6tuf

Human Aldose Reductase in complex with ALR43

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

aldose reductase

Homo sapiens

UniProt P15121

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–316 未记录 CIT CITRIC ACID × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 NXQ 2-[5-fluoranyl-2-[[3-[methyl(oxidanyl)-$l^{3}-sulfanyl]phenyl]methylcarbamoyl]phenoxy]ethanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;291 K;PEG 6000, DTT, diammonium hydrogen citrate, NADP+ 分辨率 1.15 Å R-free 0.152

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 169 个其他 PDB 条目、173 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALDR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–316; UniProt 1–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tuf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tuf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tuf
沉积日期 deposition_date2020-01-07
结构标题 titleHuman Aldose Reductase in complex with ALR43
关键词 keywords;Diabetes, oxidoreductase, transient binding pocket, diabetic late effects, polyol pathway, osmotic and oxidative stress, cofactor, NADPH, NADP+, AKR1B1, ALDR1, ALR2 ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.56
零角强度 I(0) i021974900.00
分子量 molecular_weight36348.0 kDa
排除体积 excluded_volume45631 ų
包络体积 envelope_volume49843 ų
水化壳体积 shell_volume21718 ų
包络直径 envelope_diameter60.7
壳层 Rg shell_rg25.63
包络 Rg envelope_rg18.89
形状 Rg shape_rg18.56
总 Rg total_rg19.46
总原子数 total_atoms4994
残基数 n_residues316
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.0
Rg (实空间) rg_real19.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real2.1970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21980000.0000
解质量估计 total_estimate0.8277
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.127
峰度 Kurtosis kurtosis-0.469
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6117000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6tufa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family familyc.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)