SAXSdb — 6qd7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein,Virion spike glycoprotein,EBOV-GP1

Ebola virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 3	Light chain × 3 Heavy chain × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 alpha-D-mannopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGP_EBOZM
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–283； UniProt 32–311 作者链 C； PDB构建体 4–283； UniProt 32–311 作者链 E； PDB构建体 4–283； UniProt 32–311 作者链 B； PDB构建体 1–131； UniProt 502–632 作者链 D； PDB构建体 1–131； UniProt 502–632 作者链 F； PDB构建体 1–131； UniProt 502–632

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qd7
沉积日期 deposition_date	2019-01-01
结构标题 title	EM structure of a EBOV-GP bound to 3T0331 neutralizing antibody
关键词 keywords	Antibody, immune response, viral infection, EBOV, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qd7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qd7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qd7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.65 Å
Rg（电子密度）	42.12 Å
总 Rg	42.41 Å
原子数	14436
残基数	1842
排除体积	255460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qd7__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Light chain
分子量 formula_weight	23310.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Z,P
原子数 atom_count	14445

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSTYLAWYQHQPGQAPRLLIYEASNRATGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLEPEDVAVYYCQQRASWPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain
分子量 formula_weight	23673.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,X,U

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCEASGFPLRDYAMSWVRQAPGRGLQWVSTIGGNDNAANYADSVKGRFTVSRDNSKSTIYLQMNSLRAEDTALYFCAKSVRLSRPSPFDLWGQGSLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein,Virion spike glycoprotein,EBOV-GP1
分子量 formula_weight	34887.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E

GSRSIPLGVIHNSALQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFTVVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Ebola virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1570291
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	18989.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

EAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDFVDGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Ebola virus
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1570291
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d6qd7a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.64 — Filovirus surface glycoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	f.64.1 — Filovirus surface glycoprotein-like
家族 Family family	f.64.1.1 — Filovirus surface glycoproteins

结构域编号 domain_id	d6qd7c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.64 — Filovirus surface glycoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	f.64.1 — Filovirus surface glycoprotein-like
家族 Family family	f.64.1.1 — Filovirus surface glycoproteins

结构域编号 domain_id	d6qd7e_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.64 — Filovirus surface glycoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	f.64.1 — Filovirus surface glycoprotein-like
家族 Family family	f.64.1.1 — Filovirus surface glycoproteins

结构域编号 domain_id	d6qd7h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6qd7l_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6qd7p_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6qd7u_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6qd7x_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6qd7z_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	109407

EM structure of a EBOV-GP bound to 3T0331 neutralizing antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein,Virion spike glycoprotein,EBOV-GP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qd7__assembly_1__model_1

6qd7__assembly_1__model_1 | I(q)

6qd7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

EM structure of a EBOV-GP bound to 3T0331 neutralizing antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein,Virion spike glycoprotein,EBOV-GP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qd7__assembly_1__model_1

6qd7__assembly_1__model_1 | I(q)

6qd7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

7. 引用文献 (1)