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6ro1

X-ray crystal structure of the MTR4 NVL complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome RNA helicase MTR4

Homo sapiens

UniProt P42285

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 70–1042 未记录 Nuclear valosin-containing protein-like × 1 （O15381） SO4 SULFATE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris/HCl pH 8.0, 1.8M Ammonium Sulphate 分辨率 3.07 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6RO1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6C90 Human Mtr4 helicase in complex with ZCCHC8-CTD 提交 2018-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 71–600（530 aa）
链 A 842–1042（201 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M sodium-potassium (L)-tartrate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D6Q Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction 提交 2018-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–1042（1042 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
分辨率 3.45 Å
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–1042（1042 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
分辨率 3.45 Å
6IEG Crystal structure of human MTR4 提交 2018-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 71–1042（972 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000
分辨率 3.55 Å R-free 0.305
6IEG Crystal structure of human MTR4 提交 2018-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 71–1042（972 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000
分辨率 3.55 Å R-free 0.305
6IEH Crystal structures of the hMTR4-NRDE2 complex 提交 2018-09-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 71–1042（972 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM Glycine pH 9.0, 100 mM NaCl, 33% (w/v) polyethylene glycol 300 (PEG 300)
分辨率 2.89 Å R-free 0.252
7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–1042（1042 aa）
链 E 1–1042（1042 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
分辨率 4.06 Å
7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–1042（1042 aa）
链 E 1–1042（1042 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
分辨率 3.62 Å
7Z4Y Human NEXT dimer - overall reconstruction of the core complex 提交 2022-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1042（1042 aa）
链 D 1–1042（1042 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
7Z4Z Human NEXT dimer - focused reconstruction of the dimerization module 提交 2022-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1042（1042 aa）
链 D 1–1042（1042 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.00 Å
7Z52 Human NEXT dimer - focused reconstruction of the single MTR4 提交 2022-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1042（1042 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTREX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–973； UniProt 70–1042

Nuclear valosin-containing protein-like

Homo sapiens

UniProt O15381

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 167–216 未记录 Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） SO4 SULFATE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris/HCl pH 8.0, 1.8M Ammonium Sulphate 分辨率 3.07 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6RO1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2X8A Human Nuclear Valosin containing protein Like (NVL), C-terminal AAA- ATPase domain 提交 2010-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 574–845（272 aa） 片段：C-TERMINAL AAA-ATPASE DOMAIN, 574-845
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.250
9BJI Cryo-EM structure of apo NVL 提交 2024-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–856（856 aa）
链 B 1–856（856 aa）
链 C 1–856（856 aa）
链 D 1–856（856 aa）
链 E 1–856（856 aa）
链 F 1–856（856 aa）
突变：E365Q,E682Q 突变：E365Q,E682Q 突变：E365Q,E682Q 突变：E365Q,E682Q 突变：E365Q,E682Q 突变：E365Q,E682Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9BJJ Cryo-EM structure of NVL bound the the MM017 inhibitor 提交 2024-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–856（856 aa）
链 B 1–856（856 aa）
链 C 1–856（856 aa）
链 D 1–856（856 aa）
链 E 1–856（856 aa）
链 F 1–856（856 aa）
突变：E365Q, E682Q 突变：E365Q, E682Q 突变：E365Q, E682Q 突变：E365Q, E682Q 突变：E365Q, E682Q 突变：E365Q, E682Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 8 A1AP0 N-[10-(2-methoxyethyl)-11-oxo-10,11-dihydrodibenzo[b,f][1,4]thiazepin-7-yl]furan-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
9NYP Cryo-EM structure of NVL bound the the MM927 inhibitor 提交 2025-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–856（856 aa）
链 B 1–856（856 aa）
链 C 1–856（856 aa）
链 D 1–856（856 aa）
链 E 1–856（856 aa）
链 F 1–856（856 aa）
突变：E366Q,E683Q 突变：E366Q,E683Q 突变：E366Q,E683Q 突变：E366Q,E683Q 突变：E366Q,E683Q 突变：E366Q,E683Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1B7F N-[10-(but-2-yn-1-yl)-3-fluoro-11-oxo-10,11-dihydrodibenzo[b,f][1,4]thiazepin-7-yl]-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazole-5-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NVL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 6–55； UniProt 167–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ro1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ro1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ro1
沉积日期 deposition_date2019-05-10
结构标题 titleX-ray crystal structure of the MTR4 NVL complex
关键词 keywordsDExH helicase, Complex, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.37 Å
零角强度 I(0) i0160068000.00
分子量 molecular_weight101660.0 kDa
排除体积 excluded_volume127250 ų
包络体积 envelope_volume188570 ų
水化壳体积 shell_volume43396 ų
包络直径 envelope_diameter121.9 Å
壳层 Rg shell_rg42.00 Å
包络 Rg envelope_rg37.04 Å
形状 Rg shape_rg37.41 Å
总 Rg total_rg37.59 Å
总原子数 total_atoms13925
残基数 n_residues937
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.6 Å
Rg (实空间) rg_real37.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal160100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8783
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.6 Å
偏度 Skewness skewness0.366
峰度 Kurtosis kurtosis-0.655
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27790000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.945
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6ro1A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6ro1A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)