SAXSdb — 6qoz

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA2 polyprotein

Cowpea mosaic virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Affimer binding protein × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL2_CPMVS
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 834–1022 作者链 D； PDB构建体 1–189； UniProt 834–1022 作者链 F； PDB构建体 1–189； UniProt 834–1022 作者链 H； PDB构建体 1–189； UniProt 834–1022 作者链 B； PDB构建体 1–369； UniProt 460–828 作者链 E； PDB构建体 1–369； UniProt 460–828 作者链 G； PDB构建体 1–369； UniProt 460–828 作者链 I； PDB构建体 1–369； UniProt 460–828

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6qoz
沉积日期 deposition_date	2019-02-13
结构标题 title	CryoEM reconstruction of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) bound to an Affimer reagent
关键词 keywords	VIRUS, CPMV, COMOVIRIDAE, PICORNAVIRALES, AFFIMEr REAGENT, antibody-like; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6qoz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6qoz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6qoz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.14 Å
Rg（电子密度）	47.96 Å
总 Rg	48.02 Å
原子数	17987
残基数	2307
排除体积	319890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6qoz__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA2 polyprotein
分子量 formula_weight	20961.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,H
原子数 atom_count	17987

GPVCAEASDVYSPCMIASTPPAPFSDVTAVTFDLINGKITPVGDDNWNTHIYNPPIMNVLRTAAWKSGTIHVQLNVRGAGVKRADWDGQVFVYLRQSMNPESYDARTFVISQPGSAMLNFSFDIIGPNSGFEFAESPWANQTTWYLECVATNPRQIQQFEVNMRFDPNFRVAGNILMPPFPLSTETPPL

来源 Source

来源生物 organism	Cowpea mosaic virus
通用名 common_name	CPMV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12264
宿主生物 host_organism	Nicotiana benthamiana

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cowpea mosaic virus large subunit
分子量 formula_weight	40858.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,I

MEQNLFALSLDDTSSVRGSLLDTKFAQTRVLLSKAMAGGDVLLDEYLYDVVNGQDFRATVAFLRTHVITGKIKVTATTNISDNSGCCLMLAINSGVRGKYSTDVYTICSQDSMTWNPGCKKNFSFTFNPNPCGDSWSAEMISRSRVRMTVICVSGWTLSPTTDVIAKLDWSIVNEKCEPTIYHLADCQNWLPLNRWMGKLTFPQGVTSEVRRMPLSIGGGAGATQAFLANMPNSWISMWRYFRGELHFEVTKMSSPYIKATVTFLIAFGNLSDAFGFYESFPHRIVQFAEVEEKCTLVFSQQEFVTAWSTQVNPRTTLEADGCPYLYAIIHDSTTGTISGDFNLGVKLVGIKDFCGIGSNPGIDGSRLL

来源 Source

来源生物 organism	Cowpea mosaic virus
通用名 common_name	CPMV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12264
宿主生物 host_organism	Nicotiana benthamiana

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Affimer binding protein
分子量 formula_weight	9286.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ENSLEIEELARFAVDEHNKKENALLEFVRVVKAKEQVVAGTMYYLTLEAKDGGKKKLYEAKVWVKPWENFKELQEFKPV

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6qozA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6qozB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6qozD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6qozE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6qozF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6qozG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6qozH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6qozI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	15441

CryoEM reconstruction of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) bound to an Affimer reagent

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA2 polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qoz__assembly_1__model_1

6qoz__assembly_1__model_1 | I(q)

6qoz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

CryoEM reconstruction of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) bound to an Affimer reagent

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA2 polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6qoz__assembly_1__model_1

6qoz__assembly_1__model_1 | I(q)

6qoz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)