6q3w

Structure of human galactokinase 1 bound with Ethyl 1-(2-pyrazinyl)-4-piperidinecarboxylate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactokinase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	beta-D-galactopyranose × 1 2-(1,3-benzoxazol-2-ylamino)spiro[1,6,7,8-tetrahydroquinazoline-4,1'-cyclohexane]-5-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	beta-D-galactopyranose × 1 2-(1,3-benzoxazol-2-ylamino)spiro[1,6,7,8-tetrahydroquinazoline-4,1'-cyclohexane]-5-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	beta-D-galactopyranose × 1 2-(1,3-benzoxazol-2-ylamino)spiro[1,6,7,8-tetrahydroquinazoline-4,1'-cyclohexane]-5-one × 1 ethyl 1-pyrazin-2-ylpiperidine-4-carboxylate × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GALK1_HUMAN
Isoform	P51570-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–391； UniProt 32–422 作者链 B； PDB构建体 1–391； UniProt 32–422 作者链 C； PDB构建体 1–391； UniProt 32–422 作者链 D； PDB构建体 1–391； UniProt 32–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6q3w
沉积日期 deposition_date	2018-12-04
结构标题 title	Structure of human galactokinase 1 bound with Ethyl 1-(2-pyrazinyl)-4-piperidinecarboxylate
关键词 keywords	GALK1, fragment, fragment-bound, galactokinase 1, sugar kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6q3w__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6q3w__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6q3w__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.41 Å
Rg（电子密度）	20.56 Å
总 Rg	21.29 Å
原子数	2760
残基数	385
排除体积	48801 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6q3w__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6q3w__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6q3w__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6q3w__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Galactokinase
分子量 formula_weight	42071.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.6
突变 mutation	K252A, E253A, L235P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11460

AALRQPQVAELLAEARRAFREEFGAEPELAVSAPGRVNLIGEHTDYNQGLVLPMALELMTVLVGSPRKDGLVSLLTTSEGADEPQRLQFPLPTAQRSLEPGTPRWANYVKGVIQYYPAAPLPGFSAVVVSSVPLGGGLSSSASLEVATYTFLQQLCPDSGTIAARAQVCQQAEHSFAGMPCGIMDQFISLMGQKGHALLIDCRSLETSLVPLSDPKLAVLITNSNVRHSLASSEYPVRRRQCEEVARALGAASLREVQLEELEAARDLVSKEGFRRARHVVGEIRRTAQAAAALRRGDYRAFGRLMVESHRSLRDDYEVSCPELDQLVEAALAVPGVYGSRMTGGGFGGCTVTLLEASAAPHAMRHIQEHYGGTATFYLSQAADGAKVLCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(1,3-benzoxazol-2-ylamino)spiro[1,6,7,8-tetrahydroquinazoline-4,1'-cyclohexane]-5-one
分子量 formula_weight	350.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ethyl 1-pyrazin-2-ylpiperidine-4-carboxylate
分子量 formula_weight	235.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	641

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6q3wa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.5 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6q3wa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.26 — GHMP Kinase, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.26.7 — Galactokinase

结构域编号 domain_id	d6q3wb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.5 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6q3wb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.26 — GHMP Kinase, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.26.7 — Galactokinase

结构域编号 domain_id	d6q3wc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.5 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6q3wc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.26 — GHMP Kinase, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.26.7 — Galactokinase

结构域编号 domain_id	d6q3wd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.5 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6q3wd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.26 — GHMP Kinase, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.26.7 — Galactokinase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6q3wA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6q3wA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	890 — GHMP kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6q3wB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6q3wB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	890 — GHMP kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6q3wC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6q3wC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	890 — GHMP kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6q3wD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6q3wD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	890 — GHMP kinase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	73.262 Å
晶胞边长 b length_b	114.807 Å
晶胞边长 c length_c	120.818 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.962 Å
最低分辨率 resolution_low	82.556 Å
R 因子 r_factor	0.2328
R_work r_work	0.2316
R_free r_free	0.2547

Structure of human galactokinase 1 bound with Ethyl 1-(2-pyrazinyl)-4-piperidinecarboxylate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6q3w__assembly_2__model_1

6q3w__assembly_2__model_1 | I(q)

6q3w__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of human galactokinase 1 bound with Ethyl 1-(2-pyrazinyl)-4-piperidinecarboxylate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6q3w__assembly_2__model_1

6q3w__assembly_2__model_1 | I(q)

6q3w__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)