原子数	2089
残基数	237
排除体积	37089 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ozf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6ozf__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endonuclease V
分子量 formula_weight	25635.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.7
突变 mutation	D110N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4478

MDYRQLHRWDLPPEEAIKVQNELRKKIKLTPYEGEPEYVAGVDLSFPGKEEGLAVIVVLEYPSFKILEVVSERGEITFPYIPGLLAFREGPLFLKAWEKLRTKPDVVVFNGQGLAHPRKLGIASHMGLFIEIPTIGVAKSRLYGTFKMPEDKRCSWSYLYDGEEIIGCVIRTKEGSAPIFVSPGHLMDVESSKRLIKAFTLPGRRIPEPTRLAHIYTQRLKKGLF

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-D(PAPAPTPGPI)-R(PA)-D(PGPAPTPGPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3727.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	C,D

AATGIAGATGCT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	330

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6ozfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2170 — archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily

结构域编号 domain_id	6ozfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2170 — archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily

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晶胞边长 a length_a	63.129 Å
晶胞边长 b length_b	75.578 Å
晶胞边长 c length_c	106.397 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	28.093 Å
R 因子 r_factor	0.1685
R_work r_work	0.1670
R_free r_free	0.1977

Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D110N) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease V

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ozf__assembly_2__model_1

6ozf__assembly_2__model_1 | I(q)

6ozf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D110N) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endonuclease V

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ozf__assembly_2__model_1

6ozf__assembly_2__model_1 | I(q)

6ozf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)