6tz2

In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at elongation state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA Polymerase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 3	Viral structural protein 4 × 1 （Q9IR43） ;Transcript RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 Non-template RNA (36-MER) × 1 Template RNA (36-MER) × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q993A4_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1225； UniProt 1–1225

Viral structural protein 4

物种未注明

UniProt Q9IR43

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 3	RNA-dependent RNA Polymerase × 1 （Q993A4） ;Transcript RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 Non-template RNA (36-MER) × 1 Template RNA (36-MER) × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9IR43_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–561； UniProt 1–561

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tz2
沉积日期 deposition_date	2019-08-09
结构标题 title	In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at elongation state
关键词 keywords	RdRp-RNA complex, Elongation, Transcription Bubble, VIRAL PROTEIN, TRANSFERASE-RNA complex; VIRAL PROTEIN, TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6tz2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6tz2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6tz2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.07 Å
Rg（电子密度）	39.66 Å
总 Rg	40.06 Å
原子数	15608
残基数	1799
排除体积	271340 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6tz2__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-dependent RNA Polymerase
分子量 formula_weight	139007.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15608

MLPNTELYNTIFSETRKFTRESFKEIEHLTAKLANDRVARHDFLFNNSIALISDYSGEDSNGNQLQATVTIPNEITNPKEYDPSDYPLAEDESFFKQGHKYDYLVTFRAGSLTNTYEPKTKMYKLHAALDKLMHVKQRKSRFADLWRELCAVIASLDVWYQTTNYPLRTYVKLLFHKGDEFPFYESPSQDKIIFNDKSVASILPTFVYTCCQVGTAIMSGILTHVESIVAMNHFLHCAKDSYIDEKLKIKGIGRSWYQEALHNVGRATVPVWSQFNEVIGHRTKTTSEPHFVSSTFISLRAKRAELLYPEFNEYINRALRLSKTQNDVANYYAACRAMTNDGTFLATLTELSLDAAVFPRIEQRLVTRPAVLMSNTRHESLKQKYANGVGSIAQSYLSSFTDEIAKRVNGIHHDEAWLNFLTTSSPGRKLTEIEKLEVGGDVAAWSNSRIVMQAVFAREYRTPERIFKSLKAPIKLVERQQSDRRQRAISGLDNDRLFLSFMPYTIGKQIYDLNDNAAQGKQAGNAFDIGEMLYWTSQRNVLLSSIDVAGMDASVTTNTKDIYNTFVLDVASKCTVPRFGPYYAKNMEVFEVGKRQSQVKYVNAAWQACALEAANSQTSTSYESEIFGQVKNAEGTYPSGRADTSTHHTVLLQGLVRGNELKRASDGKNSCLTTIKILGDDIMEIFQGNENDTHDHAVSNASILNESGFATTAELSQNSIVLLQQLVVNGTFWGFADRISLWTREDTKDIGRLNLAMMELNALIDDLLFRVRRPEGLKMLGFFCGAICLRRFTLSVDNKLYDSTYNNLSKYMTLVKYDKNPDFDSTLMSLILPLAWLFMPRGGEYPAYPFERRDGTFTEDESMFTARGAYKRRLLYDVSNIREMIQQNSMVLDDDLLHEYGFTGALLLIDLNILDLIDEVKKEDISPVKVNELATSLEQLGKLGEREKSRRAASDLKIRGHALSNDIVYGYGLQEKIQKSAMATKETTVQSKRVSSRLHEVIVAKTRDYKIPTMPADALHLYEFEVEDVTVDLLPHAKHTSYSNLAYNMSFGSDGWFAFALLGGLDRSANLLRLDVASIRGNYHKFSYDDPVFKQGYKIYKSDATLLNDFFVAISAGPKEQGILLRAFAYYSLYGNVEYHYVLSPRQLFFLSDNPVSAERLVRIPPSYYVSTQCRALYNIFSYLHILRSITSNQGKRLGMVLHPGLIAYVRGTSQGAILPEADNV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Viral structural protein 4
分子量 formula_weight	63683.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFAIDPLKHSKLYEEYGLYLRPHQINQEIKPTTIKKKELAPTIRSIKYASLIHSMLAKHAARHNGTLINPRMYADMITLGNTKVTVTKGTPKAQIDTLKMNGLTVVSKSRRNNKKKPVSDTTATIDENTDDIVTYKALTEMSTLIESFRLPSGLALIIFDDEKYQSLIPNYINQLIAYTQPHIIPTWQGIADFSDTYLRSYFKRPFELTASNLAAPQKYNLSPMTRSIFNNTGREDAVIRKLYGYGEYVFIRYEGCLITWTGIYGEVTMMVNLSKRDLGLDVGDDYLKEYKKLLFYGVITDAIPSGISARSTIMKISPHKMMNPSGGALAVLSKFLEAVVSTNVINATLVVYAEKGAGKTSFLSTYAEQLSLASGQVVGHLSSDAYGRWLAKNKDVEEPSFAYDYVLSLDTDDNESYYEQKASELLISHGISEVAQYELLSVRKKIKMMDEMNEVLIAQLENADTHSERNFYYMVSTGKTTPRTLIVEGHFNAQDATIARTDTTVLLRTINDTTQAMRDRQRGGVVQLFLRDTYYRLLPALHTTVYPFEMLESIRRWKWVH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;Transcript RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	5466.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

UUUUUUUUUUUUUUUUUU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Non-template RNA (36-MER)
分子量 formula_weight	10977.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

UUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Template RNA (36-MER)
分子量 formula_weight	11806.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	484.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	145954

In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at elongation state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA Polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Viral structural protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tz2__assembly_1__model_1

6tz2__assembly_1__model_1 | I(q)

6tz2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

In situ structure of BmCPV RNA-dependent RNA polymerase at elongation state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA Polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Viral structural protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tz2__assembly_1__model_1

6tz2__assembly_1__model_1 | I(q)

6tz2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)