6sdv

W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Formate reduced form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,W-formate dehydrogenase - alpha subunit ;

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Formate dehydrogenase, beta subunit, putative × 1 （Q72EJ0） 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 TUNGSTEN ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 GLYCEROL × 10 NITRATE ION × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72EJ1_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1005； UniProt 1–1005

Formate dehydrogenase, beta subunit, putative

物种未注明

UniProt Q72EJ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,W-formate dehydrogenase - alpha subunit ; × 1 （Q72EJ1） 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 TUNGSTEN ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 GLYCEROL × 10 NITRATE ION × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72EJ0_DESVH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–236； UniProt 1–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6sdv
沉积日期 deposition_date	2019-07-29
结构标题 title	W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Formate reduced form
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6sdv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6sdv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6sdv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.18 Å
Rg（电子密度）	29.56 Å
总 Rg	30.18 Å
原子数	9437
残基数	1181
排除体积	167490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6sdv__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,W-formate dehydrogenase - alpha subunit ;
分子量 formula_weight	111903.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.2,1.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10205

MTVTRRHFLKLSAGAAVAGAFTGLGLSLAPTVARAELQKLQWAKQTTSICCYCAVGCGLIVHTAKDGQGRAVNVEGDPDHPINEGSLCPKGASIFQLGENDQRGTQPLYRAPFSDTWKPVTWDFALTEIAKRIKKTRDASFTEKNAAGDLVNRTEAIASFGSAAMDNEECWAYGNILRSLGLVYIEHQARIUHSPTVPALAESFGRGAMTNHWNDLANSDCILIMGSNAAENHPIAFKWVLRAKDKGATLIHVDPRFTRTSARCDVYAPIRSGADIPFLGGLIKYILDNKLYFTDYVREYTNASLIVGEKFSFKDGLFSGYDAANKKYDKSMWAFELDANGVPKRDPALKHPRCVINLLKKHYERYNLDKVAAITGTSKEQLQQVYKAYAATGKPDKAGTIMYAMGWTQHSVGVQNIRAMAMIQLLLGNIGVAGGGVNALRGESNVQGSTDQGLLAHIWPGYNPVPNSKAATLELYNAATPQSKDPMSVNWWQNRPKYVASYLKALYPDEEPAAAYDYLPRIDAGRKLTDYFWLNIFEKMDKGEFKGLFAWGMNPACGGANANKNRKAMGKLEWLVNVNLFENETSSFWKGPGMNPAEIGTEVFFLPCCVSIEKEGSVANSGRWMQWRYRGPKPYAETKPDGDIMLDMFKKVRELYAKEGGAYPAPIAKLNIADWEEHNEFSPTKVAKLMNGYFLKDTEVGGKQFKKGQQVPSFAFLTADGSTCSGNWLHAGSFTDAGNLMARRDKTQTPEQARIGLFPNWSFCWPVNRRILYNRASVDKTGKPWNPAKAVIEWKDGKWVGDVVDGGGDPGTKHPFIMQTHGFGALYGPGREEGPFPEHYEPLECPVSKNPFSKQLHNPVAFQIEGEKKAVCDPRYPFIGTTYRVTEHWQTGLMTRRCAWLVEAEPQIFCEISKELAKLRGIGNGDTVKVSSLRGALEAVAIVTERIRPFKIEGVDVHMVGLPWHYGWMVPKNGGDTANLLTPSAGDPNTGIPETKAFMVDVRKVWSHP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Formate dehydrogenase, beta subunit, putative
分子量 formula_weight	26481.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGKMFFVDLSRCTACRGCQIACKQWKNLPAEETRNTGSHQNPPDLSYVTLKTVRFTEKSRKGPGIDWLFFPEQCRHCVEPPCKGQADVDLEGAVVKDETTGAVLFTELTAKVDGESVRSACPYDIPRIDPVTKRLSKCDMCNDRVQNGLLPACVKTCPTGTMNFGDEQEMLALAEKRLAEVKKTYPGAVLGDPNDVRVVYLFTRDPKDFYEHAVADLAPSMMTRQQLFARLFRPRA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TUNGSTEN ION
分子量 formula_weight	183.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	HYDROSULFURIC ACID
分子量 formula_weight	34.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	768

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6sdvb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	6sdvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	6sdvA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	6sdvA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6sdvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6sdvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	64.885 Å
晶胞边长 b length_b	128.560 Å
晶胞边长 c length_c	149.629 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.760 Å
R 因子 r_factor	0.1613
R_work r_work	0.1594
R_free r_free	0.1965

W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Formate reduced form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,W-formate dehydrogenase - alpha subunit ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Formate dehydrogenase, beta subunit, putative

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6sdv__assembly_1__model_1

6sdv__assembly_1__model_1 | I(q)

6sdv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Formate reduced form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing,W-formate dehydrogenase - alpha subunit ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate dehydrogenase, beta subunit, putative

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6sdv__assembly_1__model_1

6sdv__assembly_1__model_1 | I(q)

6sdv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)