SAXSdb — 6px6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–254	未记录	HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain × 1 （A0A0U5IHY9） DQ2.2-glut-L1 × 1 T-cell receptor, T1005.2.56, alpha chain,Human nkt tcr alpha chain × 1 （K7N5M3） T-cell receptor, T1005.2.56, beta chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M MOPS/HEPES, pH 7.5, 12.5% v/v PEG1000, 12.5% v/v MPD, 12.5% w/v PEG3350, 0.04 M NPS mixture	分辨率 3.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6PX6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6PY2 HLA-TCR complex 提交 2019-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–254（254 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, 5% v/v MPD, 15% w/v PEG6000	分辨率 2.83 Å R-free 0.244
9EJI Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–206（183 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% Tacsimate pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.220

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q08AS3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain

Homo sapiens

UniProt A0A0U5IHY9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–261	未记录	HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain × 1 （Q08AS3） DQ2.2-glut-L1 × 1 T-cell receptor, T1005.2.56, alpha chain,Human nkt tcr alpha chain × 1 （K7N5M3） T-cell receptor, T1005.2.56, beta chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M MOPS/HEPES, pH 7.5, 12.5% v/v PEG1000, 12.5% v/v MPD, 12.5% w/v PEG3350, 0.04 M NPS mixture	分辨率 3.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6PX6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6PY2 HLA-TCR complex 提交 2019-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–261（261 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, 5% v/v MPD, 15% w/v PEG6000	分辨率 2.83 Å R-free 0.244
9EJI Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 33–228（196 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% Tacsimate pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.220

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U5IHY9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261

T-cell receptor, T1005.2.56, alpha chain,Human nkt tcr alpha chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 118–210	未记录	HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain × 1 （Q08AS3） HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain × 1 （A0A0U5IHY9） DQ2.2-glut-L1 × 1 T-cell receptor, T1005.2.56, beta chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M MOPS/HEPES, pH 7.5, 12.5% v/v PEG1000, 12.5% v/v MPD, 12.5% w/v PEG3350, 0.04 M NPS mixture	分辨率 3.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6PX6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NDM Structure of the AB18.1 TCR 提交 2013-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 118–220（103 aa）片段：AB18.1 TCR delta chain	突变：T167C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20% PEG3350, 0.2 M trisodium citrate, 2% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.01 Å R-free 0.280
4ZAK Crystal structure of the mCD1d/DB06-1/iNKTCR ternary complex 提交 2015-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 4LX N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanethioamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；20% PEG 4000, 0.2M ammonium citrate dibasic	分辨率 2.82 Å R-free 0.256
5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 116–210（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000	分辨率 4.00 Å R-free 0.338
5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 116–210（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000	分辨率 4.00 Å R-free 0.338
5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 116–210（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000	分辨率 4.00 Å R-free 0.338
5E6I Crystal structure of TCR PF8 in complex with flu MP(58-66) epitope presented by HLA-A2 提交 2015-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 116–210（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M immidazole pH8, 0.2M calcium acetate, 10%(v/v) PEG8000	分辨率 4.00 Å R-free 0.338
5MEN Human Leukocyte Antigen A02 presenting ILAKFLHWL, in complex with cognate T-Cell Receptor 提交 2016-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 118–206（89 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 8000	分辨率 2.81 Å R-free 0.272
5VCJ Structure of alpha-galactosylphytosphingosine bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR 提交 2017-03-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）片段：UNP A0A0B4J1J9 residues 22-114,UNP K7N5M3 residues 116-210	未记录	N57 (2S,3S,4R)-2-amino-3,4-dihydroxyoctadecyl alpha-D-galactopyranoside × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；20 % polyethylene glycol 3350, 200 mM sodium malonate	分辨率 3.16 Å R-free 0.248
5WLG Crystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL) 提交 2017-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 118–194（77 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；277 K；18%PEG3350, 2% ethylen glycol, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.2	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
5WLG Crystal Structure of H-2Db with the GAP501 peptide (SQL) 提交 2017-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 118–194（77 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；277 K；18%PEG3350, 2% ethylen glycol, 0.2M CaCl2, 0.1M HEPES pH 7.2	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6CW6 Structure of alpha-GC[8,18] bound by CD1d and in complex with the Va14Vb8.2 TCR 提交 2018-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 96–210（115 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PBS (2S,3S,4R)-N-OCTANOYL-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]-2-AMINO-OCTADECANE-3,4-DIOL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；295 K；8% Tacsimate pH 4.0 20% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.250
6D78 The complex between high-affinity TCR DMF5(alpha-D26Y,beta-L98W) and human Class I MHC HLA-A2 with the bound MART-1(27-35)peptide 提交 2018-04-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 118–206（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride	分辨率 2.35 Å R-free 0.255
6MIV Crystal structure of the mCD1d/xxq (JJ300)/iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JU1 N-[(2S,3S,4R)-1-({4-O-[(4-tert-butylphenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.05 Å R-free 0.219
6MIY Crystal structure of the mCD1d/xxa (JJ239)/iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 JTV N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 m ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 4000	分辨率 2.75 Å R-free 0.247
6MIY Crystal structure of the mCD1d/xxa (JJ239)/iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 116–210（95 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 JTV N-{(2S,3S,4R)-1-[(4-O-benzyl-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 m ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 4000	分辨率 2.75 Å R-free 0.247
6MJ4 Crystal structure of MCD1D/INKTCR TERNARY COMPLEX bound to glycolipid (XXW) 提交 2018-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTG N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-{[4-O-(prop-2-en-1-yl)-alpha-D-galactopyranosyl]oxy}octadecan-2-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
6MJ6 Crystal structure of the mCD1d/xxx (JJ166) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7 NA SODIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTM N-[(2S,3S,4R)-1-({4-O-[(4-chlorophenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.234
6MJA Crystal structure of the mCD1d/xxo (JJ294) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTJ N-[(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-({4-O-[(4-methylphenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)octadecan-2-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 m ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 4000	分辨率 2.35 Å R-free 0.237
6MJI Crystal structure of the mCD1d/xxs (JJ304) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JTD N-[(2S,3S,4R)-1-{[4-O-(cyclopropylmethyl)-alpha-D-galactopyranosyl]oxy}-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
6MJJ Crystal structure of the mCD1d/xxm (JJ290) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 10 NA SODIUM ION × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JU4 N-[(2S,3S,4R)-1-({4-O-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-alpha-D-galactopyranosyl}oxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.216
6MJQ Crystal structure of the mCD1d/xxp (JJ295) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JUD N-{(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-[(4-O-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]octadecan-2-yl}hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.258
6MJQ Crystal structure of the mCD1d/xxp (JJ295) /iNKTCR ternary complex 提交 2018-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 116–210（95 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 2 JUD N-{(2S,3S,4R)-3,4-dihydroxy-1-[(4-O-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-alpha-D-galactopyranosyl)oxy]octadecan-2-yl}hexacosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 m sodium malonate pH 4.0, 12% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.258
6R2L NYBR1-A2-SLSKILDTV 提交 2019-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 118–198（81 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M MES, 20% PEG 6000, pH 6.0 . Condition B07 from Molecular Dimensions PACT premier HT-96/FX-96, MD1-36	分辨率 2.30 Å R-free 0.265
6V80 Crystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with NKT12 TCR and VHH nanobody 1D12 提交 2019-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 96–210（115 aa）	未记录	AGH N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；21 % (v/v) PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 3% (v/v) D-(+)-trehalose dehydrate	分辨率 3.53 Å R-free 0.254
6V80 Crystal structure of human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with NKT12 TCR and VHH nanobody 1D12 提交 2019-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 96–210（115 aa）	未记录	AGH N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；21 % (v/v) PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate, 3% (v/v) D-(+)-trehalose dehydrate	分辨率 3.53 Å R-free 0.254
8T4Z T-cell receptor and lipid complex structure 提交 2023-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 116–210（95 aa）	未记录	Y73 N-[(2R,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；18-20% PEG3350, 8% Tacsimate pH 5.0	分辨率 2.69 Å R-free 0.265

