6v62

SETD3 double mutant (N255F/W273A) in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.4 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, cytoplasmic 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 66–88	突变：H73K	Actin-histidine N-methyltransferase × 1 （Q86TU7） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.36 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6V62	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OX3 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine 提交 2019-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 66–84（19 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.78 Å R-free 0.246
6OX3 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine 提交 2019-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 66–84（19 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.78 Å R-free 0.246
6V63 SETD3 WT in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Glutamine 提交 2019-12-04	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 66–88（23 aa）	突变：H73Q	GOL GLYCEROL × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.02 Å R-free 0.199
6V63 SETD3 WT in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Glutamine 提交 2019-12-04	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 66–88（23 aa）	突变：H73Q	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.02 Å R-free 0.199

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9JUM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–23； UniProt 66–88

Actin-histidine N-methyltransferase

Homo sapiens

UniProt Q86TU7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–594	突变：N255F, W273A	Actin, cytoplasmic 1 × 1 （C9JUM1） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.36 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6V62	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3SMT Crystal structure of human SET domain-containing protein3 提交 2011-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–498（497 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ARS ARSENIC × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ACT ACETATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；20 % PEG4000, 0.2 M calcium Acetate, 0.1 M sodium cacodalyte, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.04 Å R-free 0.259
3SMT Crystal structure of human SET domain-containing protein3 提交 2011-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–498（497 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ARS ARSENIC × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ACT ACETATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；20 % PEG4000, 0.2 M calcium Acetate, 0.1 M sodium cacodalyte, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.04 Å R-free 0.259
6ICT Structure of SETD3 bound to SAH and methylated actin 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–503（503 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 20% Polyethylene glycol 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6ICT Structure of SETD3 bound to SAH and methylated actin 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–503（503 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 20% Polyethylene glycol 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6ICT Structure of SETD3 bound to SAH and methylated actin 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–503（503 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 20% Polyethylene glycol 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6ICT Structure of SETD3 bound to SAH and methylated actin 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–503（503 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 20% Polyethylene glycol 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
6ICV Structure of SETD3 bound to SAH and unmodified actin 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–503（503 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5 2% Polyethylene glycol 400 2.0M Ammonium sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.205
6ICV Structure of SETD3 bound to SAH and unmodified actin 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–503（503 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5 2% Polyethylene glycol 400 2.0M Ammonium sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.205
6JAT Crystal structure of SETD3 bound to Actin peptide and SFG 提交 2019-01-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–498（498 aa）片段：SETD3 protein	未记录	SFG SINEFUNGIN × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M HEPES/Sodium hydroxide, 0.2 M Ammonium sulfate, 20% PEG 8000, 10% 2-propanol	分辨率 2.71 Å R-free 0.243
6JAT Crystal structure of SETD3 bound to Actin peptide and SFG 提交 2019-01-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–498（498 aa）片段：SETD3 protein	未记录	SFG SINEFUNGIN × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M HEPES/Sodium hydroxide, 0.2 M Ammonium sulfate, 20% PEG 8000, 10% 2-propanol	分辨率 2.71 Å R-free 0.243
6MBJ SETD3, a Histidine Methyltransferase, in Complex with an Actin Peptide and SAH, P21 Crystal Form 提交 2018-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.78 Å R-free 0.223
6MBJ SETD3, a Histidine Methyltransferase, in Complex with an Actin Peptide and SAH, P21 Crystal Form 提交 2018-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.78 Å R-free 0.223
6MBK SETD3, a Histidine Methyltransferase, in Complex with an Actin Peptide and SAH, First P212121 Crystal Form 提交 2018-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.69 Å R-free 0.243
6MBK SETD3, a Histidine Methyltransferase, in Complex with an Actin Peptide and SAH, First P212121 Crystal Form 提交 2018-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.69 Å R-free 0.243
6MBL SETD3, a Histidine Methyltransferase, in Complex with an Actin Peptide and SAH, Second P212121 Crystal Form 提交 2018-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6OX0 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with Sinefungin Replacing SAH as Cofactor 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	SFG SINEFUNGIN × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6OX0 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with Sinefungin Replacing SAH as Cofactor 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	SFG SINEFUNGIN × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6OX1 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with Target Histidine Partially Methylated 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.201
6OX1 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with Target Histidine Partially Methylated 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.201
6OX2 SETD3in Complex with an Actin Peptide with the Target Histidine Fully Methylated 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.09 Å R-free 0.239
6OX2 SETD3in Complex with an Actin Peptide with the Target Histidine Fully Methylated 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.09 Å R-free 0.239
6OX3 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.78 Å R-free 0.246
6OX3 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.78 Å R-free 0.246
6OX4 A SETD3 Mutant (N255A) in Complex with an Actin Peptide 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	突变：N255A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.29 Å R-free 0.236
6OX4 A SETD3 Mutant (N255A) in Complex with an Actin Peptide 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	突变：N255A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.29 Å R-free 0.236
6OX5 A SETD3 Mutant (N255A) in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine 提交 2019-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	突变：N255A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.10 Å R-free 0.205
6V63 SETD3 WT in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Glutamine 提交 2019-12-04	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.02 Å R-free 0.199
6V63 SETD3 WT in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Glutamine 提交 2019-12-04	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.02 Å R-free 0.199
6WK1 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Methionine 提交 2020-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–594（594 aa）链 B 1–594（594 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 46 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.89 Å R-free 0.228
6WK1 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Methionine 提交 2020-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 27 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.89 Å R-free 0.228
6WK1 SETD3 in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Methionine 提交 2020-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.89 Å R-free 0.228
6WK2 SETD3 mutant (N255V) in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Methionine 提交 2020-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–594（594 aa）链 D 1–594（594 aa）	突变：N255V 突变：N255V	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.206
6WK2 SETD3 mutant (N255V) in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Methionine 提交 2020-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	突变：N255V	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.206
6WK2 SETD3 mutant (N255V) in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Methionine 提交 2020-04-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–594（594 aa）	突变：N255V	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 30% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.206
7LMS Structure of human SetD3 methyl-transferase in complex with 2A protease from Coxsackievirus B3 提交 2021-02-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–594（593 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7W28 Crystal Structure of SETD3-SAH in complex with betaA-4PyrAla73 peptide 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–498（498 aa）片段：SETD3	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；30%(w/v) PEG4000, 0.1 M Tris base/Hydrochloric acid 8.5, 0.2M Lithium sulfate.	分辨率 1.79 Å R-free 0.211
7W29 Crystal Structure of SETD3-SAH in complex with betaA-Orn73 peptide 提交 2021-11-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–498（498 aa）片段：SETD3	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；289 K；20%(w/v) PEG6000, 0.1M Bicine/Sodium hydroxide 9.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
8X77 Enterovirus proteinase with host factor 提交 2023-11-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.02M Citric acid, 0.08M BIS-TRIS propane, pH8.8, 16% PEG 3350	分辨率 3.52 Å R-free 0.291
8X77 Enterovirus proteinase with host factor 提交 2023-11-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–594（594 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.02M Citric acid, 0.08M BIS-TRIS propane, pH8.8, 16% PEG 3350	分辨率 3.52 Å R-free 0.291
8X77 Enterovirus proteinase with host factor 提交 2023-11-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–594（594 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.02M Citric acid, 0.08M BIS-TRIS propane, pH8.8, 16% PEG 3350	分辨率 3.52 Å R-free 0.291
8X77 Enterovirus proteinase with host factor 提交 2023-11-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–594（594 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.02M Citric acid, 0.08M BIS-TRIS propane, pH8.8, 16% PEG 3350	分辨率 3.52 Å R-free 0.291
8X8Q Structure of enterovirus protease in complex host factor 提交 2023-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–594（594 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å

