6tos

Crystal structure of the Orexin-1 receptor in complex with GSK1059865

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Orexin receptor type 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2~{S},5~{S})-2-[[(5-bromanylpyridin-2-yl)amino]methyl]-5-methyl-piperidin-1-yl]-(3-fluoranyl-2-methoxy-phenyl)methanone × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CITRIC ACID × 2 SULFATE ION × 2 octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 12 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	[(2~{S},5~{S})-2-[[(5-bromanylpyridin-2-yl)amino]methyl]-5-methyl-piperidin-1-yl]-(3-fluoranyl-2-methoxy-phenyl)methanone × 1 SULFATE ION × 2 octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 15 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OX1R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–324； UniProt 28–380 作者链 B； PDB构建体 4–324； UniProt 28–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tos
沉积日期 deposition_date	2019-12-11
结构标题 title	Crystal structure of the Orexin-1 receptor in complex with GSK1059865
关键词 keywords	7TM, GPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6tos__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6tos__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6tos__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.65 Å
Rg（电子密度）	22.54 Å
总 Rg	23.56 Å
原子数	2703
残基数	302
排除体积	49515 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6tos__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6tos__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Orexin receptor type 1
分子量 formula_weight	38132.9 kDa
突变 mutation	E46A I85L V95A R162L N194A L198A Y211A L304V C339A C375W C376W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5708

AASEDEFLRYLWRDYLYPKQYAWVLIAAYVAVFVVALVGNTLVCLAVWRNHHMRTVTNYFLVNLSLADVLATAICLPASLLVDITESWLFGHALCKVIPYLQAVSVSVAVLTLSFIALDRWYAICHPLLFKSTARRALGSILGIWAVSLAIMVPQAAVMECSSVLPELAARTRAFSVCDERWADDLAPKIYHSCFFIVTYLAPLGLMAMAYFQIFRKLWGRQIPGTTSAEVKQMRARRKTAKMLMVVVLVFALCYLPISVLNVLKRVFGMFRQASDREAVYAAFTFSHWLVYANSAANPIIYNFLSGKFREQFKAAFSWWLPGLAAAHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(2~{S},5~{S})-2-[[(5-bromanylpyridin-2-yl)amino]methyl]-5-methyl-piperidin-1-yl]-(3-fluoranyl-2-methoxy-phenyl)methanone
分子量 formula_weight	436.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	308.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	27

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6tosA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	6tosB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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晶胞边长 a length_a	59.692 Å
晶胞边长 b length_b	146.190 Å
晶胞边长 c length_c	71.508 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.130 Å
最低分辨率 resolution_low	30.470 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2180

Crystal structure of the Orexin-1 receptor in complex with GSK1059865

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Orexin receptor type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tos__assembly_1__model_1

6tos__assembly_1__model_1 | I(q)

6tos__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Orexin-1 receptor in complex with GSK1059865

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Orexin receptor type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tos__assembly_1__model_1

6tos__assembly_1__model_1 | I(q)

6tos__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)