SAXSdb — 6q9q

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Mdm4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;6-chloranyl-3-[3-[(1~{S})-1-(4-chlorophenyl)ethyl]-5-phenyl-imidazol-4-yl]-~{N}-[2-(4-cyclohexylpiperazin-1-yl)ethyl]-1~{H}-indole-2-carboxamide ; × 1 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;6-chloranyl-3-[3-[(1~{S})-1-(4-chlorophenyl)ethyl]-5-phenyl-imidazol-4-yl]-~{N}-[2-(4-cyclohexylpiperazin-1-yl)ethyl]-1~{H}-indole-2-carboxamide ; × 1 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE × 2 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	;6-chloranyl-3-[3-[(1~{S})-1-(4-chlorophenyl)ethyl]-5-phenyl-imidazol-4-yl]-~{N}-[2-(4-cyclohexylpiperazin-1-yl)ethyl]-1~{H}-indole-2-carboxamide ; × 1 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	;6-chloranyl-3-[3-[(1~{S})-1-(4-chlorophenyl)ethyl]-5-phenyl-imidazol-4-yl]-~{N}-[2-(4-cyclohexylpiperazin-1-yl)ethyl]-1~{H}-indole-2-carboxamide ; × 1 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE × 1 SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDM4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–100； UniProt 14–111 作者链 B； PDB构建体 3–100； UniProt 14–111 作者链 C； PDB构建体 3–100； UniProt 14–111 作者链 D； PDB构建体 3–100； UniProt 14–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6q9q
沉积日期 deposition_date	2018-12-18
结构标题 title	HDMX (14-111; C17S) COMPLEXED WITH COMPOUND 13 AT 2.1A; Structural states of Hdm2 and HdmX: X-ray elucidation of adaptations and binding interactions for different chemical compound classes
关键词 keywords	HDMX, MDM4, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6q9q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6q9q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6q9q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.22 Å
Rg（电子密度）	12.65 Å
总 Rg	14.07 Å
原子数	743
残基数	84
排除体积	13498 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6q9q__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6q9q__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6q9q__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6q9q__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein Mdm4
分子量 formula_weight	11187.0 kDa
突变 mutation	C17S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3149

GPDSASRISPGQINQVRPKLPLLKILHAAGAQGEMFTVKEVMHYLGQYIMVKQLYDQQEQHMVYCGGDLLGELLGRQSFSVKDPSPLYDMLRKNLVTLAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;6-chloranyl-3-[3-[(1~{S})-1-(4-chlorophenyl)ethyl]-5-phenyl-imidazol-4-yl]-~{N}-[2-(4-cyclohexylpiperazin-1-yl)ethyl]-1~{H}-indole-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	669.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE
分子量 formula_weight	264.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6q9qa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6q9qb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6q9qc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6q9qd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.42 — SWIB/MDM2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.42.1 — SWIB/MDM2 domain
家族 Family family	a.42.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6q9qA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	6q9qB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	6q9qC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

结构域编号 domain_id	6q9qD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	245 — MDM2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SWIB/MDM2 domain

▶

晶胞边长 a length_a	118.801 Å
晶胞边长 b length_b	75.367 Å
晶胞边长 c length_c	62.773 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2349
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2522

HDMX (14-111; C17S) COMPLEXED WITH COMPOUND 13 AT 2.1A; Structural states of Hdm2 and HdmX: X-ray elucidation of adaptations and binding interactions for different chemical compound classes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Mdm4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6q9q__assembly_1__model_1

6q9q__assembly_1__model_1 | I(q)

6q9q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

HDMX (14-111; C17S) COMPLEXED WITH COMPOUND 13 AT 2.1A; Structural states of Hdm2 and HdmX: X-ray elucidation of adaptations and binding interactions for different chemical compound classes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Mdm4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6q9q__assembly_1__model_1

6q9q__assembly_1__model_1 | I(q)

6q9q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)