6r7d

Crystal structure of LTC4S in complex with AZ13690257

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukotriene C4 synthase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(1~{S},2~{S})-2-[5-[cyclopropylmethyl(naphthalen-1-yl)amino]-4-methoxy-pyrimidin-2-yl]carbonylcyclopropane-1-carboxylic acid × 3 NICKEL (II) ION × 3 PALMITIC ACID × 16 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(1~{S},2~{S})-2-[5-[cyclopropylmethyl(naphthalen-1-yl)amino]-4-methoxy-pyrimidin-2-yl]carbonylcyclopropane-1-carboxylic acid × 3 NICKEL (II) ION × 1 PALMITIC ACID × 11 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(1~{S},2~{S})-2-[5-[cyclopropylmethyl(naphthalen-1-yl)amino]-4-methoxy-pyrimidin-2-yl]carbonylcyclopropane-1-carboxylic acid × 3 NICKEL (II) ION × 2 PALMITIC ACID × 7 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(1~{S},2~{S})-2-[5-[cyclopropylmethyl(naphthalen-1-yl)amino]-4-methoxy-pyrimidin-2-yl]carbonylcyclopropane-1-carboxylic acid × 3 NICKEL (II) ION × 2 PALMITIC ACID × 9 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTC4S_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 B； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 C； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 D； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 E； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 F； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 G； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 H； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 I； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 J； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 K； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150 作者链 L； PDB构建体 9–157； UniProt 2–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6r7d
沉积日期 deposition_date	2019-03-28
结构标题 title	Crystal structure of LTC4S in complex with AZ13690257
关键词 keywords	Inhibitor, arachidonic acid cascade, cysteinyl leukotrienes, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6r7d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6r7d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6r7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.24 Å
Rg（电子密度）	22.89 Å
总 Rg	24.17 Å
原子数	3853
残基数	446
排除体积	71385 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6r7d__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6r7d__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6r7d__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6r7d__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leukotriene C4 synthase
分子量 formula_weight	17482.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	15151

MAHHHHHHKDEVALLAAVTLLGVLLQAYFSLQVISARRAFRVSPPLTTGPPEFERVYRAQVNCSEYFPLFLATLWVAGIFFHEGAAALCGLVYLFARLRYFQGYARSAQLRLAPLYASARALWLLVALAALGLLAHFLPAALRAALLGRLRTLLPWA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(1~{S},2~{S})-2-[5-[cyclopropylmethyl(naphthalen-1-yl)amino]-4-methoxy-pyrimidin-2-yl]carbonylcyclopropane-1-carboxylic acid
分子量 formula_weight	417.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	43

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6r7dA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

结构域编号 domain_id	6r7dL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 — Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain

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晶胞边长 a length_a	121.591 Å
晶胞边长 b length_b	169.385 Å
晶胞边长 c length_c	174.478 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	121.534 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2081
R_free r_free	0.2297

Crystal structure of LTC4S in complex with AZ13690257

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukotriene C4 synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6r7d__assembly_1__model_1

6r7d__assembly_1__model_1 | I(q)

6r7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of LTC4S in complex with AZ13690257

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukotriene C4 synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6r7d__assembly_1__model_1

6r7d__assembly_1__model_1 | I(q)

6r7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)