6rwk

MxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 secretion system

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein MxiD

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	Protein MxiG × 16 （P0A221）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MXID_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 1； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 2； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 3； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 4； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 5； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 6； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 7； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 8； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 9； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 X； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 Y； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 Z； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 x； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 y； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 z； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566

Protein MxiG

物种未注明

UniProt P0A221

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 32	Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MXIG_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 B； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 D； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 E； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 G； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 H； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 J； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 K； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 M； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 N； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 P； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 Q； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 S； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 T； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 U； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371 作者链 V； PDB构建体 1–371； UniProt 1–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6rwk
沉积日期 deposition_date	2019-06-05
结构标题 title	MxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 secretion system
关键词 keywords	type 3 secretion system, shigella, secretin, beta-sheet augmentation, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6rwk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6rwk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6rwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	63.45 Å
Rg（电子密度）	62.62 Å
总 Rg	62.87 Å
原子数	21760
残基数	2688
排除体积	393530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6rwk__assembly_1__model_1`	32-meric （32）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein MxiD
分子量 formula_weight	63230.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y,Z,0,2,4,6,8,x,y,z,1,3,5,7,9
原子数 atom_count	21760

MKKFNIKSLTLLIVLLPLIVNANNIDSHLLEQNDIAKYVAQSDTVGSFFERFSALLNYPIVVSKQAAKKRISGEFDLSNPEEMLEKLTLLVGLIWYKDGNALYIYDSGELISKVILLENISLNYLIQYLKDANLYDHRYPIRGNISDKTFYISGPPALVELVANTATLLDKQVSSIGTDKVNFGVIKLKNTFVSDRTYNMRGEDIVIPGVATVVERLLNNGKALSNRQAQNDPMPPFNITQKVSEDSNDFSFSSVTNSSILEDVSLIAYPETNSILVKGNDQQIQIIRDIITQLDVAKRHIELSLWIIDIDKSELNNLGVNWQGTASFGDSFGASFNMSSSASISTLDGNKFIASVMALNQKKKANVVSRPVILTQENIPAIFDNNRTFYVSLVGERNSSLEHVTYGTLINVIPRFSSRGQIEMSLTIEDGTGNSQSNYNYNNENTSVLPEVGRTKISTIARVPQGKSLLIGGYTHETNSNEIISIPFLSSIPVIGNVFKYKTSNISNIVRVFLIQPREIKESSYYNTAEYKSLISEREIQKTTQIIPSETTLLEDEKSLVSYLNY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein MxiG
分子量 formula_weight	43053.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P,S,U,B,E,H,K,N,Q,T,V

MSEAKNSNLAPFRLLVKLTNGVGDEFPLYYGNNLIVLGRTIETLEFGNDNFPENIIPVTDSKSDGIIYLTISKDNICQFSDEKGEQIDINSQFNSFEYDGISFHLKNMREDKSRGHILNGMYKNHSVFFFFAVIVVLIIIFSLSLKKDEVKEIAEIIDDKRYGIVNTGQCNYILAETQNDAVWASVALNKTGFTKCRYILVSNKEINRIQQYINQRFPFINLYVLNLVSDKAELLVFLSKERNSSKDTELDKLKNALIVEFPYIKNIKFNYLSDHNARGDAKGIFTKVNVQYKEICENNKVTYSVREELTDEKLELINRLISEHKNIYGDQYIEFSVLLIDDDFKGKSYLNSKDSYVMLNDKHWFFLDKNK

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id	6rwk001
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk002
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk101
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk102
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk201
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk202
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk301
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk302
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk401
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk402
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk501
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk502
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk601
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk602
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk701
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk702
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk801
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk802
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwk901
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwk902
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwkX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwkX02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwkY01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwkY02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwkZ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwkZ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwkx01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwkx02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwky01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwky02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6rwkz01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	6rwkz02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72298

MxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 secretion system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein MxiD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein MxiG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6rwk__assembly_1__model_1

6rwk__assembly_1__model_1 | I(q)

6rwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)

MxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 secretion system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein MxiD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein MxiG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6rwk__assembly_1__model_1

6rwk__assembly_1__model_1 | I(q)

6rwk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)