6rkd

Molybdenum storage protein under turnover conditions

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum storage protein subunit alpha

Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Molybdenum storage protein subunit beta × 6 （P84253） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MAGNESIUM ION × 6 bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) × 12 ;oxidanyl-[[2,2,4,4,4-pentakis($l^{1}-oxidanyl)-1-(oxidanylmolybdenio)-1$l^{3},3-dioxa-2$l^{5},4$l^{5}-dimolybdacyclobut-2-yl]oxy]molybdenum ; × 12 MOLYBDATE ION × 42 MO(VI)(=O)(OH)2 CLUSTER × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOSA_AZOVD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 C； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 E； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 G； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 I； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276 作者链 K； PDB构建体 1–276； UniProt 1–276

Molybdenum storage protein subunit beta

Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303)

UniProt P84253

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Molybdenum storage protein subunit alpha × 6 （P84308） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MAGNESIUM ION × 6 bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) × 12 ;oxidanyl-[[2,2,4,4,4-pentakis($l^{1}-oxidanyl)-1-(oxidanylmolybdenio)-1$l^{3},3-dioxa-2$l^{5},4$l^{5}-dimolybdacyclobut-2-yl]oxy]molybdenum ; × 12 MOLYBDATE ION × 42 MO(VI)(=O)(OH)2 CLUSTER × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOSB_AZOVD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270 作者链 D； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270 作者链 F； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270 作者链 H； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270 作者链 J； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270 作者链 L； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6rkd
沉积日期 deposition_date	2019-04-30
结构标题 title	Molybdenum storage protein under turnover conditions
关键词 keywords	molybdenum storage protein, ATPase, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6rkd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6rkd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6rkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.92 Å
Rg（电子密度）	44.20 Å
总 Rg	43.54 Å
原子数	25266
残基数	3234
排除体积	449530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6rkd__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Molybdenum storage protein subunit alpha
分子量 formula_weight	29376.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	25290

MTDTTNSIKHVISPLARQTLQDRDLTRPVAGKRPIRLLPWLQVVKIGGRVMDRGADAILPLVEELRKLLPEHRLLILTGAGVRARHVFSVGLDLGLPVGSLAPLAASEAGQNGHILAAMLASEGVSYVEHPTVADQLAIHLSATRAVVGSAFPPYHHHEFPGSRIPPHRADTGAFLLADAFGAAGLTIVENVDGIYTADPNGPDRGQARFLPETSATDLAKSEGPLPVDRALLDVMATARHIERVQVVNGLVPGRLTAALRGEHVGTLIRTGVRPA

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Molybdenum storage protein subunit beta
分子量 formula_weight	28378.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MANSTAELEELLMQRSLTDPQLQAAAAAAADFRILPDATVIKIGGQSVIDRGRAAVYPLVDEIVAARKNHKLLIGTGAGTRARHLYSIAAGLGLPAGVLAQLGSSVADQNAAMLGQLLAKHGIPVVGGAGLSAVPLSLAEVNAVVFSGMPPYKLWMRPAAEGVIPPYRTDAGCFLLAEQFGCKQMIFVKDEDGLYTANPKTSKDATFIPRISVDEMKAKGLHDSILEFPVLDLLQSAQHVREVQVVNGLVPGNLTRALAGEHVGTIITAS

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI)
分子量 formula_weight	1215.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;oxidanyl-[[2,2,4,4,4-pentakis($l^{1}-oxidanyl)-1-(oxidanylmolybdenio)-1$l^{3},3-dioxa-2$l^{5},4$l^{5}-dimolybdacyclobut-2-yl]oxy]molybdenum ;
分子量 formula_weight	545.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MOLYBDATE ION
分子量 formula_weight	159.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MO(VI)(=O)(OH)2 CLUSTER
分子量 formula_weight	146.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6rkdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	6rkdL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	137558

Molybdenum storage protein under turnover conditions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum storage protein subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Molybdenum storage protein subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6rkd__assembly_1__model_1

6rkd__assembly_1__model_1 | I(q)

6rkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Molybdenum storage protein under turnover conditions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum storage protein subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Molybdenum storage protein subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6rkd__assembly_1__model_1

6rkd__assembly_1__model_1 | I(q)

6rkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)