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6uwm

Single particle cryo-EM structure of KvAP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 111.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel

Aeropyrum pernix

UniProt Q9YDF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–295 链 B； UniProt 25–295 链 C； UniProt 25–295 链 D； UniProt 25–295 片段：UNP residues 25-295 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging. 分辨率 5.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6UWM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ORQ X-ray structure of a voltage-dependent potassium channel in complex with an Fab 提交 2003-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 C 31–253（223 aa） 片段：KvAP
突变：Y46C CD CADMIUM ION × 28 K POTASSIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；PEG400, Cadmium chloride, Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.298
1ORQ X-ray structure of a voltage-dependent potassium channel in complex with an Fab 提交 2003-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 C 31–253（223 aa） 片段：KvAP
突变：Y46C CD CADMIUM ION × 56 K POTASSIUM ION × 48 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；PEG400, Cadmium chloride, Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.298
1ORS X-ray structure of the KvAP potassium channel voltage sensor in complex with an Fab 提交 2003-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 33–160（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.251
2A0L Crystal structure of KvAP-33H1 Fv complex 提交 2005-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 20–259（240 aa） 片段：KvAP K+ channel
链 B 20–259（240 aa） 片段：KvAP K+ channel
未记录 K POTASSIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；sodium citrate, Tric-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.90 Å R-free 0.392
2KYH Solution structure of the voltage-sensing domain of KvAP 提交 2010-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 18–160（143 aa） 片段：UNP Residues 18-160
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；318 K；离子强度（mmCIF原始值）40；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.1-0.5 MM [U-98% 15N] ENTITY, 20 MM HEPES, 20 MM POTASSIUM CHLORIDE, 5 MM DIHEPTANOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1-0.5 MM [U-100% 13C U- 100% 15N U-80% 2H] ENTITY, 20 MM HEPES, 20 MM POTASSIUM CHLORIDE, 5 MM DIHEPTANOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1-0.5 MM [U-98% 13C U-98% 15N] ENTITY, 20 MM HEPES, 20 MM POTASSIUM CHLORIDE, 5 MM DIHEPTANOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1-0.5 MM [13CH3/12CD2]-LEU,VAL,[13CH3]-ILE ENTITY, 20 MM HEPES, 20 MM POTASSIUM CHLORIDE, 5 MM DIHEPTANOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KVAP_AERPE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–273； UniProt 25–295 作者链 B； PDB构建体 3–273； UniProt 25–295 作者链 C； PDB构建体 3–273； UniProt 25–295 作者链 D； PDB构建体 3–273； UniProt 25–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6uwm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6uwm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6uwm
沉积日期 deposition_date2019-11-05
结构标题 titleSingle particle cryo-EM structure of KvAP
关键词 keywordsvoltage-gated potassium channel, non-domain-swapped, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.01 Å
零角强度 I(0) i0110763000.00
分子量 molecular_weight96504.0 kDa
排除体积 excluded_volume126360 ų
包络体积 envelope_volume174720 ų
水化壳体积 shell_volume43521 ų
包络直径 envelope_diameter116.4 Å
壳层 Rg shell_rg39.70 Å
包络 Rg envelope_rg34.26 Å
形状 Rg shape_rg34.02 Å
总 Rg total_rg34.53 Å
总原子数 total_atoms6828
残基数 n_residues884
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.1 Å
Rg (实空间) rg_real34.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal110800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8852
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.9 Å
偏度 Skewness skewness0.255
峰度 Kurtosis kurtosis-0.242
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11200000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.879
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)