SAXSdb — 6pzv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 × 1 （Q24K09） Histone H3.3 × 1 （P84243） CITRATE ANION × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 × 1 （Q24K09） Histone H3.3 × 1 （P84243） ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J3QS39_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–77； UniProt 1–76 作者链 B； PDB构建体 2–77； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 2–77； UniProt 1–76 作者链 F； PDB构建体 2–77； UniProt 1–76

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

Bos taurus

UniProt Q24K09

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin × 2 （J3QS39） Histone H3.3 × 1 （P84243） CITRATE ANION × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin × 2 （J3QS39） Histone H3.3 × 1 （P84243） ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNMT1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–247； UniProt 349–594 作者链 G； PDB构建体 2–247； UniProt 349–594

Histone H3.3

物种未注明

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin × 2 （J3QS39） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 × 1 （Q24K09） CITRATE ANION × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin × 2 （J3QS39） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 × 1 （Q24K09） ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H33_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–26； UniProt 2–27 作者链 H； PDB构建体 1–26； UniProt 2–27

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6pzv
沉积日期 deposition_date	2019-08-01
结构标题 title	Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin
关键词 keywords	DNA methylation, DNA methyltransferase 1, Histone modification, Ubiquitylation, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6pzv__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6pzv__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6pzv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.06 Å
Rg（电子密度）	22.96 Å
总 Rg	23.85 Å
原子数	3177
残基数	413
排除体积	56680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6pzv__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6pzv__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8710.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	6247

SMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
分子量 formula_weight	28002.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

SPKCTECLQYLDDPELRYEQHPPDAVEEIQILTNERLSIFDANESGFESYEDLPQHKLTCFSVYCKRGHLCPIDTGLIEKDVELLFSGSAKPIYEDDPSPEGGINGKNFGPINEWWIAGFDGGEKALLGFSTSFAEYILMDPSPEYAPLFSVMQEKIYISKIVVEFLQSNPDSTYEDLINKIETTVPPCMLNLNRFTEDSLLRHAQFVVEQVESYDRAGDSDEQPIFLSPCMRDLIKLAGVTLGKRR

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3.3
分子量 formula_weight	2810.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

ARTKQTARKSTGGKAPRCQLATCAAW

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6pzvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6pzvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6pzvC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2230 —

结构域编号 domain_id	6pzvE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6pzvF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6pzvG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2230 —

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晶胞边长 a length_a	70.322 Å
晶胞边长 b length_b	196.445 Å
晶胞边长 c length_c	67.703 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	49.110 Å
R 因子 r_factor	0.2217
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2724

Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6pzv__assembly_2__model_1

6pzv__assembly_2__model_1 | I(q)

6pzv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6pzv__assembly_2__model_1

6pzv__assembly_2__model_1 | I(q)

6pzv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)