SAXSdb — 6suf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TcdA1

Photorhabdus luminescens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–2516 链 B； UniProt 1–2516 链 C； UniProt 1–2516 链 D； UniProt 1–2516 链 E； UniProt 1–2516	未记录	TcdB2,TccC3 × 1 （Q8GF99,Q8GF97）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6SUF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4O9Y Crystal Structure of TcdA1 提交 2014-01-03	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 % Jeffamine ED-2001 and 1.1 M sodium malonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.295
4O9Y Crystal Structure of TcdA1 提交 2014-01-03	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–2516（2516 aa）链 G 1–2516（2516 aa）链 H 1–2516（2516 aa）链 I 1–2516（2516 aa）链 J 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 % Jeffamine ED-2001 and 1.1 M sodium malonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.295
5LKH Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state (obtained by flexible fitting) 提交 2016-07-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 11 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
5LKI Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state 提交 2016-07-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 11 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
6H6E PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore state (TcdA1, TcdB2, TccC3) 提交 2018-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 3 sec before plunging	分辨率 3.95 Å
6H6F PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminiscens - Mutant TcC-D651A 提交 2018-07-27	结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
6L7E Toxin Complex TcdA1-TcdB1-TccC2 提交 2019-11-01	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6L7I Signal substraction of TcdB1-TccC2 and part of TcdA1 提交 2019-11-01	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2327–2516（190 aa）链 B 2327–2516（190 aa）链 C 2327–2516（190 aa）链 D 2327–2516（190 aa）链 E 2327–2516（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6RW6 Cryo-EM structure of Photorhabdus luminescens TcdA1 提交 2019-06-04	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
6SUE Structure of Photorhabdus luminescens Tc holotoxin pore, Mutation TccC3-D651A 提交 2019-09-13	当前字段一致	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8CPZ Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, K1179W mutant 提交 2023-03-03	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	突变：K1179W 突变：K1179W 突变：K1179W 突变：K1179W 突变：K1179W	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 11.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8CQ0 Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, K567W K2008W mutant 提交 2023-03-03	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	突变：K567W K2008W 突变：K567W K2008W 突变：K567W K2008W 突变：K567W K2008W 突变：K567W K2008W	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 11.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8CQ2 Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, C16S, C20S, C870S, T1279C mutant 提交 2023-03-03	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–2516（2516 aa）链 B 1–2516（2516 aa）链 C 1–2516（2516 aa）链 D 1–2516（2516 aa）链 E 1–2516（2516 aa）	突变：C16S C20S C870S T1279C 突变：C16S C20S C870S T1279C 突变：C16S C20S C870S T1279C 突变：C16S C20S C870S T1279C 突变：C16S C20S C870S T1279C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 11.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9RN43_PHOLU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–2516； UniProt 1–2516 作者链 B； PDB构建体 1–2516； UniProt 1–2516 作者链 C； PDB构建体 1–2516； UniProt 1–2516 作者链 D； PDB构建体 1–2516； UniProt 1–2516 作者链 E； PDB构建体 1–2516； UniProt 1–2516

