6s50

scdSav(SARK)mv2 - Engineering Single-Chain Dimeric Streptavidin as Host for Artificial Metalloenzymes

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Streptavidin

Streptomyces avidinii

UniProt P22629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–183 链 A; UniProt 39–183 链 B; UniProt 39–183 链 B; UniProt 39–183 未记录 4IR {N-(4-{[2-(amino-kappaN)ethyl]sulfamoyl-kappaN}phenyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide}(chloro)[(1,2,3,4,5-eta)-1,2,3,4,5-pentamethylcyclopentadienyl]iridium(III) × 4 GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4;293 K;2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Acetate, pH 4 分辨率 2.00 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 312 个其他 PDB 条目、368 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAV_STRAV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 15–159; UniProt 39–183 作者链 A; PDB构建体 199–343; UniProt 39–183 作者链 B; PDB构建体 15–159; UniProt 39–183 作者链 B; PDB构建体 199–343; UniProt 39–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6s50

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6s50
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6s50
沉积日期 deposition_date2019-06-29
结构标题 titlescdSav(SARK)mv2 - Engineering Single-Chain Dimeric Streptavidin as Host for Artificial Metalloenzymes
关键词 keywordsBiotin-Binding Protein, Artificial Transfer Hydrogenase, Beta Barrel, Streptavidin, TRANSPORT PROTEIN; biotin-binding protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.58
零角强度 I(0) i057392500.00
分子量 molecular_weight55885.0 kDa
排除体积 excluded_volume68215 ų
包络体积 envelope_volume78617 ų
水化壳体积 shell_volume28755 ų
包络直径 envelope_diameter71.9
壳层 Rg shell_rg29.53
包络 Rg envelope_rg21.99
形状 Rg shape_rg21.60
总 Rg total_rg22.37
总原子数 total_atoms3912
残基数 n_residues494
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.9
Rg (实空间) rg_real22.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real5.7390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57390000.0000
解质量估计 total_estimate0.8232
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary29.8
偏度 Skewness skewness0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-0.476
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21200000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6s50a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd6s50a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd6s50a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6s50b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd6s50b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family familyb.61.1.1 — Avidin/streptavidin
结构域编号 domain_idd6s50b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)