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6tfb

Carbamazepine binds Frizzled8

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-8

Mus musculus

UniProt Q61091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–151 未记录 GOL GLYCEROL × 2 N6W benzo[b][1]benzazepine-11-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；300 K；0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate 分辨率 1.68 Å R-free 0.265
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 28–151 未记录 GOL GLYCEROL × 1 N6W benzo[b][1]benzazepine-11-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；300 K；0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate 分辨率 1.68 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TFB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IJY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE-RICH DOMAIN OF MOUSE FRIZZLED 8 (MFZ8) 提交 2001-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–155（128 aa） 片段：CYSTEINE-RICH DOMAIN
链 B 28–155（128 aa） 片段：CYSTEINE-RICH DOMAIN
突变：N22E, N125E 突变：N22E, N125E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；Ammonium Sulfate, Hepes, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.35 Å R-free 0.247
4F0A Crystal structure of XWnt8 in complex with the cysteine-rich domain of Frizzled 8 提交 2012-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–150（123 aa） 片段：cysteine-rich domain, UNP residues 28-150
未记录 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；4-10 % (w/v) PEG 400 15-25 mM Zinc acetate 100 mM Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6AHY Wnt signaling complex 提交 2018-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–159（132 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.1 M LiCl, 20%(v/v) Ethylene glycol, 7%(w/v) PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
6AHY Wnt signaling complex 提交 2018-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 28–159（132 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.1 M LiCl, 20%(v/v) Ethylene glycol, 7%(w/v) PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
6AHY Wnt signaling complex 提交 2018-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 28–159（132 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.1 M LiCl, 20%(v/v) Ethylene glycol, 7%(w/v) PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
6TFM Frizzled8 CRD 提交 2019-11-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–151（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate
分辨率 2.34 Å R-free 0.300
6TFM Frizzled8 CRD 提交 2019-11-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 28–151（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate
分辨率 2.34 Å R-free 0.300
6TFM Frizzled8 CRD 提交 2019-11-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 28–151（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate
分辨率 2.34 Å R-free 0.300
6TFM Frizzled8 CRD 提交 2019-11-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 28–151（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；300 K；0.1 M sodium acetate, pH 5 1 M ammonium sulphate
分辨率 2.34 Å R-free 0.300
8CTG Extracellular architecture of an engineered canonical Wnt signaling ternary complex 提交 2022-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–150（123 aa）
未记录 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting before plunging
分辨率 3.80 Å

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FZD8_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–127； UniProt 28–151 作者链 B； PDB构建体 4–127； UniProt 28–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tfb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tfb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tfb
沉积日期 deposition_date2019-11-13
结构标题 titleCarbamazepine binds Frizzled8
关键词 keywordsWnt receptor Frizzled8 carbamazepine, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.82 Å
零角强度 I(0) i016336700.00
分子量 molecular_weight30112.0 kDa
排除体积 excluded_volume37459 ų
包络体积 envelope_volume44962 ų
水化壳体积 shell_volume18613 ų
包络直径 envelope_diameter71.1 Å
壳层 Rg shell_rg26.39 Å
包络 Rg envelope_rg20.93 Å
形状 Rg shape_rg20.85 Å
总 Rg total_rg21.52 Å
总原子数 total_atoms2103
残基数 n_residues253
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.9 Å
Rg (实空间) rg_real21.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16340000.0000
解质量估计 total_estimate0.8722
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.9 Å
偏度 Skewness skewness0.415
峰度 Kurtosis kurtosis-0.388
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4634000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.928
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6tfba1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.141 — Frizzled cysteine-rich domain
超家族 Superfamily superfamilya.141.1 — Frizzled cysteine-rich domain
家族 Family familya.141.1.1 — Frizzled cysteine-rich domain
结构域编号 domain_idd6tfba2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6tfbb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.141 — Frizzled cysteine-rich domain
超家族 Superfamily superfamilya.141.1 — Frizzled cysteine-rich domain
家族 Family familya.141.1.1 — Frizzled cysteine-rich domain
结构域编号 domain_idd6tfbb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)