共 21 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SETD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–596； UniProt 1–594

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6v62
沉积日期 deposition_date	2019-12-04
结构标题 title	SETD3 double mutant (N255F/W273A) in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine
关键词 keywords	TRANSFERASE, TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN complex; TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.89 Å
零角强度 I(0) i0	52034700.00
分子量 molecular_weight	56844.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71361 Å³
包络体积 envelope_volume	87984 Å³
水化壳体积 shell_volume	28571 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.76 Å
包络 Rg envelope_rg	26.04 Å
形状 Rg shape_rg	25.88 Å
总 Rg total_rg	26.67 Å
总原子数 total_atoms	4010
残基数 n_residues	502
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52040000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9052
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.288
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.945

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin, cytoplasmic 1
分子量 formula_weight	2859.3 kDa
突变 mutation	H73K
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y
原子数 atom_count	4213

TLKYPIEKGIVTNWDDMEKIWHH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-histidine N-methyltransferase
分子量 formula_weight	67404.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.85
突变 mutation	N255F, W273A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSMGKKSRVKTQKSGTGATATVSPKEILNLTSELLQKCSSPAPGPGKEWEEYVQIRTLVEKIRKKQKGLSVTFDGKREDYFPDLMKWASENGASVEGFEMVNFKEEGFGLRATRDIKAEELFLWVPRKLLMTVESAKNSVLGPLYSQDRILQAMGNIALAFHLLCERASPNSFWQPYIQTLPSEYDTPLYFEEDEVRYLQSTQAIHDVFSQYKNTARQYAYFYKVIQTHPHANKLPLKDSFTYEDYRWAVSSVMTRQFQIPTEDGSRVTLALIPLADMCNHTNGLITTGYNLEDDRCECVALQDFRAGEQIYIFYGTRSNAEFVIHSGFFFDNNSHDRVKIKLGVSKSDRLYAMKAEVLARAGIPTSSVFALHFTEPPISAQLLAFLRVFCMTEEELKEHLLGDSAIDRIFTLGNSEFPVSWDNEVKLWTFLEDRASLLLKTYKTTIEEDKSVLKNHDLSVRAKMAIKLRLGEKEILEKAVKSAAVNREYYRQQMEEKAPLPKYEESNLGLLESSVGDSRLPLVLRNLEEEAGVQDALNIREAISKAKATENGLVNGENSIPNGTRSENESLNQESKRAVEDAKGSSSDSTAGVKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	60.654 Å
晶胞边长 b length_b	116.752 Å
晶胞边长 c length_c	174.377 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	39.490 Å
R 因子 r_factor	0.2102
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2524

fit	/app/data/saxs_computation/v6/6v62/6v62.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v6/6v62/6v62.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v6/6v62/6v62.dat

SETD3 double mutant (N255F/W273A) in Complex with an Actin Peptide with His73 Replaced with Lysine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, cytoplasmic 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin-histidine N-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)