SAXSdb — 6q2r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurturin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	GDNF family receptor alpha-2 × 4 （O00451） Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret × 4 （P07949） CALCIUM ION × 16 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRTN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–102； UniProt 96–197 作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 96–197 作者链 U； PDB构建体 1–102； UniProt 96–197 作者链 V； PDB构建体 1–102； UniProt 96–197

GDNF family receptor alpha-2

Homo sapiens

UniProt O00451

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Neurturin × 4 （Q99748） Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret × 4 （P07949） CALCIUM ION × 16 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GFRA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–339； UniProt 24–362 作者链 D； PDB构建体 1–339； UniProt 24–362 作者链 W； PDB构建体 1–339； UniProt 24–362 作者链 X； PDB构建体 1–339； UniProt 24–362

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

Homo sapiens

UniProt P07949

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Neurturin × 4 （Q99748） GDNF family receptor alpha-2 × 4 （O00451） CALCIUM ION × 16 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RET_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–607； UniProt 29–635 作者链 F； PDB构建体 1–607； UniProt 29–635 作者链 Y； PDB构建体 1–607； UniProt 29–635 作者链 Z； PDB构建体 1–607； UniProt 29–635

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6q2r
沉积日期 deposition_date	2019-08-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of RET/GFRa2/NRTN extracellular complex in the tetrameric form
关键词 keywords	RET, receptor tyrosine kinase, cryo-EM, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6q2r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6q2r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6q2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	68.72 Å
Rg（电子密度）	69.39 Å
总 Rg	69.01 Å
原子数	30392
残基数	3800
排除体积	535240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6q2r__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurturin
分子量 formula_weight	11706.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,U,V
原子数 atom_count	30392

ARLGARPCGLRELEVRVSELGLGYASDETVLFRYCAGACEAAARVYDLGLRRLRQRRRLRRERVRAQPCCRPTAYEDEVSFLDAHSRYHTVHELSARECACV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GDNF family receptor alpha-2
分子量 formula_weight	39572.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,W,X

SSLQGPELHGWRPPVDCVRANELCAAESNCSSRYRTLRQCLAGRDRNTMLANKECQAALEVLQESPLYDCRCKRGMKKELQCLQIYWSIHLGLTEGEEFYEASPYEPVTSRLSDIFRLASIFSGTGADPVVSAKSNHCLDAAKACNLNDNCKKLRSSYISICNREISPTERCNRRKCHKALRQFFDRVPSEYTYRMLFCSCQDQACAERRRQTILPSCSYEDKEKPNCLDLRGVCRTDHLCRSRLADFHANCRASYQTVTSCPADNYQACLGSYAGMIGFDMTPNYVDSSPTGIVVSPWCSCRGSGNMEEECEKFLRDFTENPCLRNAIQAFGNGTDVNGTHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
分子量 formula_weight	69100.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,Y,Z

LYFSRDAYWEKLYVDQAAGTPLLYVHALRDAPEEVPSFRLGQHLYGTYRTRLHENNWICIQEDTGLLYLNRSLDHSSWEKLSVRNHGFPLLTVYLKVFLSPTSLREGECQWPGCARVYFSFFNTSFPACSSLKPRELCFPETRPSFRIRENRPPGTFHQFRLLPVQFLCPNISVAYRLLEGEGLPFRCAPDSLEVSTRWALDREQREKYELVAVCTVHAGAREEVVMVPFPVTVYDEDDSAPTFPAGVDTASAVVEFKRKEDTVVATLRVFDADVVPASGELVRRYTSTLLPGDTWAQQTFRVEHWPNETSVQANGSFVRATVHDYRLVLNRNLSISENRTMQLAVLVNDSDFQGPGAGVLLLHFNVSVLPVSLHLPSTYSLSVSRRARRFAQIGKVCVENCQAFSGINVQYKLHSSGANCSTLGVVTSAEDTSGILFVNDTKALRRPKCAELHYMVVATDQQTSRQAQAQLLVTVEGSYVAEEAGCPLSCAVSKRRLECEECGGLGSPTGRCEWRQGDGKGITRNFSTCSPSTKTCPDGHCDVVETQDINICPQDCLRGSIVGGHEPGEPRGIKAGYGTCNCFPEEEKCFCEPEDIQDPLCDELCRGTHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	15957

Cryo-EM structure of RET/GFRa2/NRTN extracellular complex in the tetrameric form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurturin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GDNF family receptor alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6q2r__assembly_1__model_1

6q2r__assembly_1__model_1 | I(q)

6q2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of RET/GFRa2/NRTN extracellular complex in the tetrameric form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurturin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GDNF family receptor alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6q2r__assembly_1__model_1

6q2r__assembly_1__model_1 | I(q)

6q2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)