Canavalin
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–445 | 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACT ACETATE ION × 3 BEZ BENZOIC ACID × 3 CIT CITRIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；Vapor diffusion in sitting drop Cryschem plates. Reservoirs were 1.0 M sodium citrate titrated with acetic acid to pH6.0. Drops were initially equal amounts of the reservoir solution with a protein stock solution of 30 mg/ml canavalin in water with a trace of ammonium hydroxide. At room temperature crystallization time was about three weeks. | 分辨率 1.40 Å R-free 0.188 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6V7G | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CAU DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
44–224（181 aa）
链 B
241–424（184 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1CAV THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CANAVALIN FROM JACK BEAN (CANAVALIA ENSIFORMIS) 提交 1993-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
44–224（181 aa）
链 B
241–424（184 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1CAW DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
44–224（181 aa）
链 B
241–424（184 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1CAX DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
44–224（181 aa）
链 B
241–424（184 aa）
链 C
44–224（181 aa）
链 D
241–424（184 aa）
链 E
44–224（181 aa）
链 F
241–424（184 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1DGR Refined crystal structure of canavalin from jack bean 提交 1999-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
46–223（178 aa）
片段：RESIDUES 46-223
链 B
46–223（178 aa）
片段：RESIDUES 46-223
链 C
46–223（178 aa）
片段：RESIDUES 46-223
链 M
331–423（93 aa）
片段：RESIDUES 331-423
链 N
246–324（79 aa）
片段：RESIDUES 246-324
链 V
246–324（79 aa）
片段：RESIDUES 246-324
链 W
331–423（93 aa）
片段：RESIDUES 331-423
链 X
246–324（79 aa）
片段：RESIDUES 246-324
链 Y
331–423（93 aa）
片段：RESIDUES 331-423
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未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；Dulbeccos phosphate buffered saline,
ammonium hydroxide, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.60 Å R-free 0.226 |
| 1DGW Structure of the rhombohedral crystal of canavalin from jack bean 提交 1999-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 A
46–223（178 aa）
片段：RESIDUES 46-223
链 X
246–324（79 aa）
片段：RESIDUES 246-324
链 Y
331–423（93 aa）
片段：RESIDUES 331-423
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
LIQUID DIFFUSION；pH 6.8；293 K；DULBECCO'S PHOSPHATE BUFFERED SALINE, AMMONIUM HYDROXIDE (TRACE), MICROGRAVITY, pH 6.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K
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分辨率 1.70 Å R-free 0.252 |
| 2CAU CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–445（445 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.8；THIS CRYSTAL FORM COULD BE GROWN ONLY OCCASIONALLY. BASICALLY IT WAS CRYSTALLIZED FROM PURIFIED PROTEIN AFTER TRYPSIN TREATMENT IN PHOSPHATE BUFFERED SALINE, BUT WAS DIFFICULT TO REPRODUCE., pH 6.8
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分辨率 2.10 Å R-free 0.235 |
| 2CAV CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–445（445 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；30 - 40 MG/ML PROTEIN SOLUTION WAS PREPARED BY DISSOLVING 4-TIME RECRYSTALLIZED CANAVALIN IN DISTILLED WATER PLUS TRACE NH4OH. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.0 % NACL IN 50 MM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.8. CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION IN SITTING DROPS FOLLOWED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST THE RESERVOIR., vapor diffusion
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分辨率 2.00 Å R-free 0.264 |
| 6V7J The C2221 crystal form of canavalin at 173 K 提交 2019-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–445（445 aa）
链 B
1–445（445 aa）
链 C
1–445（445 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BEZ BENZOIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Vapor diffusion in Cryschem sitting drop plates at room temperature. Reservoirs were Dulbeccos Phosphate buffered saline at pH 6.5. Drops were equal amounts of the reservoir and a 40 mg/ml solution of the protein dissolved in water with a trace of ammonium hydroxide. Crystallization time was 24 to 48 hours.
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分辨率 2.00 Å R-free 0.247 |
| 6V7L The structure of the P212121 crystal form of canavalin at 173 K 提交 2019-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–445（445 aa）
链 B
1–445（445 aa）
链 C
1–445（445 aa）
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未记录 | BEZ BENZOIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion from 18% PEG 3350 in 0.1 M HEPES reservoirs. The drops were equal amounts of a 40 mg/ml solution of precanavalin (not treated with any exogenous protease) in water. Crystals grew only after six to eight weeks at room temperature.
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分辨率 2.80 Å R-free 0.252 |
共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | CANA_CANEN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 |
