SAXSdb — 6p7s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Attachment glycoprotein

Cedar virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 3	Ephrin-B1 × 1 （P52795） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Ephrin-B1 × 1 （P52795） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7H333_9MONO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–429； UniProt 194–622 作者链 C； PDB构建体 1–429； UniProt 194–622

Ephrin-B1

Mus musculus

UniProt P52795

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 3	Attachment glycoprotein × 1 （J7H333） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Attachment glycoprotein × 1 （J7H333） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFNB1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–142； UniProt 29–170 作者链 D； PDB构建体 1–142； UniProt 29–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6p7s
沉积日期 deposition_date	2019-06-06
结构标题 title	Crystal Structure of the Cedar henipavirus Attachment G Glycoprotein globular domain in complex with the receptor ephrin-B1
关键词 keywords	Cedar virus, attachment, glycoprotein, G protein, VIRAL PROTEIN, receptor, ephrin-B1, henipavirus; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6p7s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6p7s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6p7s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.87 Å
Rg（电子密度）	23.89 Å
总 Rg	24.86 Å
原子数	4579
残基数	554
排除体积	81599 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6p7s__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6p7s__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Attachment glycoprotein
分子量 formula_weight	48955.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	9114

AMYSTNAYAELAGPPKIFCKSVSKDPDFRLKQIDYVIPVQQDRSICMNNPLLDISDGFFTYIHYEGINSCKKSDSFKVLLSHGEIVDRGDYRPSLYLLSSHYHPYSMQVINCVPVTCNQSSFVFCHISNNTKTLDNSDYSSDEYYITYFNGIDRPKTKKIPINNMTADNRYIHFTFSGGGGVCLGEEFIIPVTTVINTDVFTHDYCESFNCSVQTGKSLKEICSESLRSPTNSSRYNLNGIMIISQNNMTDFKIQLNGITYNKLSFGSPGRLSKTLGQVLYYQSSMSWDTYLKAGFVEKWKPFTPNWMNNTVISRPNQGNCPRYHKCPEICYGGTYNDIAPLDLGKDMYVSVILDSDQLAENPEITVFNSTTILYKERVSKDELNTRSTTTSCFLFLDEPWCISVLETNRFNGKSIRPEIYSYKIPKYC

来源 Source

来源生物 organism	Cedar virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1221391
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ephrin-B1
分子量 formula_weight	16119.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

AKNLEPVSWSSLNPKFLSGKGLVIYPKIGDKLDIICPRAEAGRPYEYYKLYLVRPEQAAACSTVLDPNVLVTCNKPHQEIRFTIKFQEFSPNYMGLEFKKYHDYYITSTSNGSLEGLENREGGVCRTRTMKIVMKVGQDPNA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6p7sB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	6p7sD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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晶胞边长 a length_a	207.570 Å
晶胞边长 b length_b	207.570 Å
晶胞边长 c length_c	119.377 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	44.940 Å
R 因子 r_factor	0.1976
R_work r_work	0.1959
R_free r_free	0.2275

Crystal Structure of the Cedar henipavirus Attachment G Glycoprotein globular domain in complex with the receptor ephrin-B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Attachment glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ephrin-B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6p7s__assembly_1__model_1

6p7s__assembly_1__model_1 | I(q)

6p7s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Cedar henipavirus Attachment G Glycoprotein globular domain in complex with the receptor ephrin-B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Attachment glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ephrin-B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6p7s__assembly_1__model_1

6p7s__assembly_1__model_1 | I(q)

6p7s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)