6qem

E. coli DnaBC complex bound to ssDNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative DNA helicase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 1	DNA replication protein DnaC × 6 （P0AEF0） ssDNA × 1 ;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ; × 5 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 B； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 C； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 D； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 E； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 F； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471

DNA replication protein DnaC

Escherichia coli

UniProt P0AEF0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 1	Replicative DNA helicase × 6 （P0ACB0） ssDNA × 1 ;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ; × 5 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 H； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 I； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 J； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 K； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 L； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qem
沉积日期 deposition_date	2019-01-08
结构标题 title	E. coli DnaBC complex bound to ssDNA
关键词 keywords	Helicase, helicase loader, AAA+, RecA, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qem__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qem__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.19 Å
Rg（电子密度）	51.87 Å
总 Rg	52.01 Å
原子数	65880
残基数	4130
排除体积	583220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qem__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replicative DNA helicase
分子量 formula_weight	52450.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	65880

MAGNKPFNKQQAEPRERDPQVAGLKVPPHSIEAEQSVLGGLMLDNERWDDVAERVVADDFYTRPHRHIFTEMARLQESGSPIDLITLAESLERQGQLDSVGGFAYLAELSKNTPSAANISAYADIVRERAVVREMISVANEIAEAGFDPQGRTSEDLLDLAESRVFKIAESRANKDEGPKNIADVLDATVARIEQLFQQPHDGVTGVNTGYDDLNKKTAGLQPSDLIIVAARPSMGKTTFAMNLVENAAMLQDKPVLIFSLEMPSEQIMMRSLASLSRVDQTKIRTGQLDDEDWARISGTMGILLEKRNIYIDDSSGLTPTEVRSRARRIAREHGGIGLIMIDYLQLMRVPALSDNRTLEIAEISRSLKALAKELNVPVVALSQLNRSLEQRADKRPVNSDLRESGSIEQDADLIMFIYRDEVYHENSDLKGIAEIIIGKQRNGPIGTVRLTFNGQWSRFDNYAGPQYDDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA replication protein DnaC
分子量 formula_weight	27973.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

MKNVGDLMQRLQKMMPAHIKPAFKTGEELLAWQKEQGAIRSAALERENRAMKMQRTFNRSGIRPLHQNCSFENYRVECEGQMNALSKARQYVEEFDGNIASFIFSGKPGTGKNHLAAAICNELLLRGKSVLIITVADIMSAMKDTFRNSGTSEEQLLNDLSNVDLLVIDEIGVQTESKYEKVIINQIVDRRSSSKRPTGMLTNSNMEEMTKLLGERVMDRMRLGNSLWVIFNWDSYRSRVTGKEY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ssDNA
分子量 formula_weight	10906.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ;
分子量 formula_weight	492.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

结构域编号 domain_id	6qemA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	6qemA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	6qemB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	6qemC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	6qemD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	6qemE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNAb Helicase; Chain A

结构域编号 domain_id	6qemF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6qemL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	229097

E. coli DnaBC complex bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative DNA helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA replication protein DnaC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qem__assembly_1__model_1

6qem__assembly_1__model_1 | I(q)

6qem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

7. 引用文献 (1)

E. coli DnaBC complex bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative DNA helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA replication protein DnaC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qem__assembly_1__model_1

6qem__assembly_1__model_1 | I(q)

6qem__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

7. 引用文献 (1)