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6p5h

Structure of MavC middle insertion domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MavC

Legionella pneumophila

UniProt A0A2S6F4I5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 126–225 片段：middle insertion domain 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；294 K；2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS: NaOH 分辨率 1.53 Å R-free 0.224
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 126–225 片段：middle insertion domain 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；294 K；2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS: NaOH 分辨率 1.53 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6P5H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6K3B Crystal structure of Lpg2147-Lpg2149 complex 提交 2019-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–384（378 aa）
突变：C74A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG3350, ammonium nitrate
分辨率 1.97 Å R-free 0.205
6KFP Crystal structure of MavC ternary complex 提交 2019-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 7–384（378 aa）
突变：C74A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, lithium chloride
分辨率 2.92 Å R-free 0.250
6KG6 Crystal structure of MavC/UBE2N-Ub complex 提交 2019-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 7–384（378 aa）
突变：C74A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 4000, Tris
分辨率 2.39 Å R-free 0.245
6KL4 Crystal structure of MavC-UBE2N-Ub 提交 2019-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 7–384（378 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；289.15 K；0.2M Sodium malonate pH 6.0, 20%w/v PEG 3,350
分辨率 2.85 Å R-free 0.262
6P5B Crystal Structure of MavC in Complex with Ub-UbE2N 提交 2019-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–384（384 aa）
突变：C74A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.2 M Na Malonate, 25% PEG 3350, 10 mM NiCl2
分辨率 2.10 Å R-free 0.232
6UMP Crystal structure of MavC in complex with substrate mimic in P65 space group 提交 2019-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–384（384 aa）
突变：C74A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.80 Å R-free 0.304
6UMS Crystal structure of MavC in complex with its substrate mimic in C222(1) space group 提交 2019-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–384（384 aa）
突变：C74A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.15 M Potassium bromide, 30% (w/v) PEG 2000 MME
分辨率 2.34 Å R-free 0.250

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2S6F4I5_LEGPN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–105； UniProt 126–225 作者链 B； PDB构建体 6–105； UniProt 126–225

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6p5h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6p5h
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6p5h
沉积日期 deposition_date2019-05-30
结构标题 titleStructure of MavC middle insertion domain
关键词 keywordsUbE2N, Effector, MavC, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.58 Å
零角强度 I(0) i09294680.00
分子量 molecular_weight22992.0 kDa
排除体积 excluded_volume28916 ų
包络体积 envelope_volume34616 ų
水化壳体积 shell_volume16082 ų
包络直径 envelope_diameter63.1 Å
壳层 Rg shell_rg23.97 Å
包络 Rg envelope_rg18.71 Å
形状 Rg shape_rg18.60 Å
总 Rg total_rg19.41 Å
总原子数 total_atoms1620
残基数 n_residues196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real9.2950e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9295000.0000
解质量估计 total_estimate0.8209
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.269
峰度 Kurtosis kurtosis-0.492
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2123000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)