SAXSdb — 6pek

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spastin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 87–584 链 B； UniProt 87–584 链 C； UniProt 87–584 链 D； UniProt 87–584 链 E； UniProt 87–584	未记录	substrate peptide, TYR-GLU-TYR-GLU-TYR-GLU-TYR-GLU × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6PEK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 112–196（85 aa）片段：UNP residues 112 to 196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 112–196（85 aa）片段：UNP residues 112 to 196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 112–196（85 aa）片段：UNP residues 112 to 196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 112–196（85 aa）片段：UNP residues 112 to 196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 112–196（85 aa）片段：UNP residues 112 to 196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3EAB Crystal structure of Spastin MIT in complex with ESCRT III 提交 2008-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 112–196（85 aa）片段：UNP residues 112 to 196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；10% PEG 2000 MME, 0.2 M Ammonia Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3VFD Human spastin AAA domain 提交 2012-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–616（389 aa）片段：AAA domain	突变：E442Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；1.6M (NH3)2SO4, 0.1M MES monohydrate (pH 6.5),10% 1,4-dioxane and 4% benzamidine HCl, 1mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
5Z6Q Crystal structure of AAA of Spastin 提交 2018-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–616（388 aa）片段：UNP residues 229-616	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3M (NH4)2SO4, 100mM NH4Cl	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
5Z6R SPASTIN AAA WITH ATP 提交 2018-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–616（388 aa）片段：UNP RESIDUES 229-616	突变：E442Q	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；25MM TRIS-HCL, 1MM DTT, 1MM MGCL2, 1MM ATP, 2% PEG 3350, 20MM KSCN	分辨率 3.00 Å R-free 0.279
6PEN Structure of Spastin Hexamer (whole model) in complex with substrate peptide 提交 2019-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 87–584（498 aa）链 B 87–584（498 aa）链 C 87–584（498 aa）链 D 87–584（498 aa）链 E 87–584（498 aa）链 F 87–584（498 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7S7J Structure of Human SPASTIN-IST1 complex. 提交 2021-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 112–195（84 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；278 K；40% v/v PEG 300, 100 mM Sodium cacodylate / Hydrochloric acid pH=6.5, 200 mM Calcium Acetate	分辨率 1.15 Å R-free 0.157

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAST_HUMAN
Isoform	Q9UBP0-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–498； UniProt 87–584 作者链 B； PDB构建体 1–498； UniProt 87–584 作者链 C； PDB构建体 1–498； UniProt 87–584 作者链 D； PDB构建体 1–498； UniProt 87–584 作者链 E； PDB构建体 1–498； UniProt 87–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6pek
沉积日期 deposition_date	2019-06-20
结构标题 title	Structure of Spastin Hexamer (Subunit A-E) in complex with substrate peptide
关键词 keywords	AAA+ ATPase, Microtubule Severing, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.35 Å
零角强度 I(0) i0	381803000.00
分子量 molecular_weight	158300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198200 Å³
包络体积 envelope_volume	264790 Å³
水化壳体积 shell_volume	56711 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.87 Å
包络 Rg envelope_rg	38.36 Å
形状 Rg shape_rg	38.29 Å
总 Rg total_rg	38.90 Å
总原子数 total_atoms	11106
残基数 n_residues	1405
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	381800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8905
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.544
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	173100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.844

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spastin
分子量 formula_weight	54498.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	11106

MAAKRSSGAAPAPASASAPAPVPGGEAERVRVFHKQAFEYISIALRIDEDEKAGQKEQAVEWYKKGIEELEKGIAVIVTGQGEQCERARRLQAKMMTNLVMAKDRLQLLESGAVPKRKDPLTHTSNSLPRSKTVMKTGSAGLSGHHRAPSYSGLSMVSGVKQGSGPAPTTHKGTPKTNRTNKPSTPTTATRKKKDLKNFRNVDSNLANLIMNEIVDNGTAVKFDDIAGQDLAKQALQEIVILPSLRPELFTGLRAPARGLLLFGPPGNGKTMLAKAVAAESNATFFNISAASLTSKYVGEGEKLVRALFAVARELQPSIIFIDEVDSLLCERREGEHDASRRLKTEFLIEFDGVQSAGDDRVLVMGATNRPQELDEAVLRRFIKRVYVSLPNEETRLLLLKNLLCKQGSPLTQKELAQLARMTDGYSGSDLTALAKDAALGPIRELKPEQVKNMSASEMRNIRLSDFTESLKKIKRSVSPQTLEAYIRWNKDFGDTTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	substrate peptide, TYR-GLU-TYR-GLU-TYR-GLU-TYR-GLU
分子量 formula_weight	1479.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

EYEYEYEYEY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	119984

fit	/app/data/saxs_computation/pe/6pek/6pek.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/6pek/6pek.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/6pek/6pek.dat

Structure of Spastin Hexamer (Subunit A-E) in complex with substrate peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spastin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)