6tr5

Melatonin-Notum complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

Homo sapiens

UniProt Q6P988

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 81–451 未记录 ML1 N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.2;300 K;1.5 M ammonium sulphate 0.1 M sodium citrate pH 4.2 分辨率 1.51 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 140 个其他 PDB 条目、149 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOTUM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–374; UniProt 81–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tr5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tr5
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tr5
沉积日期 deposition_date2019-12-17
结构标题 titleMelatonin-Notum complex
关键词 keywordsWnt Notum inhibitor melatonin, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.03
零角强度 I(0) i030071300.00
分子量 molecular_weight40619.0 kDa
排除体积 excluded_volume50133 ų
包络体积 envelope_volume58656 ų
水化壳体积 shell_volume23696 ų
包络直径 envelope_diameter69.8
壳层 Rg shell_rg27.38
包络 Rg envelope_rg20.40
形状 Rg shape_rg19.98
总 Rg total_rg21.08
总原子数 total_atoms2849
残基数 n_residues345
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.0
Rg (实空间) rg_real21.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real3.0070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30070000.0000
解质量估计 total_estimate0.8134
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary27.6
偏度 Skewness skewness0.118
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4805000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6tr5a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.42 — Pectinacetylesterase-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)