SAXSdb — 6quz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ABC transporter, ATP-binding protein

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288 × 1 （Q9WYC4） Sb_TM35 × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288 × 1 （Q9WYC4） Sb_TM35 × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WYC3_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–587； UniProt 2–577 作者链 C； PDB构建体 12–587； UniProt 2–577

Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)

UniProt Q9WYC4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ABC transporter, ATP-binding protein × 1 （Q9WYC3） Sb_TM35 × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ABC transporter, ATP-binding protein × 1 （Q9WYC3） Sb_TM35 × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y288_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 D； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6quz
沉积日期 deposition_date	2019-03-01
结构标题 title	Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35
关键词 keywords	ABC exporter, ABC transporter, Membrane Transporter, MEMBRANE PROTEIN, sybody, nanobody; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6quz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6quz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6quz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.97 Å
Rg（电子密度）	42.28 Å
总 Rg	42.29 Å
原子数	10030
残基数	1262
排除体积	181060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6quz__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6quz__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ABC transporter, ATP-binding protein
分子量 formula_weight	65060.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	20098

GPSGSGGGGGSKTLARYLKPYWIFAVLAPLFMVVEVICDLSQPTLLARIVDEGIARGDFSLVLKTGILMLIVALIGAVGGIGCTVFASYASQNFGADLRRDLFRKVLSFSISNVNRFHTSSLITRLTNDVTQLQNLVMMLLRIVVRAPLLFVGGIVMAVSINVKLSSVLIFLIPPIVLLFVWLTKKGNPLFRKIQESTDEVNRVVRENLLGVRVVRAFRREEYENENFRKANESLRRSIISAFSLIVFALPLFIFIVNMGMIAVLWFGGVLVRNNQMEIGSIMAYTNYLMQIMFSLMMIGNILNFIVRASASAKRVLEVLNEKPAIEEADNALALPNVEGSVSFENVEFRYFENTDPVLSGVNFSVKPGSLVAVLGETGSGKSTLMNLIPRLIDPERGRVEVDELDVRTVKLKDLRGHISAVPQETVLFSGTIKENLKWGREDATDDEIVEAAKIAQIHDFIISLPEGYDSRVERGGRNFSGGQKQRLSIARALVKKPKVLILDDCTSSVDPITEKRILDGLKRYTKGCTTFIITQKIPTALLADKILVLHEGKVAGFGTHKELLEHCKPYREIYESQFGNGVMNDA

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
分子量 formula_weight	67802.9 kDa
突变 mutation	E517A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MPEIRRRPHGPILEKPALKNPTATLRRLLGYLRPHTFTLIMVFVFVTVSSILGVLSPYLIGKTIDVVFVPRRFDLLPRYMLILGTIYALTSLLFWLQGKIMLTLSQDVVFRLRKELFEKLQRVPVGFFDRTPHGDIISRVINDVDNINNVLGNSIIQFFSGIVTLAGAVIMMFRVNVILSLVTLSIVPLTVLITQIVSSQTRKYFYENQRVLGQLNGIIEEDISGLTVIKLFTREEKEMEKFDRVNESLRKVGTKAQIFSGVLPPLMNMVNNLGFALISGFGGWLALKDIITVGTIATFIGYSRQFTRPLNELSNQFNMIQMALASAERIFEILDLEEEKDDPDAVELREVRGEIEFKNVWFSYDKKKPVLKDITFHIKPGQKVALVGPTGSGKTTIVNLLMRFYDVDRGQILVDGIDIRKIKRSSLRSSIGIVLQDTILFSTTVKENLKYGNPGATDEEIKEAAKLTHSDHFIKHLPEGYETVLTDNGEDLSQGQRQLLAITRAFLANPKILILDAATSNVDTKTEKSIQAAMWKLMEGKTSIIIAHRLNTIKNADLIIVLRDGEIVEMGKHDELIQKRGFYYELFTSQYGLVVEKEA

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Sb_TM35
分子量 formula_weight	13843.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GPSQVQLVESGGGSVQAGGSLRLSCAASGNIHHISYLGWFRQAPGKEREGVAALWTKDGNTYYADSVKGRFTVSLDNAKNTGYLQMNSLKPEDTALYYCAAADTGSDTPLWDWVYWYWGQGTQVTVSA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6quzA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6quzB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6quzC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6quzD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	165.340 Å
晶胞边长 b length_b	77.110 Å
晶胞边长 c length_c	207.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	48.840 Å
R 因子 r_factor	0.2440
R_work r_work	0.2430
R_free r_free	0.2630

Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ABC transporter, ATP-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6quz__assembly_1__model_1

6quz__assembly_1__model_1 | I(q)

6quz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ABC transporter, ATP-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6quz__assembly_1__model_1

6quz__assembly_1__model_1 | I(q)

6quz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)