6qil

The complex structure of hsRosR-S1 (VNG0258H/RosR-S1)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA binding protein

Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	DNA (28-MER) × 1 DNA (28-MER) × 1 MANGANESE (II) ION × 8 SULFATE ION × 9 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	DNA (28-MER) × 1 DNA (28-MER) × 1 MANGANESE (II) ION × 3 SULFATE ION × 5 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9HSF4_HALSA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–111； UniProt 6–116 作者链 B； PDB构建体 1–111； UniProt 6–116 作者链 C； PDB构建体 1–111； UniProt 6–116 作者链 D； PDB构建体 1–111； UniProt 6–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qil
沉积日期 deposition_date	2019-01-21
结构标题 title	The complex structure of hsRosR-S1 (VNG0258H/RosR-S1)
关键词 keywords	Halophiles, wHTH DNA binding protein, RosR, High salt medium, DNA BINDING PROTEIN, Protein-DNA interactions; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qil__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qil__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qil__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.66 Å
Rg（电子密度）	24.08 Å
总 Rg	24.83 Å
原子数	5479
残基数	287
排除体积	50139 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qil__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6qil__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA binding protein
分子量 formula_weight	13179.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11003

PDARSDARDLTAFQKNILTVLGEEARYGLAIKRELEEYYGEEVNHGRLYPNLDDLVNKGLVEKSELDKRTNEYALTNEGFDAVVDDLEWTLSKFVADADRRERVETIVADDAAALE

来源 Source

来源生物 organism	Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1)
通用名 common_name	Halobacterium halobium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64091
宿主生物 host_organism	Haloferax volcanii

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (28-MER)
分子量 formula_weight	8666.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

GCGAGGTGTAAATTGTCTGACATGTTCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (28-MER)
分子量 formula_weight	8542.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H

AGAACATGTCAGACAATTTACACCTCGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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晶胞边长 a length_a	46.824 Å
晶胞边长 b length_b	84.304 Å
晶胞边长 c length_c	89.372 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.24 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.98 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	44.548 Å
R 因子 r_factor	0.2089
R_work r_work	0.2075
R_free r_free	0.2350

The complex structure of hsRosR-S1 (VNG0258H/RosR-S1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qil__assembly_1__model_1

6qil__assembly_1__model_1 | I(q)

6qil__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

The complex structure of hsRosR-S1 (VNG0258H/RosR-S1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qil__assembly_1__model_1

6qil__assembly_1__model_1 | I(q)

6qil__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)