6upu

Crystal structure of the Orientia tsutsugamushi OtDUB in complex with three molecules of ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ULP_PROTEASE domain-containing protein

Orientia tsutsugamushi (strain Ikeda)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–259	未记录	Ubiquitin × 3 （F5H388）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–259	未记录	Ubiquitin × 3 （F5H388）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–259	未记录	Ubiquitin × 3 （F5H388）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–259	未记录	Ubiquitin × 3 （F5H388）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6UPU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6UPS Crystal structure of the deubiquitylase domain from the Orientia tsutsugamushi protein OTT_1962 (OtDUB) 提交 2019-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–259（259 aa）片段：deubiquitylase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M ammonium iodide, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
6X1G Crystal structure of a GEF domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB in complex with Rac1 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 548–759（212 aa）片段：GEF domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9.5；293 K；25 mM CHES pH 9.5, 25% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.60 Å R-free 0.218
6X1G Crystal structure of a GEF domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB in complex with Rac1 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 548–759（212 aa）片段：GEF domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9.5；293 K；25 mM CHES pH 9.5, 25% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.60 Å R-free 0.218
6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 548–759（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.91 Å R-free 0.208
6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 548–759（212 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.91 Å R-free 0.208
6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 548–759（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.91 Å R-free 0.208
6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 548–759（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.91 Å R-free 0.208
6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 548–759（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.91 Å R-free 0.208
6X1H Crystal structure of a guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain from the Orientia tsutsugamushi protein OtDUB 提交 2020-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 548–759（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0	分辨率 2.91 Å R-free 0.208

共 3 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3CVM3_ORITI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–260； UniProt 1–259 作者链 E； PDB构建体 2–260； UniProt 1–259 作者链 I； PDB构建体 2–260； UniProt 1–259 作者链 M； PDB构建体 2–260； UniProt 1–259

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt F5H388

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76 链 C； UniProt 1–76 链 D； UniProt 1–76	未记录	ULP_PROTEASE domain-containing protein × 1 （B3CVM3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–76 链 G； UniProt 1–76 链 H； UniProt 1–76	未记录	ULP_PROTEASE domain-containing protein × 1 （B3CVM3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–76 链 K； UniProt 1–76 链 L； UniProt 1–76	未记录	ULP_PROTEASE domain-containing protein × 1 （B3CVM3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–76 链 O； UniProt 1–76 链 P； UniProt 1–76	未记录	ULP_PROTEASE domain-containing protein × 1 （B3CVM3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7.5；298 K；150 mM potassium thiocyanate, 32.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6UPU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6NN6 Structure of Dot1L-H2BK120ub nucleosome complex 提交 2019-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 75–151（77 aa）	突变：G76S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F5H388_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 C； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 D； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 F； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 G； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 H； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 J； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 L； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 N； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 O； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 P； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6upu
沉积日期 deposition_date	2019-10-18
结构标题 title	Crystal structure of the Orientia tsutsugamushi OtDUB in complex with three molecules of ubiquitin
关键词 keywords	deubiquitylase, Orientia, CE clan, ubiquitin, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.60 Å
零角强度 I(0) i0	708018000.00
分子量 molecular_weight	218610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	274420 Å³
包络体积 envelope_volume	387570 Å³
水化壳体积 shell_volume	74519 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.19 Å
包络 Rg envelope_rg	43.09 Å
形状 Rg shape_rg	43.60 Å
总 Rg total_rg	43.81 Å
总原子数 total_atoms	15348
残基数 n_residues	1948
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.9 Å
Rg (实空间) rg_real	43.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	708100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8780
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	61010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.853

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ULP_PROTEASE domain-containing protein
分子量 formula_weight	29222.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	15824

GMANDQDLSNPEYLYTEDDINQLLKHYLGLDDRISIIQHVALNESLLLKQTLHQVLSDIFSGMQEKAVIPLHTGNNHWVAMAIKKGMNDDIVISYNDPMGVSIDDKVTLINCIKELCPGAKINDLQTVQQTNVYDCGPFVVDNLIKMSQGQPILSTEEAKQQAQNIRQSQVNFLSENRMITSAAAALADTLLKNNNRITEGVLVDRIFDNKILSVQEKQQLLNNLLDNHIKENKSLTKESLTRMLASTHFVQQQANVLLN

来源 Source

来源生物 organism	Orientia tsutsugamushi (strain Ikeda)
通用名 common_name	Rickettsia tsutsugamushi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	334380
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8748.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,F,G,H,J,K,L,N,O,P

GGGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	476

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

结构域编号 domain_id	d6upub1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upub2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6upuc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upud_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upuf1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upuf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6upug_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upuh1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upuh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6upuj1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upuj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6upuk1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upuk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6upul_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upun1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upun2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6upuo_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upup1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6upup2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	6upuB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	6upuF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	6upuN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6upuP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	119.745 Å
晶胞边长 b length_b	144.074 Å
晶胞边长 c length_c	143.474 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	56.700 Å
R 因子 r_factor	0.1778
R_work r_work	0.1762
R_free r_free	0.2093

Crystal structure of the Orientia tsutsugamushi OtDUB in complex with three molecules of ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ULP_PROTEASE domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/up/6upu/6upu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/up/6upu/6upu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/up/6upu/6upu.dat