← 返回搜索
6tbu

Structure of Drosophila melanogaster Dispatched

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 115.5 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein dispatched

Drosophila melanogaster

UniProt Q9VNJ5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1218 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.16 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TBU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TD6 Structure of Drosophila melanogaster Dispatched bound to a modified Hedgehog ligand, HhN-C85II 提交 2019-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1218（1218 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DISP_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1218； UniProt 1–1218

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tbu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tbu
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tbu
沉积日期 deposition_date2019-11-04
结构标题 titleStructure of Drosophila melanogaster Dispatched
关键词 keywords;RND transporter, transmembrane domain, ectodomain, cholesteryl hemisuccinate, detergent micelle, digitonin, monomer, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.34 Å
零角强度 I(0) i0124817000.00
分子量 molecular_weight100400.0 kDa
排除体积 excluded_volume129930 ų
包络体积 envelope_volume164240 ų
水化壳体积 shell_volume41245 ų
包络直径 envelope_diameter120.7 Å
壳层 Rg shell_rg39.56 Å
包络 Rg envelope_rg34.41 Å
形状 Rg shape_rg34.29 Å
总 Rg total_rg34.96 Å
总原子数 total_atoms14212
残基数 n_residues842
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.5 Å
Rg (实空间) rg_real35.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal124800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8946
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.4 Å
偏度 Skewness skewness0.251
峰度 Kurtosis kurtosis-0.616
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32030000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.917
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)