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6r9d

Crystal structure of an asymmetric dimer of the N-terminal domain of Euprosthenops australis Major Ampullate Spidroin 1 (dragline silk)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major ampullate spidroin 1

Euprosthenops australis

UniProt Q05H60

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 SULFATE ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2lpi 2lpj 4fbs 6qjy

共 4 个 assembly

同源二聚体
2lth 3lr2 3lr6 3lr8 3lrd 6r9d 6r9d 6r9d

共 8 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q05H60_9ARAC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–137； UniProt 24–156 作者链 B； PDB构建体 5–137； UniProt 24–156 作者链 C； PDB构建体 5–137； UniProt 24–156 作者链 D； PDB构建体 5–137； UniProt 24–156 作者链 E； PDB构建体 5–137； UniProt 24–156 作者链 F； PDB构建体 5–137； UniProt 24–156

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6r9d
沉积日期 deposition_date2019-04-03
结构标题 titleCrystal structure of an asymmetric dimer of the N-terminal domain of Euprosthenops australis Major Ampullate Spidroin 1 (dragline silk)
关键词 keywordsSpider silk Spidroin N-terminal domain pH relay Assembly, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6r9d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6r9d__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6r9d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）17.69 Å
Rg（电子密度）16.49 Å
总 Rg17.39 Å
原子数3587
残基数253
排除体积32213 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6r9d__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6r9d__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 6r9d__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6r9dA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Spidroin, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6r9dB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Spidroin, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6r9dC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Spidroin, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6r9dD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Spidroin, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6r9dE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Spidroin, N-terminal domain
结构域编号 domain_id6r9dF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Spidroin, N-terminal domain
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7. 引用文献 (1)