TcdB2,TccC3

Photorhabdus luminescens

UniProt Q8GF97

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–960	未记录	TcdA1 × 5 （Q9RN43）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6SUF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4O9X Crystal Structure of TcdB2-TccC3 提交 2014-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–678（678 aa）片段：UNP Q8GF97 RESIDUES 1-678	未记录	HG MERCURY (II) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Trisodium citrate pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 0.1 M NaCl and 12 % PEG 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.215
6H6E PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore state (TcdA1, TcdB2, TccC3) 提交 2018-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–960（960 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 3 sec before plunging	分辨率 3.95 Å
6H6F PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminiscens - Mutant TcC-D651A 提交 2018-07-27	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–860（860 aa）链 F 861–960（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
6H6G Crystal Structure of TcdB2-TccC3 without hypervariable C-terminal region 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–678（678 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 10 % PEG 8000, 10 % ethylenglycol	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
6SUE Structure of Photorhabdus luminescens Tc holotoxin pore, Mutation TccC3-D651A 提交 2019-09-13	当前字段一致	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–960（960 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6SUP Crystal Structure of TcdB2-TccC3-Cdc42 提交 2019-09-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–678（644 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 12 % PEG 4000 Seeding: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium acetate pH 4.6, 12 % PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.320
6SUQ Crystal Structure of TcdB2-TccC3-TEV 提交 2019-09-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–680（680 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 12 % PEG 4000	分辨率 3.70 Å R-free 0.302
7Z7H Structure of P. luminescens TccC3-F-actin complex 提交 2022-03-15	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 779–960（182 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7ZBQ Structure of the ADP-ribosyltransferase TccC3HVR from Photorhabdus Luminescens 提交 2022-03-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 776–960（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.8；280 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 500 uM non-exchangeable-D, U-13C, U-15N TcART, 20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] TcART, 20 mM d11-Tris, 150 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] TcART, 20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8GF97_PHOLU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1480–2439； UniProt 1–960

TcdB2,TccC3

Photorhabdus luminescens

UniProt Q8GF99

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–1474	未记录	TcdA1 × 5 （Q9RN43）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6SUF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4O9X Crystal Structure of TcdB2-TccC3 提交 2014-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1474（1474 aa）片段：UNP Q8GF97 RESIDUES 1-678	未记录	HG MERCURY (II) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Trisodium citrate pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 0.1 M NaCl and 12 % PEG 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.215
6H6E PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore state (TcdA1, TcdB2, TccC3) 提交 2018-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–1474（1474 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot 3 sec before plunging	分辨率 3.95 Å
6H6F PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminiscens - Mutant TcC-D651A 提交 2018-07-27	结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–1474（1474 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
6H6G Crystal Structure of TcdB2-TccC3 without hypervariable C-terminal region 提交 2018-07-27	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1474（1474 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 10 % PEG 8000, 10 % ethylenglycol	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
6SUE Structure of Photorhabdus luminescens Tc holotoxin pore, Mutation TccC3-D651A 提交 2019-09-13	当前字段一致	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–1474（1474 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6SUP Crystal Structure of TcdB2-TccC3-Cdc42 提交 2019-09-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–1471（1440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 12 % PEG 4000 Seeding: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium acetate pH 4.6, 12 % PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.320
6SUQ Crystal Structure of TcdB2-TccC3-TEV 提交 2019-09-16	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1474（1474 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 12 % PEG 4000	分辨率 3.70 Å R-free 0.302

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8GF99_PHOLU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–1474； UniProt 1–1474

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6suf
沉积日期 deposition_date	2019-09-13
结构标题 title	Structure of Photorhabdus luminescens Tc holotoxin pore
关键词 keywords	Complex, Holotoxin, Photorhabdus, Insecticidal, Translocation, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	82.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.49 Å
零角强度 I(0) i0	32479400000.00
分子量 molecular_weight	1531900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1912900 Å³
包络体积 envelope_volume	3033300 Å³
水化壳体积 shell_volume	297510 Å³
包络直径 envelope_diameter	355.2 Å
壳层 Rg shell_rg	89.77 Å
包络 Rg envelope_rg	81.17 Å
形状 Rg shape_rg	82.49 Å
总 Rg total_rg	82.54 Å
总原子数 total_atoms	108112
残基数 n_residues	13607
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.4 Å
Rg (实空间) rg_real	78.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0930e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4550e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	82.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32480000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9120
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	99.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.110
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.2594
最高正则化参数 α highest_alpha	6144000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.992; Stabil: 0.987; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TcdA1
分子量 formula_weight	283230.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	108112

