Homo sapiens
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SULFATE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 ;1-(((2R,3S,6R)-3-hydroxy-2,3,4,6-tetrahydro-1H-2,6-methanobenzo[c][1,5]oxazocin-8-yl)methyl)-3-(2-((R)-2-(2-(methylthio)phenyl)pyrrolidin-1-yl)-2-oxoethyl)urea ; × 1 water × 1 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | PPIF_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 44–207 |
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| 条目编号 entry_id | 6r8o |
| 沉积日期 deposition_date | 2019-04-02 |
| 结构标题 title | Human Cyclophilin D in complex with 1-(((2R,3S,6R)-3-hydroxy-2,3,4,6-tetrahydro-1H-2,6-methanobenzo[c][1,5]oxazocin-8-yl)methyl)-3-(2-((R)-2-(2-(methylthio)phenyl)pyrrolidin-1-yl)-2-oxoethyl)urea |
| 关键词 keywords | CYCLOPHILIN, BETA BARREL, PROLYL CIS/TRANS ISOMERASE, MITOC, ISOMERASE; ISOMERASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 15.54 Å |
| Rg（电子密度） | 14.28 Å |
| 总 Rg | 15.53 Å |
| 原子数 | 1298 |
| 残基数 | 164 |
| 排除体积 | 23084 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d6r8oa_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.62 — Cyclophilin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.62.1 — Cyclophilin-like |
| 家族 Family family | b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase) |
| 结构域编号 domain_id | 6r8oA00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — Beta Barrel |
| 拓扑 Topology topology | 100 — Cyclophilin |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Cyclophilin-like |