SAXSdb — 6p7j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-1 proprotein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–278	突变：R249A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH MODE；pH 4.6；293 K；Reservoir composition: 20% PEG3350, 300 mM NaAc pH 4.6	分辨率 3.50 Å R-free 0.322

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6P7J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KLA SOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MODELS 1-17 OF 33 STRUCTURES 提交 1996-01-16	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.2	分辨率未提供
1KLC SOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-01-16	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.2	分辨率未提供
1KLD SOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MODELS 18-33 OF 33 STRUCTURES 提交 1996-01-16	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.2	分辨率未提供
3KFD Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily 提交 2009-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；8-15% Peg 4000-8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3KFD Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily 提交 2009-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 279–390（112 aa）链 D 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；8-15% Peg 4000-8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3KFD Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily 提交 2009-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 279–390（112 aa）链 B 279–390（112 aa）链 C 279–390（112 aa）链 D 279–390（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；8-15% Peg 4000-8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
4KV5 scFv GC1009 in complex with TGF-beta1. 提交 2013-05-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390 链 D 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；294 K；16% PEG 4K, 0.1 M citrate, 4% 2-propanol , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
4KV5 scFv GC1009 in complex with TGF-beta1. 提交 2013-05-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390 链 B 279–390（112 aa）片段：unp residues 279-390	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；294 K；16% PEG 4K, 0.1 M citrate, 4% 2-propanol , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
5FFO Integrin alpha V beta 6 in complex with pro-TGF-beta 提交 2015-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390 链 D 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390 链 G 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390 链 H 34–390（357 aa）片段：UNP residues 34-390	未记录	CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% PEG8000 0.1M Immidazole	分辨率 3.49 Å R-free 0.277
5VQP Crystal structure of human pro-TGF-beta1 提交 2017-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–390（361 aa）	突变：C4S,N107Q,N147Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；289 K；100 mM MES pH6.3, 1.68 M Ammonium Sulfate, 11% Dioxane	分辨率 2.90 Å R-free 0.293
6GFF Structure of GARP (LRRC32) in complex with latent TGF-beta1 and MHG-8 Fab 提交 2018-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 30–278（249 aa）片段：LAP 链 B 279–390（112 aa）片段：Mature 链 C 30–278（249 aa）片段：LAP 链 D 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15% (w/v) PEG4000, 0.1 M HEPES pH 6.75	分辨率 3.10 Å R-free 0.268
6GFF Structure of GARP (LRRC32) in complex with latent TGF-beta1 and MHG-8 Fab 提交 2018-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 30–278（249 aa）片段：LAP 链 F 279–390（112 aa）片段：Mature 链 G 30–278（249 aa）片段：LAP 链 H 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；15% (w/v) PEG4000, 0.1 M HEPES pH 6.75	分辨率 3.10 Å R-free 0.268
7Y1R Human L-TGF-beta1 in complex with the anchor protein LRRC33 提交 2022-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–390（361 aa）链 B 30–390（361 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.01 Å
7Y1T Complex of integrin alphaV/beta8 and L-TGF-beta1 at a ratio of 1:2 提交 2022-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–390（361 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8C7H Cryo-EM Map of the latTGF-beta LHG-10 Fab complex 提交 2023-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 30–278（249 aa）片段：LAP 链 B 279–390（112 aa）片段：Mature 链 C 30–278（249 aa）片段：LAP 链 D 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8REW CryoEM structure of human GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody. 提交 2023-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–390（390 aa）片段：LAP 链 B 1–390（390 aa）片段：LAP 链 C 1–390（390 aa）片段：LAP 链 D 1–390（390 aa）片段：LAP	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
8UDZ The Structure of LTBP-49247 Fab Bound to TGFbeta1 Small Latent Complex 提交 2023-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 30–390（361 aa）链 B 30–390（361 aa）	突变：C33S, R278A 突变：C33S, R278A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；15% PEG 3350, 12% Tacsimate (pH 4.0), 10 mM Magnesium Chloride	分辨率 2.21 Å R-free 0.264
8VSC L-TGF-b1/GARP 提交 2024-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–390（390 aa）链 B 1–390（390 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9FDY Betaglycan Orphan Domain (ratBGo) in complex with TGF-b1 and extracellular domain of TGFBRII 提交 2024-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 279–390（112 aa）片段：Mature 链 B 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9FKP Zebrafish Betaglycan Orphan Domain (zfBGo) in complex with TGF-b1 and extracellular domain of TGFBRII 提交 2024-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 279–390（112 aa）片段：Mature 链 B 279–390（112 aa）片段：Mature	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
9VJJ Crystal Structure of human Latent TGF-beta1 in complex with SOF10 提交 2025-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 30–390（361 aa）链 B 30–390（361 aa）	突变：C33S 突变：C33S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Imidazole hydrochloride (pH 8.0), 10.0% w/v Polyethylene glycol 8000	分辨率 2.48 Å R-free 0.310

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGFB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–249； UniProt 30–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6p7j
沉积日期 deposition_date	2019-06-05
结构标题 title	Crystal structure of Latency Associated Peptide unbound to TGF-beta1
关键词 keywords	pro-domain, latency, cancer, transforming, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.29 Å
零角强度 I(0) i0	6593930.00
分子量 molecular_weight	18425.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23058 Å³
包络体积 envelope_volume	28410 Å³
水化壳体积 shell_volume	14557 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.5 Å
壳层 Rg shell_rg	22.87 Å
包络 Rg envelope_rg	18.20 Å
形状 Rg shape_rg	17.23 Å
总 Rg total_rg	18.48 Å
总原子数 total_atoms	1298
残基数 n_residues	159
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9270e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6594000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8039
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.509
峰度 Kurtosis kurtosis	0.154
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.538; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.060 Å
晶胞边长 b length_b	154.900 Å
晶胞边长 c length_c	62.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.501 Å
最低分辨率 resolution_low	36.310 Å
R 因子 r_factor	0.2897
R_work r_work	0.2881
R_free r_free	0.3215

描述 description	Transforming growth factor beta-1 proprotein
分子量 formula_weight	29274.2 kDa
突变 mutation	R249A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1298

Crystal structure of Latency Associated Peptide unbound to TGF-beta1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-1 proprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

fit	/app/data/saxs_computation/p7/6p7j/6p7j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p7/6p7j/6p7j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p7/6p7j/6p7j.dat