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6tsi

cd1 nitrite reductase NirS with bound dihydro-heme d1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrite reductase

物种未注明

UniProt P24474

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–568 链 B； UniProt 26–568 未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.9M K2HPO4 0.1M Tris-HCl pH 8 分辨率 2.38 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6TSI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BL9 CONFORMATIONAL CHANGES OCCURRING UPON REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-07-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
链 B 26–568（543 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 OH HYDROXIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 2.90 Å R-free 0.233
1GJQ Pseudomonas aeruginosa cd1 nitrite reductase reduced cyanide complex 提交 2001-08-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
链 B 26–568（543 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 CYN CYANIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2M NA/K2 PHOSPHATE, 50MM TRIS-HCL, PH 8.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
1HZU DOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 2001-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
突变：H327A HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 5000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
1HZV DOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 2001-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
突变：H369A HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 NO NITRIC OXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.83 Å R-free 0.296
1N15 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
链 B 26–568（543 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
1N50 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
链 B 26–568（543 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 2.90 Å R-free 0.246
1N90 FOLLOWING THE C HEME REDUCTION IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-09-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
链 B 26–568（543 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 2.90 Å R-free 0.241
1NIR OXYDIZED NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1997-06-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
链 B 26–568（543 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 OH HYDROXIDE ION × 2 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM @M NA/K2 PHOSPHATE, 50MM TRIS-HCL, PH 8.4
分辨率 2.15 Å R-free 0.242
1NNO CONFORMATIONAL CHANGES OCCURRING UPON NO BINDING IN NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA 提交 1998-07-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
链 B 26–568（543 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 NO NITRIC OXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 2.65 Å R-free 0.243
5GUW Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa 提交 2016-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1–568（568 aa） 片段：cd1 nitrite reductase
链 N 1–568（568 aa） 片段：cd1 nitrite reductase
未记录 HEC HEME C × 2 DHE HEME D × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.254
6TPO Conformation of cd1 nitrite reductase NirS without bound heme d1 提交 2019-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–568（543 aa）
未记录 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 2 HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M Phosphate/citrate pH4.2 40% (v/v) PEG300
分辨率 1.86 Å R-free 0.194

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIRS_PSEAE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–543； UniProt 26–568 作者链 B； PDB构建体 1–543； UniProt 26–568

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tsi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tsi
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tsi
沉积日期 deposition_date2019-12-20
结构标题 titlecd1 nitrite reductase NirS with bound dihydro-heme d1
关键词 keywordscd1 nitrite reductase, NirS, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.48 Å
零角强度 I(0) i0232861000.00
分子量 molecular_weight121770.0 kDa
排除体积 excluded_volume151810 ų
包络体积 envelope_volume180180 ų
水化壳体积 shell_volume45842 ų
包络直径 envelope_diameter113.9 Å
壳层 Rg shell_rg39.67 Å
包络 Rg envelope_rg32.56 Å
形状 Rg shape_rg32.48 Å
总 Rg total_rg32.97 Å
总原子数 total_atoms16870
残基数 n_residues1080
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.2 Å
Rg (实空间) rg_real32.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal232900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8858
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary36.0 Å
偏度 Skewness skewness0.357
峰度 Kurtosis kurtosis-0.417
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74160000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.883
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6tsia1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
结构域编号 domain_idd6tsia2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family familyb.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
结构域编号 domain_idd6tsib1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.2 — N-terminal (heme c) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
结构域编号 domain_idd6tsib2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.2 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
家族 Family familyb.70.2.1 — C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)