6rd3

Crystal structure of the wild type OmpK36 from Klebsiella pneumonia

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 150.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OmpK36

Klebsiella pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–365 链 B； UniProt 22–365 链 C； UniProt 22–365	突变：G0	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 17 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6 and 12% PEG4000	分辨率 1.98 Å R-free 0.234
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 22–365 链 E； UniProt 22–365 链 F； UniProt 22–365	突变：G0	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 12 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6 and 12% PEG4000	分辨率 1.98 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6RD3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5NUP Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 22–365（344 aa）链 B 22–365（344 aa）链 C 22–365（344 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 19 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.04 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH7.5 and 32 % PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.290
5O79 Klebsiella pneumoniae OmpK36 提交 2017-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–365（344 aa）链 B 22–365（344 aa）链 C 22–365（344 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.08 M Magnesium Acetate tetrahydrate , 0.1 M sodium citrate, 14% w/v 5000 PEG MME	分辨率 1.65 Å R-free 0.190
7PZF Crystal structure of the OmpK36 TD insertion chimera from Klebsiella pneumonia 提交 2021-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–365（344 aa）链 B 22–365（344 aa）链 C 22–365（344 aa）	突变：T115 and D116 insertion 突变：T115 and D116 insertion 突变：T115 and D116 insertion	LI LITHIUM ION × 3 C14 TETRADECANE × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, and 10% PEG 4000 (pH 5.6)	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
7PZF Crystal structure of the OmpK36 TD insertion chimera from Klebsiella pneumonia 提交 2021-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 22–365（344 aa）链 E 22–365（344 aa）链 F 22–365（344 aa）	突变：T115 and D116 insertion 突变：T115 and D116 insertion 突变：T115 and D116 insertion	LI LITHIUM ION × 6 C14 TETRADECANE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, and 10% PEG 4000 (pH 5.6)	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
7Q3T Crystal structure of the OmpK36 D insertion chimera from Klebsiella pneumonia 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–365（344 aa）链 B 22–365（344 aa）链 C 22–365（344 aa）	突变：D115 insertion 突变：D115 insertion 突变：D115 insertion	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 28 LI LITHIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, and 10% PEG 4000 (pH 5.6)	分辨率 1.79 Å R-free 0.213
7Q3T Crystal structure of the OmpK36 D insertion chimera from Klebsiella pneumonia 提交 2021-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 22–365（344 aa）链 E 22–365（344 aa）链 F 22–365（344 aa）	突变：D115 insertion 突变：D115 insertion 突变：D115 insertion	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 19 LI LITHIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, and 10% PEG 4000 (pH 5.6)	分辨率 1.79 Å R-free 0.213
7SZI Cryo-EM structure of OmpK36-TraN mating pair stabilization proteins from carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae 提交 2021-11-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–365（344 aa）链 B 22–365（344 aa）链 C 22–365（344 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；SEC Buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D6QLY0_KLEPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 B； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 C； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 D； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 E； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365 作者链 F； PDB构建体 2–345； UniProt 22–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6rd3
沉积日期 deposition_date	2019-04-12
结构标题 title	Crystal structure of the wild type OmpK36 from Klebsiella pneumonia
关键词 keywords	OmpK36 WT, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.98 Å
零角强度 I(0) i0	819546000.00
分子量 molecular_weight	231540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	286360 Å³
包络体积 envelope_volume	396360 Å³
水化壳体积 shell_volume	69139 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.1 Å
壳层 Rg shell_rg	50.38 Å
包络 Rg envelope_rg	48.52 Å
形状 Rg shape_rg	48.98 Å
总 Rg total_rg	49.04 Å
总原子数 total_atoms	16401
残基数 n_residues	2064
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	819100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6441
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.440
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.641
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.2680
最高正则化参数 α highest_alpha	91880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.935; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.038

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	OmpK36
分子量 formula_weight	38058.9 kDa
突变 mutation	G0
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	17283

GAEIYNKDGNKLDLYGKIDGLHYFSDDKSVDGDQTYMRVGVKGETQINDQLTGYGQWEYNVQANNTESSSDQAWTRLAFAGLKFGDAGSFDYGRNYGVVYDVTSWTDVLPEFGGDTYGSDNFLQSRANGVATYRNSDFFGLVDGLNFALQYQGKNGSVSGEGATNNGRGWSKQNGDGFGTSLTYDIWDGISAGFAYSHSKRTDEQNSVPALGRGDNAETYTGGLKYDANNIYLASQYTQTYNATRAGSLGFANKAQNFEVVAQYQFDFGLRPSVAYLQSKGKDLERGYGDQDILKYVDVGATYYFNKNMSTYVDYKINLLDDNSFTRNAGISTDDVVALGLVYQF

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	882

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d6rd3a1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.1 — Porin

结构域编号 domain_id	d6rd3a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6rd3b1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.1 — Porin

结构域编号 domain_id	d6rd3b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6rd3c1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.1 — Porin

结构域编号 domain_id	d6rd3c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6rd3d1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.1 — Porin

结构域编号 domain_id	d6rd3d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6rd3e1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.1 — Porin

结构域编号 domain_id	d6rd3e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6rd3f1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.1 — Porin

结构域编号 domain_id	d6rd3f2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6rd3A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	6rd3B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	6rd3C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	6rd3D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	6rd3E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

结构域编号 domain_id	6rd3F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.090 Å
晶胞边长 b length_b	316.090 Å
晶胞边长 c length_c	73.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	53.197 Å
R 因子 r_factor	0.1957
R_work r_work	0.1937
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/rd/6rd3/6rd3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rd/6rd3/6rd3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rd/6rd3/6rd3.dat