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K7N5M3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 113–205； UniProt 118–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6px6
沉积日期 deposition_date	2019-07-24
结构标题 title	HLA-TCR complex
关键词 keywords	HLA, MHC, TCR, Complex, Celiac Disease, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.61 Å
零角强度 I(0) i0	125539000.00
分子量 molecular_weight	88742.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110400 Å³
包络体积 envelope_volume	148680 Å³
水化壳体积 shell_volume	37012 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.60 Å
包络 Rg envelope_rg	37.09 Å
形状 Rg shape_rg	36.60 Å
总 Rg total_rg	36.79 Å
总原子数 total_atoms	6266
残基数 n_residues	796
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	125500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5613
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.671
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.058
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.619; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.028; Positv: 1.000; Valcen: 0.558; Smooth: 0.796

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain
分子量 formula_weight	27963.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6291

MILNKALMLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASYGVNLYQSYGPSGQFTHEFDGDEEFYVDLERKETVWKLPLFHRLRFDPQFALTNIAVLKHNLNILIKRSNSTAATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDEPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLVGIVVGTVLIIRGLRSVGASRHQGPL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain
分子量 formula_weight	29714.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSWKKALRIPGGLRAATVTLMLSMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVSRSIYNREEIVRFDSDVGEFRAVTLLGLPAAEYWNSQKDILERKRAAVDRVCRHNYQLELRTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNGQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DQ2.2-glut-L1
分子量 formula_weight	1301.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

APFSEQEQPVLG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T-cell receptor, T1005.2.56, alpha chain,Human nkt tcr alpha chain
分子量 formula_weight	23798.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIQSSQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVHTGARLMFGDGTQLVVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSKLAAALEHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	T-cell receptor, T1005.2.56, beta chain
分子量 formula_weight	28637.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGVSQTPSNKVTEKGKYVELRCDPISGHTALYWYRQSLGQGPEFLIYFQGTGAADDSGLPNDRFFAVRPEGSVSTLKIQRTERGDSAVYLCASSHGASTDTQYFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6px6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	6px6A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6px6E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.534 Å
晶胞边长 b length_b	99.416 Å
晶胞边长 c length_c	72.565 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	39.238 Å
R 因子 r_factor	0.2076
R_work r_work	0.2049
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/px/6px6/6px6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/px/6px6/6px6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/px/6px6/6px6.dat

HLA-TCR complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T-cell receptor, T1005.2.56, alpha chain,Human nkt tcr alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)