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6sh9

EngBF DARPin Fusion 4b D12

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase,DARPin 4b D12

synthetic construct

UniProt Q3T552

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 340–1521 未记录 Envelope glycoprotein gp160 × 1 （P05877） MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；277.15 K；PEG 20,000 MPD MES sodium chloride manganese chloride 分辨率 2.40 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6SH9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ZXQ Crystal structure of endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase from Bifidobacterium longum (EngBF) 提交 2009-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 340–1694（1355 aa） 片段：residues 340-1694
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M MES-NaOH, 3% PEG 20000, 25% MPD, 0.2M NaCl, 0.01M MnCl2, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.196

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q3T552_BIFL2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 7–1188； UniProt 340–1521

Envelope glycoprotein gp160

物种未注明

UniProt P05877

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 310–323 未记录 Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase,DARPin 4b D12 × 1 （Q3T552） MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；277.15 K；PEG 20,000 MPD MES sodium chloride manganese chloride 分辨率 2.40 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6SH9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ACY CRYSTAL STRUCTURE OF THE PRINCIPAL NEUTRALIZING SITE OF HIV-1 提交 1994-02-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 306–328（23 aa） 片段：FRAGMENT (RESIDUES 308 - 332)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1AI1 HIV-1 V3 LOOP MIMIC 提交 1996-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 306–328（23 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.80 Å
1F58 IGG1 FAB FRAGMENT (58.2) COMPLEX WITH 24-RESIDUE PEPTIDE (RESIDUES 308-333 OF HIV-1 GP120 (MN ISOLATE) WITH ALA TO AIB SUBSTITUTION AT POSITION 323 提交 1998-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 306–328（23 aa） 片段：RESIDUES 308-332 FROM HIV-1 GP120
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；pH 6.3
分辨率 2.00 Å R-free 0.256
1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC
链 B 314–325（12 aa）
未记录 SPH SPHINGOSINE × 60 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å
1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 314–325（12 aa）
未记录 SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å
1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 B 314–325（12 aa）
未记录 SPH SPHINGOSINE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å
1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 B 314–325（12 aa）
未记录 SPH SPHINGOSINE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å
1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 314–325（12 aa）
未记录 SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å
1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 信息不足 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 B 314–325（12 aa）
未记录 SPH SPHINGOSINE × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å
1NIZ NMR structure of a V3 (MN isolate) peptide bound to 447-52D, a human HIV-1 neutralizing antibody 提交 2002-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 309–324（16 aa） 片段：V3 loop (residues 309-324)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR样品组成 U-15N; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 99% D2O
分辨率未提供
1NJ0 NMR structure of a V3 (MN isolate) peptide bound to 447-52D, a human HIV-1 neutralizing antibody 提交 2002-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 309–324（16 aa） 片段：V3 loop (residues 309-324)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR样品组成 U-15N; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 99% D2O
分辨率未提供
2B0S Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3 Fab 2219 in complex with MN peptide 提交 2005-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 308–325（18 aa） 片段：residues 308-325
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.2M potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
2QSC Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3-Fab F425-B4e8 in complex with a V3-peptide 提交 2007-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 309–323（15 aa） 片段：Residues 301-326
未记录 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
3GO1 Crystal structure of anti-HIV-1 Fab 268-D in complex with V3 peptide MN 提交 2009-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 309–322（14 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296.15 K；30% PEG 8000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296.15K
分辨率 1.89 Å R-free 0.213
3MLW Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1006-15D in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 306–328（23 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, K dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.70 Å R-free 0.291
3MLW Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1006-15D in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Q 306–328（23 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, K dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.70 Å R-free 0.291
3MLX Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 306–328（23 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, 0.2 M NH4 citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
3MLX Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Q 306–328（23 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, 0.2 M NH4 citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
3UJI Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 2558 in complex with MN peptide 提交 2011-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 306–328（23 aa） 片段：unp residues 306-328
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；296 K；85mM Hepes-Na, 15% Glycerol, 17% PEG 4k, 8.5% Isopropanol, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 296K
分辨率 1.60 Å R-free 0.194
9OP1 Cryo-EM structure of Candida albicans fluoride channel FEX in complex with Fab fragment 提交 2025-05-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 670–686（17 aa） 片段：residues 76-389,residues 76-389
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å

共 13 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENV_HV1MN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–14； UniProt 310–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6sh9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6sh9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6sh9
沉积日期 deposition_date2019-08-06
结构标题 titleEngBF DARPin Fusion 4b D12
关键词 keywordscrystallization chaperone, protein fusion, DARPin, chaperone, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.02 Å
零角强度 I(0) i0352711000.00
分子量 molecular_weight147420.0 kDa
排除体积 excluded_volume182060 ų
包络体积 envelope_volume235440 ų
水化壳体积 shell_volume52638 ų
包络直径 envelope_diameter137.6 Å
壳层 Rg shell_rg43.34 Å
包络 Rg envelope_rg37.15 Å
形状 Rg shape_rg36.97 Å
总 Rg total_rg37.56 Å
总原子数 total_atoms10381
残基数 n_residues1349
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.6 Å
Rg (实空间) rg_real37.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal352700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8725
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.2 Å
偏度 Skewness skewness0.363
峰度 Kurtosis kurtosis-0.309
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha61580000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.951
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6sh9B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)