MNESVKEIPDVLKSQCGFNCLTDISHSSFNEFRQQVSEHLSWSETHDLYHDAQQAQKDNRLYEARILKRANPQLQNAVHLAILAPNAELIGYNNQFSGRASQYVAPGTVSSMFSPAAYLTELYREARNLHASDSVYYLDTRRPDLKSMALSQQNMDIELSTLSLSNELLLESIKTESKLENYTKVMEMLSTFRPSGATPYHDAYENVREVIQLQDPGLEQLNASPAIAGLMHQASLLGINASISPELFNILTEEITEGNAEELYKKNFGNIEPASLAMPEYLKRYYNLSDEELSQFIGKASNFGQQEYSNNQLITPVVNSSDGTVKVYRITREYTTNAYQMDVELFPFGGENYRLDYKFKNFYNASYLSIKLNDKRELVRTEGAPQVNIEYSANITLNTADISQPFEIGLTRVLPSGSWAYAAAKFTVEEYNQYSFLLKLNKAIRLSRATELSPTILEGIVRSVNLQLDINTDVLGKVFLTKYYMQRYAIHAETALILCNAPISQRSYDNQPSQFDRLFNTPLLNGQYFSTGDEEIDLNSGSTGDWRKTILKRAFNIDDVSLFRLLKITDHDNKDGKIKNNLKNLSNLYIGKLLADIHQLTIDELDLLLIAVGEGKTNLSAISDKQLATLIRKLNTITSWLHTQKWSVFQLFIMTSTSYNKTLTPEIKNLLDTVYHGLQGFDKDKADLLHVMAPYIAATLQLSSENVAHSVLLWADKLQPGDGAMTAEKFWDWLNTKYTPGSSEAVETQEHIVQYCQALAQLEMVYHSTGINENAFRLFVTKPEMFGAATGAAPAHDALSLIMLTRFADWVNALGEKASSVLAAFEANSLTAEQLADAMNLDANLLLQASIQAQNHQHLPPVTPENAFSCWTSINTILQWVNVAQQLNVAPQGVSALVGLDYIESMKETPTYAQWENAAGVLTAGLNSQQANTLHAFLDESRSAALSTYYIRQVAKAAAAIKSRDDLYQYLLIDNQVSAAIKTTRIAEAIASIQLYVNRALENVEENANSGVISRQFFIDWDKYNKRYSTWAGVSQLVYYPENYIDPTMRIGQTKMMDALLQSVSQSQLNADTVEDAFMSYLTSFEQVANLKVISAYHDNINNDQGLTYFIGLSETDAGEYYWRSVDHSKFNDGKFAANAWSEWHKIDCPINPYKSTIRPVIYKSRLYLLWLEQKEITKQTGNSKDGYQTETDYRYELKLAHIRYDGTWNTPITFDVNKKISELKLEKNRAPGLYCAGYQGEDTLLVMFYNQQDTLDSYKNASMQGLYIFADMASKDMTPEQSNVYRDNSYQQFDTNNVRRVNNRYAEDYEIPSSVSSRKDYGWGDYYLSMVYNGDIPTINYKAASSDLKIYISPKLRIIHNGYEGQKRNQCNLMNKYGKLGDKFIVYTSLGVNPNNSSNKLMFYPVYQYSGNTSGLNQGRLLFHRDTTYPSKVEAWIPGAKRSLTNQNAAIGDDYATDSLNKPDDLKQYIFMTDSKGTATDVSGPVEINTAISPAKVQIIVKAGGKEQTFTADKDVSIQPSPSFDEMNYQFNALEIDGSGLNFINNSASIDVTFTAFAEDGRKLGYESFSIPVTLKVSTDNALTLHHNENGAQYMQWQSYRTRLNTLFARQLVARATTGIDTILSMETQNIQEPQLGKGFYATFVIPPYNLSTHGDERWFKLYIKHVVDNNSHIIYSGQLTDTNINITLFIPLDDVPLNQDYHAKVYMTFKKSPSDGTWWGPHFVRDDKGIVTINPKSILTHFESVNVLNNISSEPMDFSGANSLYFWELFYYTPMLVAQRLLHEQNFDEANRWLKYVWSPSGYIVHGQIQNYQWNVRPLLEDTSWNSDPLDSVDPDAVAQHDPMHYKVSTFMRTLDLLIARGDHAYRQLERDTLNEAKMWYMQALHLLGDKPYLPLSTTWSDPRLDRAADITTQNAHDSAIVALRQNIPTPAPLSLRSANTLTDLFLPQINEVMMNYWQTLAQRVYNLRHNLSIDGQPLYLPIYATPADPKALLSAAVATSQGGGKLPESFMSLWRFPHMLENARGMVSQLTQFGSTLQNIIERQDAEALNALLQNQAAELILTNLSIQDKTIEELDAEKTVLEKSKAGAQSRFDSYGKLYDENINAGENQAMTLRASAAGLTTAVQASRLAGAAADLVPNIFGFAGGGSRWGAIAEATGYVMEFSANVMNTEADKISQSETYRRRRQEWEIQRNNAEAELKQIDAQLKSLAVRREAAVLQKTSLKTQQEQTQSQLAFLQRKFSNQALYNWLRGRLAAIYFQFYDLAVARCLMAEQAYRWELNDDSARFIKPGAWQGTYAGLLAGETLMLSLAQMEDAHLKRDKRALEVERTVSLAEVYAGLPKDNGPFSLAQEIDKLVSQGSGSAGSGNNNLAFGAGTDTKTSLQASVSFADLKIREDYPASLGKIRRIKQISVTLPALLGPYQDVQAILSYGDKAGLANGCEALAVSHGMNDSGQFQLDFNDGKFLPFEGIAIDQGTLTLSFPNASMPEKGKQATMLKTLNDIILHIRYTIK

