SAXSdb — 6tm1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dedicator of cytokinesis protein 10

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1694–2150 链 C； UniProt 1694–2151	未记录	Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 × 1 （P60763）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MMT. MMT buffer is produced by mixing DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios of 1:2:2.	分辨率 3.71 Å R-free 0.321

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6TM1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6TKY Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1694–2150（457 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.55 Å R-free 0.246
6TKY Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1694–2151（458 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.55 Å R-free 0.246
6TKZ Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric	链 A 1694–2151（458 aa）链 B 1694–2151（458 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6TKZ Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with CDC42 提交 2019-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric	链 A 1694–2151（458 aa）链 B 1694–2151（458 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 3350, 200 mM potassium acetate, 8% (v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol.	分辨率 2.64 Å R-free 0.274
7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 146–170（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.265
7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 146–170（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.265
7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 146–170（25 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.265

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DOC10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–457； UniProt 1694–2150 作者链 C； PDB构建体 1–458； UniProt 1694–2151

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3

Homo sapiens

UniProt P60763

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–192	未记录	Dedicator of cytokinesis protein 10 × 1 （Q96BY6） Dedicator of cytokinesis protein 10 × 1 （Q96BY6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MMT. MMT buffer is produced by mixing DL-malic acid, MES and Tris base in the molar ratios of 1:2:2.	分辨率 3.71 Å R-free 0.321

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6TM1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2C2H CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN RAC3 IN COMPLEX WITH GDP 提交 2005-09-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–192（192 aa）	突变：YES	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；30% MPD, 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 4.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.229
2C2H CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN RAC3 IN COMPLEX WITH GDP 提交 2005-09-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–192（192 aa）	突变：YES	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；30% MPD, 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 4.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.229
2G0N The Crystal Structure of the Human RAC3 in complex with GDP and Chloride 提交 2006-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–177（177 aa）片段：RAC3	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
2G0N The Crystal Structure of the Human RAC3 in complex with GDP and Chloride 提交 2006-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–177（177 aa）片段：RAC3	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
2IC5 Crystal structure of human RAC3 grown in the presence of Gpp(NH)p. 提交 2006-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；0.1 M BIS-TRIS, 20% MPEG 5K , pH 6.5, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
2IC5 Crystal structure of human RAC3 grown in the presence of Gpp(NH)p. 提交 2006-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–178（178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；0.1 M BIS-TRIS, 20% MPEG 5K , pH 6.5, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–177（177 aa）链 B 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–177（177 aa）链 D 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–177（177 aa）链 G 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2OV2 The crystal structure of the human RAC3 in complex with the CRIB domain of human p21-activated kinase 4 (PAK4) 提交 2007-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–177（177 aa）链 H 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
2QME Crystal structure of human RAC3 in complex with CRIB domain of human p21-activated kinase 1 (PAK1) 提交 2007-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2 M (NH4)2S04, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.192
2QME Crystal structure of human RAC3 in complex with CRIB domain of human p21-activated kinase 1 (PAK1) 提交 2007-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2 M (NH4)2S04, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.192

共 5 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tm1
沉积日期 deposition_date	2019-12-03
结构标题 title	Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with RAC3
关键词 keywords	DOCK10 GEF RAC3 GTPase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.19 Å
零角强度 I(0) i0	153092000.00
分子量 molecular_weight	95682.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118420 Å³
包络体积 envelope_volume	177160 Å³
水化壳体积 shell_volume	44664 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.76 Å
包络 Rg envelope_rg	32.48 Å
形状 Rg shape_rg	33.22 Å
总 Rg total_rg	33.68 Å
总原子数 total_atoms	6775
残基数 n_residues	977
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	153100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8897
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dedicator of cytokinesis protein 10
分子量 formula_weight	53026.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	6775

STPELRRTWLESMAKIHARNGDLSEAAMCYIHIAALIAEYLKRKGYWKVEKICTASLLSEDTHPCDSNSLLTTPSGGSMFSMGWPAFLSITPNIKEEGAMKEDSGMQDTPYNENILVEQLYMCVEFLWKSERYELIADVNKPIIAVFEKQRDFKKLSDLYYDIHRSYLKVAEVVNSEKRLFGRYYRVAFYGQGFFEEEEGKEYIYKEPKLTGLSEISQRLLKLYADKFGADNVKIIQDSNKVNPKDLDPKYAYIQVTYVTPFFEEKEIEDRKTDFEMHHNINRFVFETPFTLSGKKHGGVAEQCKRRTILTTSHLFPYVKKRIQVISQSSTELNPIEVAIDEMSKKVSELNQLCTMEEVDMIRLQLKLQGSVSVKVNAGPMAYARAFLEETNAKKYPDNQVKLLKEIFRQFADACGQALDVNERLIKEDQLEYQEELRSHYKDMLSELSTVMNEQIT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
分子量 formula_weight	21405.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEYIPTVFDNYSANVMVDGKPVNLGLWDTAGQEDYDRLRPLSYPQTDVFLICFSLVSPASFENVRAKWYPEVRHHCPHTPILLVGTKLDLRDDKDTIERLRDKKLAPITYPQGLAMAREIGSVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPPPVKKPGKKCTVF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Dedicator of cytokinesis protein 10
分子量 formula_weight	53083.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

STPELRRTWLESMAKIHARNGDLSEAAMCYIHIAALIAEYLKRKGYWKVEKICTASLLSEDTHPCDSNSLLTTPSGGSMFSMGWPAFLSITPNIKEEGAMKEDSGMQDTPYNENILVEQLYMCVEFLWKSERYELIADVNKPIIAVFEKQRDFKKLSDLYYDIHRSYLKVAEVVNSEKRLFGRYYRVAFYGQGFFEEEEGKEYIYKEPKLTGLSEISQRLLKLYADKFGADNVKIIQDSNKVNPKDLDPKYAYIQVTYVTPFFEEKEIEDRKTDFEMHHNINRFVFETPFTLSGKKHGGVAEQCKRRTILTTSHLFPYVKKRIQVISQSSTELNPIEVAIDEMSKKVSELNQLCTMEEVDMIRLQLKLQGSVSVKVNAGPMAYARAFLEETNAKKYPDNQVKLLKEIFRQFADACGQALDVNERLIKEDQLEYQEELRSHYKDMLSELSTVMNEQITG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	6tm1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6tm1B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — DOCK DHR2 domain, lobe A

结构域编号 domain_id	6tm1B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — DOCK DHR2 domain, lobe C

结构域编号 domain_id	6tm1C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — DOCK DHR2 domain, lobe A

结构域编号 domain_id	6tm1C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — DOCK DHR2 domain, lobe C

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.079 Å
晶胞边长 b length_b	128.455 Å
晶胞边长 c length_c	215.102 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.710 Å
最低分辨率 resolution_low	29.600 Å
R 因子 r_factor	0.2624
R_work r_work	0.2595
R_free r_free	0.3211

fit	/app/data/saxs_computation/tm/6tm1/6tm1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tm/6tm1/6tm1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tm/6tm1/6tm1.dat

Crystal structure of the DHR2 domain of DOCK10 in complex with RAC3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dedicator of cytokinesis protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)