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6r9t

Cryo-EM structure of autoinhibited human talin-1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 145.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Talin-1

Homo sapiens

UniProt Q9Y490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–2541 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blotted 4 seconds before plunging, blot force 4 分辨率 6.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6R9T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1SYQ Human vinculin head domain VH1, residues 1-258, in complex with human talin's vinculin binding site 1, residues 607-636 提交 2004-04-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 607–631（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.42 Å R-free 0.236
1SYQ Human vinculin head domain VH1, residues 1-258, in complex with human talin's vinculin binding site 1, residues 607-636 提交 2004-04-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 607–631（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.42 Å R-free 0.236
1SYQ Human vinculin head domain VH1, residues 1-258, in complex with human talin's vinculin binding site 1, residues 607-636 提交 2004-04-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 607–631（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.42 Å R-free 0.236
2MWN Talin-F3 / RIAM N-terminal Peptide complex 提交 2014-11-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 308–400（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] Talin-F3, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 1 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.5 mM RIAM-N peptide, 0.5 mM [U-15N; U-2H] Talin-F3, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 1 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
4DJ9 Human vinculin head domain Vh1 (residues 1-258) in complex with the talin vinculin binding site 50 (VBS50, residues 2078-2099) 提交 2012-02-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2075–2103（29 aa） 片段：unp residues 2075-2103
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；The human vinculin Vh1 domain (residues 1 - 258) was generated as described.9 Crystallization screens of Vh1 protein and VBS50 mixed in 1:5 molar ratio were performed at two temperatures. Co-crystals were obtained from Hampton crystal screen I with a reservoir of 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% w/v polyethylene glycol 6,000, and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol. Crystals were transferred directly from the initial 96-well screening plate into Paratone-N oil and flash-frozen in liquid nitrogen. , VAPOR DIFFUSION
分辨率 2.25 Å R-free 0.247

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–2541； UniProt 1–2541

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6r9t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6r9t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6r9t
沉积日期 deposition_date2019-04-04
结构标题 titleCryo-EM structure of autoinhibited human talin-1
关键词 keywordsfocal adhesion, signaling, actin, vinculin, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.99 Å
零角强度 I(0) i0827138000.00
分子量 molecular_weight228720.0 kDa
排除体积 excluded_volume283600 ų
包络体积 envelope_volume418160 ų
水化壳体积 shell_volume77464 ų
包络直径 envelope_diameter153.4 Å
壳层 Rg shell_rg50.19 Å
包络 Rg envelope_rg43.69 Å
形状 Rg shape_rg45.01 Å
总 Rg total_rg45.18 Å
总原子数 total_atoms16011
残基数 n_residues2185
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.3 Å
Rg (实空间) rg_real45.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real8.2710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal827300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9027
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.0 Å
偏度 Skewness skewness0.154
峰度 Kurtosis kurtosis-0.567
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74250000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.937
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)