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TcdB2,TccC3
分子量 formula_weight	274188.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MQNSQDFSITELSLPKGGGAITGMGEALTPTGPDGMAALSLPLPISAGRGYAPAFTLNYNSGAGNSPFGLGWDCNVMTIRRRTHFGVPHYDETDTFLGPEGEVLVVADQPRDESTLQGINLGATFTVTGYRSRLESHFSRLEYWQPKTTGKTDFWLIYSPDGQVHLLGKSPQARISNPSQTTQTAQWLLEASVSSRGEQIYYQYRAEDDTGCEADEITHHLQATAQRYLHIVYYGNRTASETLPGLDGSAPSQADWLFYLVFDYGERSNNLKTPPAFSTTGSWLCRQDRFSRYEYGFEIRTRRLCRQVLMYHHLQALDSKITEHNGPTLVSRLILNYDESAIASTLVFVRRVGHEQDGNVVTLPPLELAYQDFSPRHHAHWQPMDVLANFNAIQRWQLVDLKGEGLPGLLYQDKGAWWYRSAQRLGEIGSDAVTWEKMQPLSVIPSLQSNASLVDINGDGQLDWVITGPGLRGYHSQRPDGSWTRFTPLNALPVEYTHPRAQLADLMGAGLSDLVLIGPKSVRLYANTRDGFAKGKDVVQSGEITLPVPGADPRKLVAFSDVLGSGQAHLVEVSATKVTCWPNLGRGRFGQPITLPGFSQPATEFNPAQVYLADLDGSGPTDLIYVHTNRLDIFLNKSGNGFAEPVTLRFPEGLRFDHTCQLQMADVQGLGVASLILSVPHMSPHHWRCDLTNMKPWLLNEMNNNMGVHHTLRYRSSSQFWLDEKAAALTTGQTPVCYLPFPIHTLWQTETEDEISGNKLVTTLRYARGAWDGREREFRGFGYVEQTDSHQLAQGNAPERTPPALTKNWYATGLPVIDNALSTEYWRDDQAFAGFSPRFTTWQDNKDVPLTPEDDNSRYWFNRALKGQLLRSELYGLDDSTNKHVPYTVTEFRSQVRRLQHTDSRYPVLWSSVVESRNYHYERIASDPQCSQNITLSSDRFGQPLKQLSVQYPRRQQPAINLYPDTLPDKLLANSYDDQQRQLRLTYQQSSWHHLTNNTVRVLGLPDSTRSDIFTYGAENVPAGGLNLELLSDKNSLIADDKPREYLGQQKTAYTDGQNTTPLQTPTRQALIAFTETTVFNQSTLSAFNGSIPSDKLSTTLEQAGYQQTNYLFPRTGEDKVWVAHHGYTDYGTAAQFWRPQKQSNTQLTGKITLIWDANYCVVVQTRDAAGLTTSAKYDWRFLTPVQLTDINDNQHLITLDALGRPITLRFWGTENGKMTGYSSPEKASFSPPSDVNAAIELKKPLPVAQCQVYAPESWMPVLSQKTFNRLAEQDWQKLYNARIITEDGRICTLAYRRWVQSQKAIPQLISLLNNGPRLPPHSLTLTTDRYDHDPEQQIRQQVVFSDGFGRLLQAAARHEAGMARQRNEDGSLIINVQHTENRWAVTGRTEYDNKGQPIRTYQPYFLNDWRYVSNDSARQEKEAYADTHVYDPIGREIKVITAKGWFRRTLFTPWFTVNEDENDTAAEVKKVKMPGSRPMKNIDPKLYQKTPTVSVYDNRGLIIRNIDFHRTTANGDPDTRITRHQYDIHGHLNQSIDPRLYEAKQTNNTIKPNFLWQYDLTGNPLCTESIDAGRTVTLNDIEGRPLLTVTATGVIQTRQYETSSLPGRLLSVAEQTPEEKTSRITERLIWAGNTEAEKDHNLAGQCVRHYDTAGVTRLESLSLTGTVLSQSSQLLIDTQEANWTGDNETVWQNMLADDIYTTLSTFDATGALLTQTDAKGNIQRLAYDVAGQLNGSWLTLKGQTEQVIIKSLTYSAAGQKLREEHGNDVITEYSYEPETQRLIGIKTRRPSDTKVLQDLRYEYDPVGNVISIRNDAEATRFWHNQKVMPENTYTYDSLYQLISATGREMANIGQQSHQFPSPALPSDNNTYTNYTRTYTYDRGGNLTKIQHSSPATQNNYTTNITVSNRSNRAVLSTLTEDPAQVDALFDAGGHQNTLISGQNLNWNTRGELQQVTLVKRDKGANDDREWYRYSGDGRRMLKINEQQASNNAQTQRVTYLPNLELRLTQNSTATTEDLQVITVGEAGRAQVRVLHWESGKPEDIDNNQLRYSYDNLIGSSQLELDSEGQIISEEEYYPYGGTALWAARNQTEASYKTIRYSGKERDATGLYYYGYRYYQPWIGRWLSSDPAGTIDGLNLYRMVRNNPVTLLDPDGLMPTIAERIAALKKNKVTDSAPSPANATNVAINIRPPVAPKPSLPKASTSSQPTTHPIGAANIKPTTSGSSIVAPLSPVGNKSTSEISLPESAQSSSSSTTSTNLQKKSFTLYRADNRSFEEMQSKFPEGFKAWTPLDTKMARQFASIFIGQKDTSNLPKETVKNISTWGAKPKLKDLSNYIKYTKDKSTVWVSTAINTEAGGQSSGAPLHKIDMDLYEFAIDGQKLNPLPEGRTKNMVPSLLLDTPQIETSSIIALNHGPVNDAEISFLTTIPLKNVKPHKR

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64806

fit	/app/data/saxs_computation/su/6suf/6suf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/su/6suf/6suf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/su/6suf/6suf.dat

Structure of Photorhabdus luminescens Tc holotoxin pore

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TcdA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TcdB2,TccC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TcdB2,TccC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)