SAXSdb — 6r9o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	AAGGA RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAN2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–672； UniProt 461–1115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6r9o
沉积日期 deposition_date	2019-04-03
结构标题 title	Structure of Saccharomyces cerevisiae apo Pan2 pseudoubiquitin hydrolase-RNA exonuclease (UCH-Exo) module in complex with AAGGA RNA
关键词 keywords	DEDD RNase, deadenylase, pseudoubiquitin hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6r9o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6r9o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6r9o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.67 Å
Rg（电子密度）	26.74 Å
总 Rg	27.49 Å
原子数	4544
残基数	598
排除体积	79829 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6r9o__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
分子量 formula_weight	77776.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.4
突变 mutation	E912A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4544

MHHHHHHHHLEVLFQGPTSDIQTYTSINKYEVPPAYSRLPLTSGRFGTDNFDFTPFNNTEYSGLDPDVDNHYTNAIIQLYRFIPEMFNFVVGCLKDENFETTLLTDLGYLFDMMERSHGKICSSSNFQASLKSLTDKRQLENGEPQEHLEEYLESLCIRESIEDFNSSESIKRNMPQKFNRFLLSQLIKEEAQTVNHNITLNQCFGLETEIRTECSCDHYDTTVKLLPSLSISGINKTVIKQLNKKSNGQNILPYIEYAMKNVTQKNSICPTCGKTETITQECTVKNLPSVLSLELSLLDTEFSNIRSSKNWLTSEFYGSIIKNKAVLRSTASELKGTSHIFKYELNGYVAKITDNNNETRLVTYVKKYNPKENCFKWLMFNDYLVVEITEEEALKMTYPWKTPEIIIYCDAEELRKPFFSVDTYSINYDILFRDYFANGIRDTARREYKLLTHDEAPKSGTLVAIDAAFVSLQSELCEIDHQGIRSIIRPKRTALARISIIRGEEGELYGVPFVDDYVVNTNHIEDYLTRYSGILPGDLDPEKSTKRLVRRNVVYRKVWLLMQLGCVFVGHGLNNDFKHININVPRNQIRDTAIYFLQGKRYLSLRYLAYVLLGMNIQEGNHDSIEDAHTALILYKKYLHLKEKAIFEKVLNSVYEEGRAHNFKVPETSKG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AAGGA RNA
分子量 formula_weight	1633.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AAGGA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6r9oA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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晶胞边长 a length_a	90.761 Å
晶胞边长 b length_b	117.593 Å
晶胞边长 c length_c	256.568 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.319 Å
最低分辨率 resolution_low	85.565 Å
R 因子 r_factor	0.2574
R_work r_work	0.2545
R_free r_free	0.3092

Structure of Saccharomyces cerevisiae apo Pan2 pseudoubiquitin hydrolase-RNA exonuclease (UCH-Exo) module in complex with AAGGA RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6r9o__assembly_1__model_1

6r9o__assembly_1__model_1 | I(q)

6r9o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Saccharomyces cerevisiae apo Pan2 pseudoubiquitin hydrolase-RNA exonuclease (UCH-Exo) module in complex with AAGGA RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6r9o__assembly_1__model_1

6r9o__assembly_1__model_1 | I(q)

6r9o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)