6t1m

Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with benzimidazole-amide derivative 4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ENL

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–148	未记录	M8K 4-cyano-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M bis-tris pH 5.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6T1M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5J9S ENL YEATS in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M K/Na Tartrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 2M (NH4)2SO4	分辨率 2.70 Å R-free 0.210
6HPW Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with compound 20 提交 2018-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GKT 3-iodanyl-4-methyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M bis-tris, pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.281
6HPX Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with compound 19 提交 2018-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GKQ ~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-1-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% medium molecular weight PEG smears, 0.1M citrate, pH 5.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
6HPY Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with compound 12 提交 2018-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 GKN 3-[4-[(4-~{tert}-butylphenyl)carbonylamino]phenyl]propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris, pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
6HPZ Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with acetyllysine 提交 2018-09-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）片段：YEATS domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ALY N(6)-ACETYLLYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG 1500	分辨率 2.30 Å R-free 0.296
6HQ0 Crystal structure of ENL (MLLT1), apo form 提交 2018-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；30% PEG 2000MME, 0.1M KBr	分辨率 1.81 Å R-free 0.237
6HT0 Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with compound 94 提交 2018-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GQ8 1-cyclopropyl-~{N}-[2-[[(2~{S})-2-methylpyrrolidin-1-yl]methyl]-3~{H}-benzimidazol-5-yl]indazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris pH 5.5 or 25% PEG Smear Medi-um, 0.1M citrate pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
6HT1 Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with SGC-iMLLT (compound 92) 提交 2018-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GQ5 1-methyl-~{N}-[2-[[(2~{S})-2-methylpyrrolidin-1-yl]methyl]-3~{H}-benzimidazol-5-yl]indazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris pH 5.5 or 25% PEG Smear Medi-um, 0.1M citrate pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
6T1I Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with piperazine-urea derivative 1 提交 2019-10-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	M7W 4-(4-ethanoylphenyl)-~{N}-[(6-methoxypyridin-3-yl)methyl]piperazine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M bis-tris pH 6.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
6T1J Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with piperazine-urea derivative 2 提交 2019-10-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 M7T ~{N}-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethyl)phenyl]methyl]-4-thiophen-2-ylcarbonyl-piperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M bis-tris pH 6.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.275
6T1L Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with piperazine-urea derivative 3 提交 2019-10-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 M7N ~{N}-[[4-(diethylaminomethyl)phenyl]methyl]-4-pyrimidin-2-yl-piperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1 M bis-tris pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
6T1N Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with benzimidazole-amide derivative 5 提交 2019-10-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	M7Z 4-chloranyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M bis-tris pH 5.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.266
6T1O Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with benzimidazole-amide derivative 6 提交 2019-10-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	M82 4-iodanyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.251
7B0T Crystal structure of MLLT1 YEATS domain T3 mutant in complex with benzimidazole-amide based compound 1 提交 2020-11-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer	链 A 1–148（148 aa）	未记录	GKT 3-iodanyl-4-methyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3350, 0.2M NaOAc, 0.1M Bis-Tris, pH6.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.276
7B10 Crystal structure of MLLT1 YEATS domain T1 mutant in complex with benzimidazole-amide based compound 1 提交 2020-11-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer	链 A 1–148（148 aa）	未记录	GKT 3-iodanyl-4-methyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 IOD IODIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% w/v PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5	分辨率 1.92 Å R-free 0.209
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7C Crystal structure of ENL YEATS domain T1 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 4000, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M Potassium iodide	分辨率 1.84 Å R-free 0.251
7X88 Crystal structure of ENL YEATS domain T2 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：Deletion 112-113, V114L	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；20% (w/v) PE G3350, 0.1M sodium citrate/citric acid pH 4.0, 0.2M sodium citrate tribasic	分辨率 2.25 Å R-free 0.240
7X8B Crystal structure of ENL T1 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
7X8B Crystal structure of ENL T1 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
7X8F Crystal structure of ENL T4 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：insertions	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.44 Å R-free 0.252
7X8F Crystal structure of ENL T4 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）	突变：insertions	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.44 Å R-free 0.252
7X8G Crystal structure of ENL T1(H116P) mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：insertions	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 1.91 Å R-free 0.230
7X8G Crystal structure of ENL T1(H116P) mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）	突变：insertions	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 1.91 Å R-free 0.230
8PJI MLLT1 in complex with compound 10a 提交 2023-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ZJF ~{N}-cyclopentyl-1-(3-hydroxyphenyl)imidazole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris pH=7.0 150 mM AmSO4 Gradient 20-30% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.277
9DUR Cryo-EM Structure of CRBN:dHTC1:ENL YEATS 提交 2024-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）片段：YEATS domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES/NaOH pH7.4, 150 mM NaCl. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixturewas applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C	分辨率 2.90 Å
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267

共 25 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6t1m
沉积日期 deposition_date	2019-10-04
结构标题 title	Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with benzimidazole-amide derivative 4
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, YEATS domain, ENL, MLLT1, chemical probe, inhibitor, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.35 Å
零角强度 I(0) i0	5558180.00
分子量 molecular_weight	17488.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22039 Å³
包络体积 envelope_volume	25755 Å³
水化壳体积 shell_volume	13368 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.43 Å
包络 Rg envelope_rg	18.04 Å
形状 Rg shape_rg	17.32 Å
总 Rg total_rg	18.33 Å
总原子数 total_atoms	1232
残基数 n_residues	142
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6380e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5558000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7853
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.574
峰度 Kurtosis kurtosis	0.011
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1355000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.507; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.693; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein ENL
分子量 formula_weight	18225.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1288

MDNQCTVQVRLELGHRAQLRKKPTTEGFTHDWMVFVRGPEQCDIQHFVEKVVFWLHDSFPKPRRVCKEPPYKVEESGYAGFIMPIEVHFKNKEEPRKVCFTYDLFLNLEGNPPVNHLRCEKLTFNNPTTEFRYKLLRAGGVMVMPEGAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-cyano-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide
分子量 formula_weight	359.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6t1mA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 — YEATS domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.069 Å
晶胞边长 b length_b	49.069 Å
晶胞边长 c length_c	129.992 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	45.910 Å
R 因子 r_factor	0.2181
R_work r_work	0.2152
R_free r_free	0.2745

fit	/app/data/saxs_computation/t1/6t1m/6t1m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t1/6t1m/6t1m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t1/6t1m/6t1m.dat